사내 부속의원에서 대가를 받고 소속 직원에게 의료용역을 공급하는 경우 관련 매입세액 공제 여부

[ 문서번호 ]

서면-2022-법규부가-0020(2024.01.25)

[ 세목 ]

부가

[ 납세자회신번호 ]

법규과-255

[ 제 목 ]

사내 부속의원에서 대가를 받고 소속 직원에게 의료용역을 공급하는 경우 관련 매입세액 공제 여부

[ 요 지 ]

사내 부속의원에서 소속 직원에게 대가를 받고 소속 직원에게 의료용역을 공급하는 경우 관련 매입세액은 공제하지 아니하는 것임

[ 답변내용 ]

귀 서면질의의 경우 기획재정부 해석(부가가치세제과-68, 2024.1.25.)을 참조하시기 바랍니다.

○ 기획재정부 부가가치세제과-68, 2024.1.25.

귀 질의와 관련하여 사내 부속의원에서 소속 직원에게 대가를 받고 소속 직원에게 의료용역을 공급하는 경우 해당 면세사업과 관련된 매입세액은 공제하지 아니하는 것 입니다 .

[ 관련법령 ]

부가가치세법 제39조

질의요지

○ 사내 부속의원에서 대가를 받고 소속 직원에게 의료용역을 공급하는 경우 관련 매입세액 공제 여부

사실관계

○ ◎◎㈜ (이하 “질의법인”)는 ☆☆업을 영위하는 법인 으로 종사자 건강 및 사회안전을 구현하고자 산하조직으로 △△을 운영하고 있으며,

- △△ 은 사업장 내 ** 사고 및 ** 비상을 대비해 ’**년 각 **본부별로 비상의료지원센터 (Radiation Emergency Medical Center, 이하 “REMC”) 를 운영하고 있음

○ REMC는 **환자를 위한 샤워시설, 치료실 등의 시설과 구급차 등 응급의료장비를 갖추고 있고

- 평시에는 **종사자에 대한 건강관리 및 응급의료서비스, 교육 등을 지원하며 ** 비상 시 △△ 의 파견의료반과 함께 **현장 ** 비상 진료소를 운영함

○ 이후 질의법인은 각 **본부별 REMC에 의사, 간호사 등을 배치하여 ｢의료법｣에 따른 부속 의료기관 개설신고를 마쳤고

- 새롭게 설립될 부속의원은 현재 REMC가 수행하고 있는 ** 종사자에 대한 건강관리, 응급의료서비스 등을 수행할 뿐만 아니라

- 의사의 진찰· 진료, 전문의약품 투여 및 처방전 발행, 예방 접종 등 일반적인 의료기관에서 제공하는 의료서비스를 제공 할 예정임

관련 법령

□ 부가가치세법 제2조

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “사업자”란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업 상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다.

□ 부가가치세법 제11조

① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로 서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

1. 역무를 제공하는 것

□ 부가가치세법 제12조

① 사업자가 자신의 용역을 자기의 사업을 위하여 대가를 받지 않고 공급함으로써 다른 사업자와의 과세형평이 침해되는 경우에는 자기에게 용역을 공급하는 것으로 본다. 이 경우 그 용역의 범위는 대통령령으로 정한다.

 용역의 자가공급 범위에 대해 현재 대통령령에서 규정하고 있지 않음

□ 부가가치세법 제26조

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액

□ 부가가치세법 시행령 제35조

① 법 제26조제1항제5호에 따른 의료보건 용역은 다음 각 호의 용역(｢의료법｣ 또는 ｢수의사법｣에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

1. ｢의료법｣에 따른 의사, 치과의사, 한의사, 조산사 또는 간호사가 제공하는 용역. 다만, ｢국민건강보험법｣ 제41조제4항 에 따라 요양급여의 대상에서 제외되는 다음 각 목의 진료용역은 제외 한다.

가. 쌍꺼풀수술, 코성형수술, 유방확대·축소술(유방암 수술에 따른 유방 재건술은 제외한다), 지방흡인술, 주름살제거술, 안면윤곽술, 치아성형(치아미백, 라미 네이트와 잇몸성형술을 말한다) 등 성형수술(성형 수술로 인한 후유증 치료, 선천성 기형의 재건수술과 종양 제거에 따른 재건수술은 제외한다)과 악안면 교정술(치아교정치료가 선행되는 악안면 교정술은 제외한다)

나. 색소모반·주근깨·흑색점·기미 치료술, 여드름 치료술, 제모술, 탈모치료술, 모발이식술, 문신술 및 문신제거술, 피어싱, 지방융해술, 피부재생술, 피부미백술, 항노화치료술 및 모공 축소술

□ 부가가치세법 제38조

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적 으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기 가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

□ 부가가치세법 제39조

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 사업과 관련 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입 세액

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

□ 의료법 제2조

① 이 법에서 “의료인”이란 보건복지부장관의 면허를 받은 의사· 치과의사·한의사·조산사 및 간호사를 말한다.

□ 의료법 제3조

① 이 법에서 “의료기관”이란 의료인이 공중(公衆) 또는 특정 다수 인을 위하여 의료·조산의 업(이하 “의료업”이라 한다)을 하는 곳을 말한다.

② 의료기관은 다음 각 호와 같이 구분한다.

1. 의원급 의료기관: 의사, 치과의사 또는 한의사가 주로 외래 환자를 대상으로 각각 그 의료행위를 하는 의료기관으로서 그 종류는 다음 각 목과 같다.

가. 의원 (이하 생략)

□ 의료법 제33조

① 의료인은 이 법에 따른 의료기관을 개설하지 아니하고는 의료 업을 할 수 없으며, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 외에는 그 의료기관 내에서 의료업을 하여야 한다.

1. ｢응급의료에 관한 법률｣ 제2조제1호 에 따른 응급환자를 진료 하는 경우

2. 환자나 환자 보호자의 요청에 따라 진료하는 경우

3. 국가나 지방자치단체의 장이 공익상 필요하다고 인정하여 요청하는 경우

4. 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 가정간호를 하는 경우

5. 그 밖에 이 법 또는 다른 법령으로 특별히 정한 경우나 환자가 있는 현장에서 진료를 하여야 하는 부득이한 사유가 있는 경우

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 아니면 의료기관을 개설 할 수 없다. 이 경우 의사는 종합병원ㆍ병원ㆍ요양병원ㆍ정신 병원 또는 의원을, 치과의사는 치과병원 또는 치과의원을, 한의사는 한방병원ㆍ요양병원 또는 한의원을, 조산사는 조산원만을 개설할 수 있다.

1. 의사, 치과의사, 한의사 또는 조산사

2. 국가나 지방자치단체

3. 의료업을 목적으로 설립된 법인(이하 "의료법인"이라 한다)

4. ｢민법｣이나 특별법에 따라 설립된 비영리법인

5. ｢공공기관의 운영에 관한 법률｣에 따른 준정부기관, ｢지방의료 원의 설립 및 운영에 관한 법률｣에 따른 지방의료원, ｢한국보훈 복지 의료공단법｣에 따른 한국보훈복지의료공단

⑧ 제2항제1호의 의료인은 어떠한 명목으로도 둘 이상의 의료기관을 개설ㆍ운영할 수 없다. 다만, 2 이상의 의료인 면허를 소지한 자가 의원급 의료기관을 개설하려는 경우에는 하나의 장소에 한하 여 면허 종별에 따른 의료기관을 함께 개설할 수 있다.

□ 의료법 제35조

① 제33조제1항·제2항 및 제8항에 따른 자 외의 자가 그 소속 직원, 종업원, 그 밖의 구성원(수용자를 포함한다)이나 그 가족 의 건강관리를 위하여 부속 의료기관을 개설하려면 그 개설 장소를 관할하는 시장·군수·구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 부속 의료기관으로 병원급 의료기관을 개설하려면 그 개설 장소를 관할하는 시·도지사의 허가를 받아야 한다.

□ 의료법 제36조

제33조제2항 및 제8항에 따라 의료기관을 개설하는 자는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 다음 각 호의 사항을 지켜야 한다.

1. 의료기관의 종류에 따른 시설기준 및 규격에 관한 사항

2. 의료기관의 안전관리시설 기준에 관한 사항

4. 고가의료장비의 설치·운영 기준에 관한 사항

5. 의료기관의 종류에 따른 의료인 등의 정원 기준에 관한 사항

□ 의료법 시행규칙 제36조

① 법 제35조제1항에 따라 의료인ㆍ의료법인ㆍ국가ㆍ지방자치단체ㆍ비영리법인 또는 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 준정부기관 외의 자가 그 종업원 및 가족의 건강관리를 위하여 부속 의료기관을 개설하려면 별지 제20호서식의 부속 의료기관 개설신고서 또는 개설허가신청서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 시ㆍ도지사나 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출하여야 한다.

3. 법 제36조제1호ㆍ제2호ㆍ제4호 및 제5호의 준수사항에 적합함을 증명하는 서류

□ 의료법 시행규칙 제34조

법 제36조제1호에 따른 의료기관의 종류별 시설기준은 별표 3과 같고, 그 시설규격은 별표 4와 같다.

□ 의료법 시행규칙 제38조

① 법 제36조제5호에 따른 의료기관의 종류에 따른 의료인의 정원 기준에 관한 사항은 별표 5와 같다.

② 의료기관은 제1항의 의료인 외에 다음의 기준에 따라 필요한 인원을 두어야 한다.

3. 의료기관에는 보건복지부장관이 정하는 바에 따라 각 진료과목별로 필요한 수의 의료기사를 둔다.

5. 의료기관에는 보건복지부장관이 정하는 바에 따라 필요한 수의 간호조무사를 둔다.

③ 보건복지부장관은 간호사나 치과위생사의 인력 수급상 필요하다고 인정할 때에는 제1항에 따른 간호사 또는 치과위생사 정원의 일부를 간호조무사로 충당하게 할 수 있다.

□ 국민건강보험법 제41조

① 가입자와 피부양자의 질병, 부상, 출산 등에 대하여 다음 각 호의 요양급여를 실시한다.

1. 진찰ㆍ검사

2. 약제(藥劑)ㆍ치료재료의 지급

3. 처치ㆍ수술 및 그 밖의 치료

4. 예방ㆍ재활

5. 입원

6. 간호

7. 이송(移送)

② 제1항에 따른 요양급여(이하 "요양급여"라 한다)의 범위(이하 "요양급여대상"이라 한다)는 다음 각 호와 같다.

1. 제1항 각 호의 요양급여(제1항제2호의 약제는 제외한다): 제4항에 따라 보건복지부장관이 비급여대상으로 정한 것을 제외한 일체의 것

2. 제1항제2호의 약제: 제41조의3에 따라 요양급여대상으로 보건 복지부장관이 결정하여 고시한 것

③ 요양급여의 방법ㆍ절차ㆍ범위ㆍ상한 등의 기준은 보건복지부령 으로 정한다.

④ 보건복지부장관은 제3항에 따라 요양급여의 기준을 정할 때 업무나 일상생활에 지장이 없는 질환에 대한 치료 등 보건복지 부령으로 정하는 사항은 요양급여대상에서 제외되는 사항(이하 "비급여대상"이라 한다)으로 정할 수 있다.

부가가치세법 제39조