장기보유특별공제율 표2 적용 시 근무상 형편으로 거주하지 않은 기간을 포함할 수 있는지 여부

1. 사실관계

○ 신청인은 서울 소재 A주택을 1989.4월 취득함

○ A주택에 1989.4.14. 전입하여 거주하던 중 갑자기 직장의 인사명령에 따라 □□과 ◎◎에서 지방 근무하다가, 서울 복귀 발령 후 전세 계약기간이 남아 있어 즉시 재전입하지 못하고 2006.6.12. A주택에 다시 전입하여 거주함(서울에서 퇴거하여 지방에 거주 중이던 기간을 “퇴거기간”이라 함)

○ 신청인은 2021.12.23. A주택을 양도하고 소유권이전등기 완료함

2. 질의내용

○ 질의 사실관계의 ‘퇴거기간’이 ｢소득세법｣ 제95조제2항 의 ‘표2’에 따른 거주기간에 포함되는지

3. 관련법령

○ 소득세법 제95조

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유 특별공제액”이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣ 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 다른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

○ 소득세법 시행령 제159조의4

법 제95조제2항 표 외의 부분 단서에서 “대통령령으로 정하는 1세대1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조․제155조의2․제156조의2․제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람이 거주한 기간으로 판단한다.

소득세법 제95조 · 소득세법시행령 제159조의4