본사 지방이전 감면 적용 시 감면세액 계산 방법

1. 사실관계

○ 자문대상법인은 2015.5.6. 본사를 수도권(성남)에서 지방(진주)으로 이전하고, 2015사업연도에 대한 법인세 신고 시 조특법 제63조의2의 규정에 의한 ‘본사 지방이전 감면’을 신청누락한 사실을 확인하고, 이에 따른 *,***억 원의 환급을 구하는 법인세 경정청구서를 제출함

○ 자문대상법인은 ‘급여총액비율’ 계산 시 본사 이전 후 2015.7월과 8월에 지급한 2014년도 경영평가에 의한 성과상여금 ***억원(7월 ***억, 8월 ***억)을

- ‘이전본사 근무인원이 이전 후에 근로를 제공함에 따라 발생한 급여총액’에 포함하여 비율을 계산함

2. 질의내용

○ 자문대상법인이 2015.7월 2014사업연도의 경영성과에 대해 임직원에게 지급한 일반성과급 ***억원이 “이전 후에 근로를 제공함에 따라 발생한 급여총액”에 포함되는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

○ 조세특례제한법 제63조의2

① 다음 각 호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "지방이전법인"이라 한다)은 제2항부터 제4항까지의 규정에 따라 법인세를 감면받을 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부동산업, 건설업, 소비성서비스업 , 무점포판매업 및 해운중개업을 경영하는 법인의 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2010.1.1, 2011.12.31, 2014.12.23>

1. 수도권과밀억제권역에 3년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사 업을 하거나 3년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 "본사"라 한다)를 둔 법인일 것

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 수도권 밖(공장시설을 광역시로 이 전하는 경우에는 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따른 산 업단지만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령으로 정 하는 바에 따라 2017년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시 하 거나, 수도권 밖에 2020년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신 축하여 사업을 개시할 것(공장 또는 본사의 부지를 2017년 12월 31일까지 보유하고 2017년 12월 31일이 속하는 과세연도의 과세표준신고를 할 때 이전계획서를 제출하는 경우만 해당한다)

② 지방이전법인은 제1호부터 제3호까지의 소득에 대하여 이전일 이후 지방이전법인에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 소득이 발생하지 아니한 경우에는 이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 4년) 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 3년(수도권 외 지역에 소재하는 광역시 및 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하는 경우에는 2년) 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세 액을 감면한다.

1. 공장을 이전한 경우에는 그 공장에서 발생하는 소득

2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 또는 다목 중 작은 비율과 라목의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득

가. 해당 과세연도의 과세표준에서 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액

나. 해당 과세연도의 수도권 밖으로 이전한 본사(이하 이 조에서 "이 전본사"라 한다) 근무 인원이 이전 후에 근로를 제공함에 따라 발생한 급여 총액이 법인 전체 인원이 근로를 제공함에 따라 발 생한 연간 급여 총액에서 차지하는 비율

다. 해당 과세연도의 이전본사 근무인원이 법인전체 근무인원에서 차지하는 비율

라. 해당 과세연도의 전체 매출액에서 대통령령으로 정하는 위탁가공 무역에서 발생하는 매출액을 뺀 금액이 해당 과세연도의 전체 매출액에서 차지하는 비율

3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 해당 과세연도의 소 득금액을 한도로 한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제60조의2

⑧ 법 제63조의2제2항제2호를 적용할 때 같은 호 나목의 급여는 「소득세법」 제20조제1항제1호 및 제4호에 따른 급여와 소득을 말하며, 같은 호 라목에 따른 위탁가공무역에서 발생한 매출액은 다른 매출액과 구분경리하여야 한다. <개정 2015.2.3>

조세특례제한법 시행령 제60조의2 · 조세특례제한법 제63조의2 · 소득세법 제20조