조특령§97의3⑤ 계산식의 분자, 분모가 모두 음수인 경우 임대기간 중에 발생한 양도차익

1. 사실관계

○ ’16.05월 주택(A) 취득하여 준공공임 대주택으로 등록

○ ’24.05월 임대기간 만료로 임대주택 자동말소

※ 조특법§97의3 따른 장기일반민간임대주택 요건을 갖춘 것으로 전제

○ ’26.05월 주택(A) 양도

※ 임대기간 마지막 날 및 양도일 기준시가는 취득(임대개시)일 기준시가 보다 낮지만 실거래가액은 높은 것을 전제

2. 질의내용

○ 舊조특법§97의3의 요건을 충족한 장기일반민간임대주택을 양도하는 경우로서,

- 조특법§97의3 적용시 조특령§97의3⑤ 계산식의 분모와 분자가 모두 음수인 경우 임대기간 중에 발생한 양도차익 범위

전체 양도차익

×

임대기간 마지막 날 기준시가

-

임대기간 개시일 기준시가

양도일 기준시가

-

취득일 기준시가

3. 관련법령

□ 조세특례제한법 (2022.12.31. 법률 제19199호로 개정된 것) 제97조의3

① 대통령령으로 정하는 거주자가 2020년 12월 31일(｢민간임대주택에 관한 특별법｣제2조제2호에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2022년 12월 31일) 까지 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제2조제4 호에 따른 공공지원민 간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대 주택을 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반 민간 임대주택으로 등록 신청한 경우로서 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이나 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣(법률 제17482호로 개정 되기 전의 것을 말한다) 제2조제6호에 따른 단기 민간임대 주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조제3항에 따라 공 공 지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]하여 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우 그 주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택등”이라 한다)을 양도 하는 경우에 대 통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 소 득에 대 해서는 ｢소득세법｣제95조제1항에 따른 장기보 유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 장기일반민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제 율을 적용한다.

□ 조세특례제한법 (2026.02.27. 대통령령 제36127호로 개정된 것) 시행령 제97조의3

⑤ 「소득세법」제95조제1항에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 법 제97조의3제1항에 따라 100분의 70의 공제율을 적용하는 경우에는 임대기간 중에 발생한 양도차익에 한정하여 적용하며, 임대 기간 중 양도차익은 기준시가를 기준으로 다음 계산식에 따라 산 정 한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도 하거나 제1항에 따른 임대기간의 마지막 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용하여 계산한다. <개정 2026.2.27.>

A

×

B - C

D - E

A : ｢소득세법｣제92조제2항제1호에 따른 양도차익

B : 제2항에 따른 실제 임대기간의 마지막 날의 기준시가

C : 제2항에 따른 실제 임대기간의 개시일의 기준시가

D : 양도일의 기준시가

E : 취득일의 기준시가

□ 조세특례제한법 (2021.02.17. 대통령령 제31444호로 개정된 것) 시행령 제97조의3

⑤ 「소득세법」 제95조제1항 에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 법 제97조의3제1항 본문에 따른 100분의 50의 공제율 또는 같은 항 단서에 따른 100분의 70의 공제율을 적용할 때에는 임대기간 중에 발생한 양도차익에 한정하여 적용하며, 임대기간 중 양도차익은 기준시가를 기준으로 산정한다. <신설 2021.2.17.>

※ 개정취지 : 임대주택 특례 제도 정비 및 관련 조문 명확화

부칙 <제31444호, 2021.2.17.>

제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. (이하 생략)

제2조(일반적 적용례) ② 이 영 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

조세특례제한법 제97조의3