2026년 9월 17일
소급 고지된 직원 부담분 대납 시 근로소득 원천징수와 급여 일괄공제 방법
원래 질문: 직원 2명을 둔 음식점을 운영하는데, 공단 지도점검으로 작년 8개월치 4대보험이 소급 고지돼 직원 부담분만 약 190만원 나왔습니다. 한 명은 이미 퇴사해 돈을 받기 어려워서 제가 대신 내려고 하는데, 이 금액을 그 직원의 근로소득으로 봐서 원천징수를 다시 해야 하나요? 재직 중인 직원 몫은 다음 달 급여에서 한꺼번에 빼도 되는지도 궁금합니다.
핵심 답변
퇴사한 직원 몫의 보험료를 사장님이 대신 내고 돌려받지 않기로 했다면, 그 금액은 원칙적으로 그 직원의 근로소득으로 봅니다. 사회보험료 중 비과세로 인정되는 것은 사업주가 원래 내야 하는 몫뿐입니다. 근로자가 낼 몫을 회사가 떠안으면 직원에게 경제적 이익을 준 셈이 됩니다. 재직 중인 직원 몫은 급여에서 공제할 수 있지만, 한 달 급여에서 몰아서 빼는 것은 신중해야 합니다.
자세한 설명
공단은 근로자 부담분까지 합쳐 사업주에게 보험료를 고지하고, 사업주는 그중 근로자 몫을 급여에서 떼는 구조입니다. 대신 낸 퇴사자 몫은 인건비로 비용처리할 수 있고, 원천징수와 근로소득 지급명세서도 이에 맞춰 정리해야 합니다. 다만 이번 건은 작년 8개월분이 소급된 것입니다. 작년 귀속으로 보고 연말정산을 고칠지, 올해 소득으로 처리할지는 사실관계에 따라 달라질 수 있으니 신고 전에 반드시 확인하시기 바랍니다.
실무에서 흔한 실수는 대신 낸 금액을 세금과공과로만 처리하고 원천징수는 손대지 않는 경우입니다. 나중에 근로소득 누락이 드러나면 원천징수 관련 가산세가 붙을 수 있습니다. 퇴사자에게 청구할 여지가 남아 있다면, 받을 돈으로 관리하다가 회수하지 않기로 확정한 시점에 처리하는 방법도 있습니다.
2026년 기준으로도 재직 중인 직원 몫은 법에 따라 급여에서 공제할 수 있습니다. 그러나 여러 달치를 한 번에 빼면 실수령액이 크게 줄어 임금 다툼이나 퇴사로 번지기 쉽습니다. 직원에게 사정을 설명하고 동의를 받아 몇 달에 나눠 공제하는 방식이 무난합니다. 급여명세서에는 소급분 공제 내역을 따로 적어 두세요. 공단에 분할 납부를 신청할 수 있는지도 알아보시면 자금 부담을 덜 수 있습니다. 구체적인 조건은 상황마다 다르니 해당 공단에 확인하시기 바랍니다.
직원이 낸 보험료는 연말정산 때 소득공제에 반영됩니다. 그래서 어떻게 처리하느냐에 따라 직원의 공제 금액도 달라집니다. 귀속연도와 지급명세서를 어디까지 고칠지는 급여 기록을 보고 판단해야 하므로, 신고 전에 세무사와 상담해 정리하시길 권합니다.
백승택 세무사가 검토한 답변입니다
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작성 정보
- 작성일
- 2026.09.17
- 검토일
- 2026.09.28