국가전략기술사업화시설에 대한 추가공제 계산방법

1. 사실관계

○ 질의법인은 첨단소재 등 제조업을 영위하는 법인으로,

- ’21년 개정된 「조세특례제한법｣ 제24조 * 에 따라 이차전지 소재 시설에 대해 연구개발세액공제기술심의위원회의 심의를 거쳐 국가전략기술사업화시설로 인정받았음

* ’21년 국가전략기술사업화시설에 대한 투자세액공제 신설(’21.12.28. 법률 제18634호)

(부칙) ’21.7.1. 이후 국가전략기술사업화시설에 투자하는 경우부터 적용

○ 질의법인은 국가전략기술사업화시설로 인정받은 시설과 동일한 성격의 이차전지 소재 시설에 대해 2021년 이전부터 지속적으로 투자를 해왔음

2. 질의내용

○ 국가전략기술사업화시설로 인정받은 시설과 동일한 성격의 시설에 대한 개정 전의 투자금액이 직전 3년간 연평균 투자금액에 포함되는지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제24조

(2021.12.28. 제18634호로 개정된 것)

① 대통령령으로 정하는 내국인이 제1호가목 또는 나목에 해당하는 자산에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하는 경우에는 제2호 각 목에 따른 기본공제 금액과 추가공제 금액을 합한 금액을 해당 투자가 이루어지는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 공제대상 자산

가. 기계장치 등 사업용 유형자산. 다만, 대통령령으로 정하는 자산은 제외한다.

나. 가목에 해당하지 아니하는 유형자산과 무형자산으로서 대통령령으로 정하는 자산

2. 공제금액

가. 기본공제 금액 : 해당 과세연도에 투자한 금액의 100분의 1(중견기업은 100분의 3 중소기업은 100분의 10)에 상당하는 금액. 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음의 구분에 따른 금액으로 한다.

1) 신성장ㆍ원천기술의 사업화를 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설(이하 이 조에서 "신성장사업화시설"이라 한다)에 투자하는 경우: 100분의 3(중견기업은 100분의 5, 중소기업은 100분의 12)에 상당하는 금액

2) 국가전략기술의 사업화를 위한 시설로서 대통령령으로 정하는 시설(이하 이 조에서 "국가전략기술사업화시설"이라 한다)에 2024년 12월 31일까지 투자하는 경우: 100분의 6(중소기업은 100분의 8, 중소기업은 100분의 16)에 상당하는 금액

나. 추가공제 금액: 해당 과세연도에 투자한 금액이 해당 과세연도의 직전 3년간 연평균 투자 또는 취득금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액의 100분의 3(국가전략기술사업화시설의 경우에는 100분의 4)에 상당하는 금액. 다만, 추가공제 금액이 기본공제 금액을 초과하는 경우에는 기본공제 금액의 2배를 그 한도로 한다.

② 제1항에 따른 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 그 투자가 이루어지는 과세연도마다 해당 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항을 적용한다.

⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 투자금액의 계산방법, 해당 과세연도의 직전 3년간 연평균 투자금액의 계산방법, 신성장사업화시설 및 국가전략기술사업화시설의 판정방법 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제21조

(2022.2.15. 대통령령 제32413호로 개정된 것)

④ 법 제24조제1항제2호가목1) 및 2)에서 "대통령령으로 정하는 시설"이란 다음 각 호의 시설을 말한다.

1. 법 제24조제1항제2호가목1)의 시설: 다음 각 목의 시설

가. 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 신성장ㆍ원천기술을 사업화하는 시설(신성장ㆍ원천기술을 사용하여 생산하는 제품 외에 다른 제품의 생산에도 사용되는 시설을 포함한다)로서 연구개발세액공제기술심의위원회의 심의를 거쳐 기획재정부장관과 산업통상자원부장관이 공동으로 인정하는 시설(이하 "신성장사업화시설"이라 한다)

나. 별표 7 제6호가목1) 및 2)의 기술이 적용된 5세대 이동통신 기지국(이와 연동된 교환시설을 포함한다)을 운용하기 위해 필요한 설비로서 「전기통신사업 회계정리 및 보고에 관한 규정」 제8조에 따른 전기통신설비 중 같은 조 제1호, 제2호 및 제6호에 따른 교환설비, 전송설비 및 전원설비

2. 법 제24조제1항제2호가목2)의 시설: 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 국가전략기술을 사업화하는 시설(국가전략기술을 사용하여 생산하는 제품 외에 다른 제품의 생산에도 사용되는 시설을 포함한다)로서 연구개발세액공제기술심의위원회의 심의를 거쳐 기획재정부장관과 산업통상자원부장관이 공동으로 인정하는 시설(이하 "국가전략기술사업화시설"이라 한다)

⑦ 법 제24조제1항 및 제2항에 따른 투자금액은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액으로 한다.

1. 총투자금액에 ｢법인세법 시행령｣ 제69조제1항 에 따른 작업진행률에 의하여 계산한 금액과 해당 과세연도까지 실제로 지출한 금액 중 큰 금액

2. 다음 각 목의 금액을 더한 금액

가. 해당 과세연도 전에 법 제24조를 적용받은 투자금액

나. 해당 과세연도 전의 투자분으로서 가목의 금액을 제외한 투자분에 대하여 제1호를 준용하여 계산한 금액

⑧ 법 제24조제1항제2호나목 및 같은 항 제3호나목에 따른 3년간 연평균 투자금액의 계산은 다음 계산식에 따른다. 이 경우 내국인의 투자금액이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 세액공제를 받으려는 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 36개월 미만인 경우에는 그 기간에 투자한 금액의 합계액을 36개월로 환산한 금액을 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 3년간 투자한 금액의 합계액으로 보며, 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 “합병법인등”이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 현물출자를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인, 또는 현물출자자가 투자한 금액은 합병법인등이 투자한 것으로 본다.

⑨ 법 제24조제1항제2호나목 및 같은 항 제3호나목을 적용할 때 제8항에 따라 계산한 3년간 투자한 연평균 투자금액이 없는 경우에는 추가공제 금액이 없는 것으로 한다.

⑫ 제1항부터 제11항까지의 규정을 적용할 때 투자의 개시시기에 관하여는 제23조제14항을 준용한다.

⑬ 법 제24조제1항에 따른 세액공제를 적용받으려는 자는 해당 과세연도의 과세표준신고서와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다. 이 경우 신성장사업화시설 또는 국가전략기술사업화시설의 인정을 받을 것을 조건으로 그 인정을 받기 전에 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 세액공제를 신청할 수 있다.

○ 조세특례제한법 시행규칙 제12조의2

② 영 제21조제4항제2호에서 "기획재정부령으로 정하는 바에 따라 국가전략기술을 사업화하는 시설"이란 별표 6의2에 따른 시설을 말한다.

○ 조세특례제한법 부칙 제7조

(2021.12.28.-제18634호)

제24조의 개정규정 중 국가전략기술사업화시설에 관한 부분은 2021년 7월 1일 이후 국가전략기술사업화시설에 투자하는 경우부터 적용한다.

조세특례제한법 제24조