절차적 요건을 충족하지 못한 경우 주식매수선택권 행사이익 납부특례 적용여부

1. 사실관계

○ 신청인은 A법인에 입사한 후 두 과세기간에 걸쳐 주식매수선택권을 행사하여 A법인 신주를 각각 취득

- 신청인은 행사시잉기 비과세 특례한도 내로 판단하여 행사이익을 합산하여 신고하지 않고 납부특례도 신청하지 않음

- 이후 각 주식매수선택권 행사이익에 대하여 매매사례가액 등이 존재함을 인지하였고, 향후 기한후신고 및 수정신고(이하 "기한후 신고 등")절차를 통해 납부특례를 신청할 예정

2. 질의요지

「조세특례제한법 시행령」제14조의3의 규정에 따른 절차적 요건을 충족하지 못한 경우에도 기한 후 특례적용신청서 제출로 같은 법 제16조의3의 분할납부특례를 적용받을 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 조 세특례제한법 제16조의3

① 벤처기업 임원 등이 2024년 12월 31일 이전에 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제16조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권 및 「상법」 제340조의2 또는 제542조의3에 따라 부여받은 주식매수선택권을 행사함으로써 발생한 벤처기업 주식매수선택권 행사이익(제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다)에 대한 소득세는 다음 각 호에 따라 납부할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가격과 시가와의 차액을 현금으로 교부받는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2015.12.15, 2017.12.19, 2018.12.24, 2019.12.31, 2021.12.28, 2022.12.31>

1. 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대하여 벤처기업 임원 등이 원천 징수의무자에게 납부특례의 적용을 신청하는 경우 「소득세법」 제127조 , 제134조 및 제145조에도 불구하고 소득세를 원천징수하지 아니한다.

2. 제1호에 따라 원천징수를 하지 아니한 경우 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 「소득세법」 제70조 및 제76조에 따른 종합소득과세표준 확정신고 및 확정신고납부 시 벤처기업 주식매수선택권 행사이익을 포함하여 종합소득 과세표준을 신고하되, 벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 관련한 소득세액으로서 대통령령으로 정하는 금액의 5분의 4에 해당하는 금액(이하 이 항에서 "분할납부세액"이라 한다)은 제외하고 납부할 수 있다.

3. 제2호에 따라 소득세를 납부한 경우 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 다음 4개 연도의 「소득세법」 제70조 및 제76조에 따른 종합소득과세표준 확정신고 및 확정신고납부 시 분할납부세액의 4분의 1에 해당하는 금액을 각각 납부하여야 한다.

② 벤처기업 임원 등이 제1항에 따라 소득세를 납부하는 중 「소득세법」 제74조제4항 의 사유가 발생한 경우에는 해당 규정을 준용한다.

③ 제1항과 제2항을 적용하는 경우 특례 신청절차, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다 .

○ 조 세특례제한법 시행령 제14조의3

① 법 제16조의3제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 계산식에 따라 계산한 금액을 말한다. 이 경우 해당 과세기간의 종합소득 금액과 주식매수선택권 행사이익에 따른 소득금액을 계산할 때 법 제16조의2에 따라 비과세되는 금액은 제외한다. <개정 2018.2.13.>

해당 과세기간의 종합소득금액에 대한 결정세액

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해당 과세기간의 종합소득금액에서 주식매수선택권 행사이익에 따른 소득금액을 제외하여 산출한 결정세액

② 법 제16조의3제1항에 따라 소득세를 납부하려는 벤처기업의 임원 또는 종업원(이하 이 조에서 "벤처기업 임원 등"이라 한다)은 주식매수선택 권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 5일까지 기획재정부령으로 정하는 특례적용신청서(이하 이 조에서 "특례적용신청서"라 한다)를 원천 징수의무자에게 제출하여야 한다. <개정 2018.2.13>

③ 제2항에 따라 특례적용신청서를 제출받은 원천징수의무자는 기획재정부령으로 정하는 특례적용대상명세서를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제2항에 따라 특례적용신청서를 제출한 벤처기업 임원 등은 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 「소득세법」 제70조 에 따른 종합소득과세표준 확정신고를 할 때 특례적용신청서의 사본을 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다 .

⑤ 제2항부터 제4항까지의 규정에도 불구하고 제2항의 기간 내에 특례적 용신청서를 제출하지 아니한 벤처기업 임원 등으로서 법 제16조의3제1항에 따라 소득세를 납부하려는 자는 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 과세기간의 종합소득금액에 대한 「소득세법」 제70조 에 따른 종합소득 과세표준 확정신고를 할 때 특례적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2018.2.13>

조세특례제한법 제16조의3