면세사업에 사용할 목적으로 증축한 건물을 과세사업에 사용하는 경우 매입세액공제 여부

질의요지

○ 갑, 을이 공동소유중인 부동산에서 병원을 공동으로 운영하면서 병원 확장을 위한 건물 증축 시 관련 매입세액을 공제하지 아니하고 건물의 일부는 부동산임대업을 영위하던 중, 갑, 을 각각 가족에게 부동산 지분의 일부를 증여하여 갑, 을을 포함한 7인의 공동임대사업자를 구성한 후 해당 부동산에서 임대용역을 제공하는 경우 건물 증축과 관련하여 면세사업자번호로 발급받은 세금계산서상 매입세액을 7인의 공동사업자의 매입세액으로 공제 받을 수 있는지

사실관계

○ 의료인인 갑과 을은 공동으로 소유중(지분율 각1/2)인 부동산(이하 “쟁점부동산”)에서 병원을 운영하는 공동사업자(이하 “면세사업자”)로, 병원 사업장을 확장하기 위해 ’15.10.~’18.6. 기간 동안 7층 건물(이하 “쟁점 건물”)을 9층으로 증축하고 이와 관련된 세금계산서를 수취한 후 매입세액을 공제받지 아니하였음

○ 이후 쟁점 건물의 1층 일부에서 임대사업을 영위하기 위해 공동으로 임대사업자 등록을 하고 ’18.7.부터 임대업을 영위하다가, ’19.10. 갑, 을 각각 배우자와 자녀 총 5명에게 쟁점부동산의 일부를 증여함에 따라 기존의 임대사업자를 폐업한 후 갑, 을을 포함한 7인이 동업계약서 * 를 작성하고 공동사업자(이하 “공동임대사업자”)를 구성하여 부동산임대사업자 등록(사업개시일 : 2019.10.15.)을 하였음

* 동업계약서 상 공동사업지분은 갑(49.5%), 을(49.5%), 병(0.25%), 정(0.25%), 무(0.1%), 기(0.2%), 경(0.2%)으로 하며, 모든 수익과 비용은 지분에 따라 분배하는 것으로 규정함(병·정 : 갑 가족, 무·기·경 : 을 가족)

○ 공동임대사업자는 면세사업자 및 건물 1층의 기존 임차인과 임대차계약을 체결하여 부동산임대용역을 제공하고 있음

관련 법령

○ 부가가치세법 제10조

① 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화(이하 이 조에서 "자기생산ㆍ취득재화"라 한다)를 자기의 면세사업을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 것은 재화의 공급으로 본다.

2. 제9항제2호에 따른 사업양도로 취득한 재화로서 사업양도자가 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입세액을 공제받은 재화

○ 부가가치세법 제38조

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액

○ 부가가치세법 제39조

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 제43조

사업자는 제39조제1항제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 면세사업등을 위한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다.

○ 부가가치세법 시행령 제85조

① 사업자가 법 제39조제1항제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 법 제43조에 따라 공제되는 세액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제66조제2항 후단을 준용한다.

1. 건물 또는 구축물

공제되는 세액

=

취득당시 해당 재화의 면세사업 등과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액

× ( 1 -

5

×

경과된

과세기간의

수

)

100

⑤ 사업자가 법 제43조에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비할 때에는 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세사업전환 감가상각자산 신고서를 작성하여 각 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

○ 민법 제703조

① 조합은 2인이상이 상호출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.

부가가치세법 시행령 제85조 · 부가가치세법 제43조 · 부가가치세법 제39조 · 부가가치세법 제38조 · 부가가치세법 제10조