감액합의에 의한 주식매매대금 감액 상당액이 익금산입 대상인지 여부

1. 사실관계

○ A법인은 개인안전장비 제조업을 영위하는 법인임

○ A법인은 2017.11.3. B법인의 주식을 전부 취득하고, 2018.10.1. B법인을 합병법인으로 하는 합병거래를 이행하고 이후 상호를 주식회사 000(이하 ‘질의법인’)로 변경하였음

- B법인은 방열복 등 제조 등을 주된 사업으로 영위하는 법인으로 A법인과의 주식매매거래 당시 방위사업청의 신형 방독면 체계개발 사업을 수행하고 있었으며

- 이로 인해 「국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률」(이하 ‘국가계약법’) 적용 대상에 해당하는 상황이었음

○ A법인은 2017.7.7. B법인을 인수하기 위해 B법인의 주주들과 다음과 같은 주식취득 과정을 거쳐 B법인 주식을 취득하였으나,

- 2019.10.29. B법인 주주들에 대해 손해배상을 청구 * 하는 소송을 제기하였고 B법인의 주주들 또한 질의법인에 대해 거래종결후지급금을 청구하는 내용의 소송을 제기하였음

* B법인 주주들의 기망행위로 인한 손해배상 및 계약상 진술 및 보장의무 위반으로 인한 손해배상 청구(소송가액: 약***억원)

◈ A법인의 B법인 주식취득 과정

○ ( 주식매매계약 ) 2017.7.7. B법인을 인수하기 위해 B법인의 주주들과 주식매매 계약을 체결함(100% 취득)

- 매매대금: *,***억원(계약금 ***억원, 잔금 *,***억원)

○ ( 추가합의 ) 2017.7.24. B법인의 주가에 중대한 영향을 미칠수 있는 특허관련 리스크 * 파악 후 추가합의서 작성

* 방위사업청으로부터 보유특허 미고지 사유로 6개월 입찰참가자격 제한처분 등

- 향후 3개년간 부정적 영향을 미치지 않도록 주주들이 인적·물적설비 및 인허가에 대한 보장을 확약한다

○ ( 부속합의 ) 2017.9.26. 매매대금을 ***억원을 한도로 하여 조정할 수 있도록 부속합의서 작성

- 잔금을 거래종결지급금 *,***억원, 거래종결후지급금 ***억원 으로 구분

- 거래종결후지급금은 특별조정사유 * 에 따라 발생한 실질손해에 따라 조정

* 거래종결일로부터 3년이 경과하는 날까지의 기간 중 B법인이 K5 방독면 체계개발계약과 관련된 사유로 국가계약법 제27조 에 따른 행정처분을 받는 경우

☞ (청구사유) B법인이 국가계약법 제27조 에 따른 행정처분 등을 받게됨으로써 B법 인의 영업에 심각한 손실을 발생시키고 나아가 주식가치에 부정적인 영향을 미쳤음 에도 주식매매 협상 단계부터 이러한 사실을 은폐하여 매매대금을 고가에 합의 한 것임

○ 2023.1.20. 양 당사자 모두 소를 취하하고 거래종결후지급금을 기존 ***억원에서 ***억원으로 감액하는 내용의 합의를 하고 2023.1.27. 해당 합의에 따라 소를 취하하였음

2. 질의내용

○ 매매대금 감액합의에 의해 감액한 거래종결후지급금 감액 상당액이 법인세법상 익금산입 대상인지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제15조

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.

○ 법인세법 제41조

① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다): 매입가액에 부대비용을 더한 금액

② 제1항에 따른 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제72조

② 법 제41조제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세(농어촌특별세와 지방교육세를 포함한다), 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액[법인이 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 호에서 "건물등"이라 한다)을 함께 취득하여 토지의 가액과 건물등의 가액의 구분이 불분명한 경우 법 제52조제2항에 따른 시가에 비례하여 안분계산한다]

○ 법인세법 제40조

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제71조

⑦ 법 제40조제1항 및 제2항을 적용할 때 법(제43조를 제외한다)ㆍ 「조세특례제한법」 및 이 영에서 규정한 것외의 익금과 손금의 귀속사업연도에 관하여는 기획재정부령으로 정한다.

○ 법인세법 시행규칙 제36조

영 제71조제7항을 적용할 때 이 규칙에서 별도로 규정한 것외의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

○ 법인세법 기본통칙 15-11…1

손해배상청구권 또는 손실보상청구권에 의하여 받는 보상금 등은 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익이므로 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 익금에 산입한다.