국내사업장을 가진 일본법인간 합병시 피합병법인 국내사업장의 이월결손금을 합병 합병법인의 국내사업장에 승계하여 공제받을 수 있는지 여부

1. 사실관계

○ △△ 중공업주식회사(이하 "합병법인"이라 함) 서울사무소는 일본국에 본점을 두고 있는 법 인으로서 199*.10.부터 한국 법원에 영업소로 등기되어 있고 한국 내에 「 법인세법」제94조의 규정에 의한 국내사업장(이하 "합병법인 국내사업장"이라 함)을 가지고 납세의무를 이행함

○ 또한 일본국 내에 본점을 두고 있는 다른 회사인 □□시스템주식회사(이하 "피합병법인"이라 함)도 역시 한국 법원에 영업소로 등기되어 있고, 2006.7.27. 한 국 내에 국내사업장(이하 "피합병법인 국내사업장"이 라 함)을 가지고 납세의무를 이행함

○ 2 010.10.1.부로 합병법인이 피합병법인 을 흡수합병함에 따라 피합병법인 국내사업장이 폐지되고 합병법인 국내사업장이 피합병법인 국내사업장의 모든 자산과 권리를 승계하여 대차대조표에 장부가액으로 합산함

- 피합병법인 국내사업장의 최종사업연도 (2010.4.1~2010.9.30.) 법인세 과세표준을 신고․ 완료하였으며, 이때 최종사업연도의 이월결손금은 275,538,718원이 남아 있는 상태임

○ 합병법인이 피합병법인을 흡수합병하여 모든 권리의무를 합병법인이 승계함에 따라 피합병법인 국내사업장에서 진행 중인 도급공사 전부를 합병법인 국내사업장에서 수행

- 이 에 따라 도급공사를 합병법인 국내사업장이 수행하게 되므로 2010.10.1부터 20 11.3.31.간의 기존 피합병법인 국내사업장의 국내원천소득은 합병법인 국내사업장에서 국내 원천소득을 합산하여 신고납부하게 됨

2. 신청내용

○ 국내사업장을 가지고 있는 일본법인간의 합병시 합병법인의 국내사업장이 피합병법인의 국내사업장에서 발생한 이월결손금을 승계하여「법인세법」제45조제2항의 규정에 따라 공제할 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제45조

① 합 병법인의 합병등기일 현재 제13조제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업 연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액[제113조제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하 지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안 분계산(按分計算)한 금액으로 한다. 이하 이 조에서 같다]의 범위에서는 공제하지 아니한다.

② 제 44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병 법 인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

③ 제44조의3제1항에 따른 합병의 경우 합병법인은 합병등기일 이후 5년 이내에 끝나는 사업연도에 발생한 피합병법인으로부터 양도받은 자산의 처 분손실을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액(해당 처 분손실을 공제하기 전 소득금액을 말한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소 득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. 이 경우 손금에 산입하지 아니한 처분손실은 피합병법인으로부터 승계한 결손금으로 보아 제2항을 적용한다.

④ 제 44조의3제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 감면 또는 세액 공제는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 또는 이 에 해당하는 법인세액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 적용한다.

⑤ 제 1항부터 제4항까지의 규정에 따른 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하는 결손금의 계산, 양도받은 자산의 처분손실 손금산입, 승계받은 사업에서 발생하는 소득금액에 해당하는 법인세액의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 시행령 제81조

① 법 제45조제1항에서 "대통령령으로 정하는 자산가액 비율"이란 합병등기일 현재 합병법인과 피합병법인의 사업용 고정자산가액 비율을 말한다. 이 경 우 합병법인이 승계한 피합병법인의 사업용 고정자산가액은 승계결손금 을 공 제하는 각 사업연도의 종료일 현재 계속 보유(처분 후 대체하는 경우를 포함한다)ㆍ사용하는 고정자산에 한정하여 그 고정자산의 합병등기일 현재 가액에 따른다. <개정 2009.2.4 부칙>

② 법 제45조제2항에 따라 합병법인이 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 승계하여 공제하는 결손금은 합병등기일 현재의 피합병법인의 법 제1 3조제1호에 따른 결손금(합병등기일을 사업연도의 개시일로 보아 계산한 금액을 말한다)으로 하되, 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도부터는 매년 순차적으로 1년이 지난 것으로 보아 계산한 금액(이하 이 조에서 "승계결손금의 범위액"이라 한다)으로 한다.

④ 피 합병법인의 사업을 승계한 합병법인의 결손금 공제, 익금산입 및 법인세 가 산에 있어서 사업의 계속 또는 폐지의 판정과 적용에 관하여는 제80조의2 제6항 및 제80조의4제8항을 준용한다.

○ 법인세법 제91조

① 국 내사업장을 가진 외국법인과 제93조제3호에 따른 소득이 있는 외국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 국내원천소득의 총합계액 (제98조제1항, 제98조의3 또는 제98조의5에 따라 원천징수되는 국내 원 천소득 금액은 제외한다)에서 다음 각 호에 따른 금액이나 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다.

1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에 발생한 결손금 (국 내에서 발생한 결손금만 해당한다)으로서 그 후의 각 사업연도의 과세 표 준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조제2항의 결손금으로서 제97조제1항 전단에 따라 준용되는 제60조 또는 제66조에 따라 신고하거나 결정·경정되거나, 「국세기본법」 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다.

2. 이 법과 다른 법률에 따른 비과세소득

3. 선박이나 항공기의 외국 항행(航行)으로 인하여 발생하는 소득. 다만, 그 외국법인의 본점 또는 주사무소가 있는 해당 국가가 우리나라의 법인이 운용 하는 선박이나 항공기에 대하여 동일한 면제를 하는 경우만 해당한다.

② 제 1항에 해당하지 아니하는 외국법인의 경우에는 제93조 각 호의 구분에 따른 각 국내원천소득의 금액을 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준으로 한다.

③ 제1항에 해당하는 외국법인의 국내원천소득으로서 제98조제1항, 제98조의 3 또는 제98조의5에 따라 원천징수되는 소득에 대한 법인세의 과세표준은 제93조 각 호의 구분에 따른 각 국내원천소득의 금액으로 한다.

④ 제1항제3호는 국내사업장을 가지고 있지 아니하는 외국법인에 대하여도 적용한다.

○ 법인세법 제92조

① 제91조제1항에 해당하는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득의 총합계액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 제14조부터 제18조까지, 제18조 의2, 제18조의3, 제19조, 제19조의2, 제20조부터 제30조까지, 제33조부터 제38조까지, 제40조부터 제44조까지, 제44조의2, 제44조의3, 제45조, 제46조, 제46조의2부터 제46조의5까지, 제47조, 제47조의2, 제50조, 제51조, 제 51조의2, 제52조, 제53조, 제53조의2, 제53조의3 및 제54조와 「조세특례 제한법」제138조를 준용하여 계산한 금액으로 한다.

○ 한․일 조세조약 제24조

1. 일 방체약국의 국민은 타방체약국에서 특히 거주와 관련하여 동일한 상황에 있는 동 타방 체약국 국민이 부담하거나 부담할 수 있는 조세 또는 이와 관 련된 요건과 다르거나 그보다 더 과중한 조세 또는 이와 관련된 요건을 부담하지 아니한다. 이 규정은 제1조의 규정에 불구하고 일방 또는 양 체약국의 거주자가 아닌 인에게도 적용한다.

2. 일방체약국의 기업이 타방체약국안에 가지고 있는 고정사업장에 대한 조세는 동일한 활동을 수행하는 동 타방체약국의 기업에 부과되는 조세보 다 불리하게 부과되지 아니한다. 이 규정은 일방체약국이 시민으로서의 지위 또는 가족부양 책임으로 인하여 자국의 거주자에게 부여하는 조세목 적상의 인적공제ㆍ감면 및 경감을 타방체약국의 거주자에게 부여하여야 할 의무를 동 일방체약국에 대하여 부과하는 것으로 해석되지 아니한다.

국세기본법 제45조 · 법인세법시행령 제81조 · 법인세법 제45조 · 법인세법 제91조 · 법인세법 제92조 · 법인세법 제94조 · 조세특례제한법 제138조