양도세 자진납부 신고하고 수년이 지난 경우 농특세 부과가 타당한지 여부

1. 질의내용 요약

1. △△시 ○○동 답 415㎡를 1995. 7. 24 국민주택건설용지로 주택건설사업자에게 양도하고 (구)조세감면규제법 제66조의 규정에 의하여 양도소득세를 일부 감면받아 1996. 05. 31자 양도소득세를 납부함.

2. 1999. 01. 12자로 농어촌특별세가 부과됨

양도세 자진납부 신고를 했으며 수년이 지났는데 농특세 부과가 타당한지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 구(1995.1.5 법률 제4933호)조세감면규제법 제66조

①내국인이 다음 각호의 1에 해당하는 건설용지로 토지(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(양도일부터 소급하여 5년이전에 취득한 토지를 양도하는 경우에는 100분의 50)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 주택건설촉진법 제6조의 규정에 의하여 등록한 주택건설사업자(이하 이 조에서 “주택건설등록업자”라 한다)가 건설하는 대통령령이 정하는 규모이하의 주택(이하 “국민주택”이라 한다)의 건설용지

2. 대통령령이 정하는 무주택종업원에게 임대하기 위하여 국민주택(이하 이 조에서 “사원용 임대주택”이라 한다)을 건설하는 자로서 대통령령이 정하는 자(이하 이 조에서 “사원용 임대주택건설자”라 한다)가 건설하는 사원용 임대주택의 건설용지

3. 대통령령이 정하는 기숙사건설자(이하 이 조에서 “기숙사건설자”라 한다)가 건설하는 대통령령이 정하는 기숙사의 건설용지

②주택건설등록업자ㆍ사원용 임대주택건설자 또는 기숙사건설자가 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 토지에 국민주택ㆍ사원용 임대주택 또는 기숙사를 건설하지 아니하거나 대통령령이 정하는 사유가 발생한 때에는 제1항의 규정에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 주택건설등록업자ㆍ사원용 임대주택건설자 또는 기숙사건설자로부터 소득세 또는 법인세에 가산하여 징수한다.

③제1항의 규정에 의하여 감면받은 세액을 제2항의 규정에 의하여 징수하는 경우에는 제31조제6항의 규정을 준용한다.

④제1항의 규정은 대통령령이 정하는 바에 따라 주택건설등록업자ㆍ사원용 임대주택건설자 또는 기숙사건설자가 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다.

○ 구(1994.12.22 법률 제4809호) 농촌특별세법 제3조

다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다. <개정 1994.12.22>

1. 제2조제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자

2. 법인세법 제22조제1항 또는 제57조의 규정에 의한 세율을 적용받는 법인세의 납세의무자중 과세표준금액이 5억원을 초과하는 법인

3. 특별소비세법 제1조제2항의 물품중 제1종제1호 및 제2호, 제3종제5호, 제4종제2류제3호 및 제5호의 물품 또는 동조제3항제4호의 입장행위에 대한 특별소비세 납세의무자

4. 증권거래세법 제3조제1호 에 규정된 증권거래세 납세의무자

5. 지방세법에 의한 취득세 또는 경주ㆍ마권세의 납세의무자

6. 지방세법에 의한 종합토지세의 납세의무자로서 납부세액이 500만원을 초과하는 자

○ 구(1994.12.22 법률 제4809호) 농촌특별세법 제2조

① 이 법에서 “감면”이라 함은 조세감면규제법ㆍ 관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 것 을 말한다.

1. 비과세ㆍ세액면제ㆍ 세액감면 ㆍ세액공제 또는 소득공제

2. 조세감면규제법 제59조제1항의 규정에 의한 공공법인에 대한 법인세특례세율의 적용 또는 동법 제81조제1항의 규정에 의한 이자ㆍ배당소득에 대한 소득세특례세율의 적용

②이 법에서 “본세”라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

1. 제5조제1항제1호의 규정에 의한 농어촌특별세의 경우에는 감면을 받는 당해 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세

2. 제5조제1항제2호의 규정에 의한 농어촌특별세의 경우에는 소득세

3. 제5조제1항제3호의 규정에 의한 농어촌특별세의 경우에는 법인세

4. 제5조제1항제4호의 규정에 의한 농어촌특별세의 경우에는 특별소비세

5. 제5조제1항제5호의 규정에 의한 농어촌특별세의 경우에는 증권거래세

6. 제5조제1항제6호의 규정에 의한 농어촌특별세의 경우에는 취득세

7. 제5조제1항제7호의 규정에 의한 농어촌특별세의 경우에는 경주ㆍ마권세

8. 제5조제1항제8호의 규정에 의한 농어촌특별세의 경우에는 종합토지세

③제1항 및 제2항에 규정된 용어외의 용어에 대한 정의는 본세에 관한 법률이 정하는 바에 따른다.

나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 재일46014-1502,1996.06.21

국민주택건설용지로 주택건설사업자에게 양도한 토지에 대하여 조세감면규제법 제66조의 규정에 의한 감면이 적용된 경우에는 그 양도토지가 농지라 하더라도 감면받은 세액에 대하여는 농어촌특별세가 과세되는 것임.

○ 재일46014-1256,1999.06.30

농어촌특별세는 당해 본세를 신고ㆍ납부하는 때에 함께 신고ㆍ납부하여야 하는 것이며, 이 경우 농어촌특별세를 기한내에 납부하지 아니하거나 미달하게 납부한 경우에는 그 납부하지 아니하거나 미달한 세액의 100분의 10에 해당하는 금액을 농어촌특별세법 제11조 의 규정에 의하여 가산세로 가산하는 것임.

○ 재일46014-2101,1996.09.12

- 1992. 12. 31 이전에 사업시행고시가 난 토지로 1995. 3.에 국가에 수용이 되었음. 이 토지는 1993. 12.에 주거지역으로 편입되었으며 지목은 답으로 양도당시까지 농사를 지어왔을 경우에 양도소득세가 100% 감면받을시 농어촌특별세가 비과세되는지.

-또한 국가에 수용되지 않고 국민주택건설업자에게 양도했을시 농어촌특별세가 비과세되는지.

소득세법시행령 제162조 의 규정에 따른 양도일 현재 조세감면규제법 제55조 제1항 제1호의 규정에 따른 농지소재지에 거주하는 자가 직접 경작하는 농지를 공공사업용 토지로 양도한 것에 대하여 양도소득세가 감면되는 경우에는 도시계획법상에 의한 주거지역ㆍ공업지역ㆍ상업지역에 편입된 경우라도 농어촌특별세가 과세되지 아니하는 것이며, 조세감면규제법 제66조에 의하여 국민주택건설용지 등에 대한 양도소득세가 감면되는 부분에 대하여는 농어촌특별세가 과세되는 것임.

조세특례제한법 제66조