거래처와의 거래금액 변경과 관련한 질의

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 질의법인은 1999년 7월 시행된 전자서명법에 의해 전자상거래에 필수적인 공인인증서를 발급하는 기관임.

- 질의법인은 A거래처(공공기관)와 A거래처 통합시스템에 적용될 공인인증서 발급계약을 체결하여, 발급수량에 대해 구간별 단가를 적용하되 최대 상한금액을 38.5억원으로 설정하고, 그 초과된 공인인증서에 대하여 무상으로 발급하는 조건으로 계약하였음.

- 질의법인은 A거래처가 예산한도 초과에 따른 금액경감을 요구함에 따라 최초계약서에 명시된 공인인증서 대금의 상한을 15억원(부가세포함)으로 하향조정하고 이를 초과하는 금액은 청구하지 않기로 함.

- 즉, 계약금액의 변경에 대해 양 당사자간에 변경계약서 작성없이 2008년 변경한도를 초과한 금액에 대해 매출청구를 하지 않을 예정임.

○ 질의요지

1) 법인세법상 매출누락에 해당여부

2) 부당거래로 판단되어질 여지가 있는지 여부

3) 변경계약서 작성대신 공문으로 처리할 수 있는지 여부

4) 기타 발생 가능 문제점

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

□ 법인세법 시행령 제11조

법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. (2007. 2. 28. 개정)

1. 한국표준산업분류에 의한 각 사업에서 생기는 수입금액[도급금액ㆍ판매금액과 보험료액을 포함하되, 기업회계기준(제79조 각 호의 어느 하나에 해당하는 회계기준을 말한다. 이하 같다)에 따른 매출에누리금액 및 매출할인금액을 제외 한다. 이하 같다]. 다만, 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의하여 추계하는 경우 부동산임대에 의한 전세금 또는 임대보증금에 대한 수입금액은 금융기관의 정기예금이자율을 참작하여 기획재정부령이 정하는 이자율(이하 “정기예금이자율”이라 한다)을 적용하여 계산한 금액으로 한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) (이하생략)

□ 법인세법 기본통칙 34-62…5

약정에 의하여 채권의 전부 또는 일부를 포기하는 경우에도 이를 대손금으로 보지 아니하며 기부금 또는 접대비로 본다 . 다만, 특수관계자 외의 자와의 거래에서 발생한 채권으로서 채무자의 부도발생 등으로 장래에 회수가 불확실한 어음ㆍ수표상의 채권 등을 조기에 회수하기 위하여 당해 채권의 일부를 불가피하게 포기한 경우 동 채권의 일부를 포기하거나 면제한 행위에 객관적으로 정당한 사유가 있는 때에는 동 채권포기액을 손금에 산입한다. (2001. 11. 1. 개정)

법인세법시행령 제11조