과세사업에 사용하던 토지와 건물 일괄 양도 시 건물분 부가가치세 과세표준

1. 사실관계

○ ☆☆모텔(이하 “신청법인” 또는 “양도법인”)은 광주광역시 서구 내방로 000번길11 소재 토지와 건물(이하 “쟁점부동산”)을 모텔운영업과 부동산임대용으로 사용하다가 2017.11.30.에 ㈜◎◎(이하 “갑법인”)에 3,310백만원에 양도하기로 하는 계약(부동산 매매계약서)을 체결한 후, 계약금 331백만원과 중도금 331백만원을 2018.1.31.에 각각 수령하였음

※ 부동산 매매계약서 주요 내용

- 매매계약당사자 : 매도인 ★★(갑), 매수인 ㈜◎◎(을)

제4조(매매대금 등)

① 갑과 을 간에 체결하는 부지 매매대금은 일금 삼십삼억일천만원정(￦3,310,000,000)으로 함(부가세 별도, 매수자부담)

제7조(갑과 을의 책임과 의무)

③ 갑은 을이 매매 부지상에 주택사업을 위한 사업계획승인을 진행하는데 따른 부동산 매매계약체결 또는 계약금 지급과 동시에 지구단위변경계획 및 주택사업계획승인에 관련된 서류 일체(지구단위계획동의서, 토지사용승낙서 등)를 을에게 제공함

④ 갑과 을의 매매계약은 주택사업을 위해 사업부지의 매매를 목적으로 하는 바~(이하 생략)

○ 신청법인은 잔금지급 시점(2018.10.24.)에 갑법인으로부터 사업을 양수한 ▽▽(주)(이하 “을법인” 또는 “양수법인”)와 변경계약(신탁재산 처분에 의한 매매계약서)을 하면서

- 쟁점부동산 소재지가 신축사업예정지로써 건축물 철거가 예정되어 있으므로 쟁점부동산의 토지가액은 3,310백만원, 건물가액은 0원으로 하였음

※ 신탁재산 처분에 의한 매매계약서 주요 내용

수탁자 ㈜△△신탁(병)과 위탁자 ★★(갑) 간에 체결된 부동산처분신탁계약과 관련하여 수탁자 겸 매도인 ㈜△△신탁 및 매수인 ▽▽(주)(을)는 별지 신탁부동산에 대하여 다음과 같이 신탁재산 처분에 의한 매매계약을 체결함

제3조(매매대금) 총 금 삼십삼억일천만원정(￦3,310,000,000)

- 토지매매대금 금 삼십삼억일천만원정(￦3,310,000,000)

- 건물매매대금 금 영원(￦0)

* 본 부동산은 신축사업예정지로서 건축물에 대한 철거가 예정됨에 따라 건축물에 대한 매매대금은 없는 것으로 함

○ 건물가액을 0원으로 하는 변경계약을 작성하면서 을법인과 확약서를 작성하여 만일 6개월 이내에 부가가치세가 부담될 것이 확실할 경우에는 을법인이 부담하고, 6개월이 경과하면 을법인의 책임은 면제되는 것으로 하였음

○ 2018.10.24. 현재 모텔은 폐업(부가가치세 문제로 세무서에 폐업신고는 하지 아니함)하였고, 임차인 2곳은 명도이전보상(매수자 을법인 책임하에 명도하기로 약정) 미해결로 현재 영업 중임

○ 쟁점부동산이 있는 신축예정단지 내에 소재한 다른 건물들은 잔금정산과 동시에 철거 진행 중임

2. 질의내용

○ 사업자가 토지와 건물을 일괄 양도하면서 매매금액은 전부 토지가액으로 하며, 건물부분은 양수법인이 즉시 철거하기로 한 경우 건물의 부가가치세 과세표준

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제29조

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.

⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제64조

법 제29조제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.

1. 토지와 건물등에 대한 「소득세법」 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우 : 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분(按分) 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」 제2조제4호 에 따른 감정평가업자가 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.

2. 토지와 건물등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우 : 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대해서는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 한다.

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우 : 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액

○ 국세기본법 제14조

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

국세기본법 제14조 · 부가가치세법 제29조 · 부가가치세법 시행령 제64조 · 소득세법 제99조