2026년 9월 22일
피부과 공통매입세액 재계산, 과세비율 40%→25% 하락 시 2026년 추가 납부액 계산법
원래 질문: 피부과 의원을 운영하며 면세 진료와 과세 미용시술을 함께 하고 있습니다. 2025년 상반기에 레이저 장비를 1억 2천만원(부가세 1,200만원)에 사서 당시 과세 매출 비율 40%로 공통매입세액을 안분해 공제받았는데, 올해 과세 비율이 25%로 떨어졌습니다. 공통매입세액 재계산으로 부가세를 더 내야 하는지, 추가 납부액은 어떻게 계산하나요?
핵심 답변
과세 비율이 40%에서 25%로 떨어졌다면 면세공급가액 비율은 60%에서 75%로 15%포인트 늘어난 것입니다. 따라서 공통매입세액 재계산 대상이 되고, 부가가치세를 추가로 내야 합니다. 과세사업과 면세사업에 함께 쓰는 감가상각자산은, 나중 과세기간의 면세비율이 공제받을 때보다 5% 이상 늘거나 줄면 확정신고 때 그 차이만큼 납부세액에 더하거나 빼도록 되어 있기 때문입니다.
자세한 설명
계산식은 "매입세액 × (1 − 체감률 × 경과된 과세기간 수) × 면세비율 증가분"입니다. 2026년 기준 체감률은 건물·구축물이 과세기간마다 5%, 그 밖의 감가상각자산이 25%입니다. 레이저 장비에는 25%를 적용합니다. 경과된 과세기간 수를 셀 때는 취득일이 속한 과세기간의 첫날에 취득한 것으로 봅니다.
질문하신 사례에 넣어 보겠습니다. 2025년 1기에 장비를 샀고, 2025년 2기에는 비율 변동이 5% 미만이라 재계산이 없었다고 가정합니다. 이 경우 2026년 1기 확정신고 때 경과된 과세기간은 2개이므로, 1,200만원 × (1 − 25% × 2) × 15% = 90만원이 납부세액에 더해집니다. 과세 비율 하락이 2026년 2기에 처음 확인된다면 경과된 과세기간이 3개가 되어 1,200만원 × 25% × 15% = 45만원으로 줄어듭니다. 4개 과세기간이 지나면 체감률이 100%가 되므로 더 이상 재계산하지 않습니다.
주의할 점도 있습니다. 비교 기준은 최초 공제 때의 비율이 아니라 직전에 재계산한 과세기간의 비율입니다. 재계산은 예정신고가 아니라 확정신고 때만 하고, 비율은 그 과세기간 6개월간의 과세·면세 공급가액으로 계산합니다.
피부과에서 자주 보는 실수는 재계산을 아예 빠뜨리는 경우입니다. 면세 진료분은 사업장현황신고로, 미용시술분은 부가세 신고로 따로 처리하다 보니 비율 변동을 알아채지 못하는 것입니다. 2025년 2기에 이미 비율이 5% 이상 달라졌다면 그때 재계산했어야 합니다. 빠뜨렸다면 수정신고와 가산세 문제가 생길 수 있으니 과세기간별 비율부터 다시 확인해 보시기 바랍니다.
장비를 여러 대 샀거나 일부를 처분한 경우에는 계산이 더 복잡해집니다. 정확한 추가 납부액은 과세기간별 공급가액 자료를 들고 세무사와 상담해 확인하시기를 권합니다.
백승택 세무사가 검토한 답변입니다
세무사 검토 의견
과세사업과 면세사업을 함께 하는 사업자는 면세 진료 수입도 부가가치세 신고서에 함께 적어 신고하므로, 그렇게 신고하셨다면 별도의 사업장현황신고는 하지 않아도 됩니다(소득세법 제78조제1항제2호 단서). 위 계산 금액은 2025년 2기에 면세비율 변동이 5퍼센트 미만이어서 재계산이 없었다는 가정에서 나온 것이므로, 실제 추가 납부액은 과세기간별 과세와 면세 공급가액을 넣어 다시 산정하셔야 합니다.
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작성 정보
- 작성일
- 2026.09.22
- 검토일
- 2026.09.25