겸용사업자가 면세사업에 사용하던 자산양도시 과세여부

1. 질의내용 요약

(사실관계)

- 당사는 조경사업 및 기타사업을 겸영하고 있는 영리법인으로서 과세사업과 별도로 OO시 일대에 수목원 조성사업을 진행 중에 있으며, 수목원 조성부지 5필지 중 1필지는 당사의 소유이고, 나머지 4필지는 개인소유로서 당해 개인으로부터 사용승낙을 얻어 사업을 진행하고 있음.

- 수목원 조성사업은 「수목원 조성 및 진흥에 관한 법률」에 의거 현재 OO시로부터 ‘수목원 조성계획’ 승인을 득하여 공사진행 중에 있으며, 현재까지 공사비 일부 및 인허가 관련비용, 인건비 등이 집행된 상태이고, 집행비용은 완공 전까지 ‘건설중인자산’으로 계정처리하고 있음.

- 또한 당사는 부가가치세법 제12조 제1항 제15호 에서 "도서관ㆍ과학관ㆍ박물관ㆍ미술관ㆍ동물원 또는 식물원에의 입장"을 면세용역으로 정하고 있어 수목원운영사업을 면세사업으로 보아 수목원 조성비용(공사비, 인허가비 등)에 관련한 부가세 매입세액은 면세사업과 관련된 매입세액으로 불공제 처리하고 있음.

(수목원 사업양수도)

- 당사는 금번 수목원 조성사업이 수목자원의 보호/증식 및 교육을 제공하는 공익사업 특성을 갖고 있어 당사와 특수관계에 있는 ‘공익목적 비영리재단법인’으로 당해 사업을 전부 양도하고자 하며 본 사업양수도와 관련된 주요사항은 다음과 같음.

(1) 양수도 당사자

양도자 : 당사(조경업, 일반과세자)

양수자 : 비영리재단법인 (면세사업자)

(2) 양수도 목적물

- 건설중인 자산 (당사가 수목원 사업에 투입한 비용)

토지조성비, 수목 구입 / 식재비, 인허가 신청 관련비 (환경영향평가비, 시굴조사비, 설계용역비)

- 자문료, 출장비, 기타 인건비 등

- 수목원 조성관련 채권, 채무 일체

- 수목원 관련 인허가 사항 (권리/의무, 관련서류)

- 수목원 부지 중개인소유 토지 사용승낙 권리

- 기타 수목원 조성에 관련한 제반 계약상 권리 및 의무 전부

(3) 양수도 제외 자산 등

- 수목원 부지 중 당사 소유 토지 1필지

* 당해 필지는 수목원 및 당사의 다른 사업장에 함께 걸쳐 있는 토지로서 당장 분필이 곤란하여 양도가 곤란하여 양도목적물에서 제외되었으며, 본 사업양수도 후 양수법인에 임대차형식으로 계속 제공하고자 함

- 수목원 공사진행인력

* 직원의 희망 등에 따라 당사 소속인 공사진행인원은 당사에 계속 근무하기로 하였으며, 본 사업양수도 후 양수인으로부터 공사용역을 수주받아 수목원 조성을 완공할 계획임

(질의 사항)

1) 본건 사업양수도가 부가가치세법 제6조 제6항 제2호 에 따른 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업양수도에 해당되는지 여부

2) 만약 1)에서 재화의 공급으로 보지 아니하는 사업양수도에 해당되지 않을 경우, 당사는 사업양도대가에 대하여 양수인에게 세금계산서와 계산서 중 어느 것을 발행해야 하는지 여부

3) 만약 2)에서 과세사업에 공하는 자산의 양도로 보아 세금계산서를 발행하여야 한다면 종전에 불공제받은 수목원 조성관련비용의 부가세 매입세액에 대하여는 과세사업 및 면세사업 비율의 변경으로 보아 재정산하여 추가로 공제받을 수 있는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 부가가치세법 제6조

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양 도하는 것으로 한다.

⑥ 다음 각호의 1에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것.

○ 부가가치세법 시행령 제17조

② 법 제6조 제6항 제2호 본문에서 대통령령이 정하는 것이라 함은 사업장별(상법에 의하여 분할 또는 분할합병하는 경우에는 동일한 사업장안에서 사업부문별로 양도 하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것( 법인세법 제46조 제1항 의 요건을 갖춘 분할의 경우와 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 당해 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

1. 미수금에 관한 것

2. 미지급금에 관한 것

3. 당해 사업과 직접 관련이 없는 토지건물 등에 관한 것으로서 재정경제부령이 정 하는 것

O 부가가치세법 제12조

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

15. 도서관ㆍ과학관ㆍ박물관ㆍ미술관ㆍ동물원 또는 식물원에의 입장

③ 제1항의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판, 판례)

겸영사업자가 공통으로 사용되는 재화를 공급하는 경우 「부가가치세법시행령」 제48조 의 2 제1항 규정에 의거 과세표준 안분계산 하는 것이나, 면세사업자가 면세사업에 사용하던 자산을 매각하는 경우에는 부가가치세가 면제되는 것임.

부가가치세 면세사업자가 면세사업에 사용하던 사업용 고정자산을 양도하는 경우에는 「부가가치세법」 제12조 제3항 의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것임.

부가가치세법 제6조 제6항 제2호 에 규정한 사업의 양도란 사업장별(상법에 의하여 분할 또는 분할합병하는 경우에는 동일한 사업장 안에서 사업부분별로 양도하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것( 법인세법 제46조 제1항 의 요건을 갖춘 분할의 경우를 포함함)을 말하는 것임.

법인세법 제46조 · 부가가치세법 제6조 · 부가가치세법 제12조 · 부가가치세법 시행령 제17조