리서치/예규질의회신

합산배제를 적용받던 매입임대주택에서 최소 임대의무기간이 지나기 전에 공실이 발생한 경우 경감세액 추징 여부

서면-2023-부동산-2803[부동산납세과-2160] (2025. 12. 17.)

종류
예규
안건번호
서면-2023-부동산-2803[부동산납세과-2160]
회신일
2025. 12. 17.
소관
국세청
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합산배제를 적용받던 매입임대주택에 최소 임대의무기간 경과 전 공실이 발생하더라도 직전 임차인 퇴거일부터 다음 임차인 입주일까지의 기간이 2년 이내이면 계속 임대하는 것으로 보아 합산배제가 유지되고, 2년을 초과하면 계속 임대하지 않은 것으로 보아 경감받은 세액과 이자상당가산액을 추징한다. ‍​​‌​‌​​‌​​‌‌​​종합부동산세법 시행령 제3조 제7항 제4호가 임대기간 계산 시 공실기간 2년 이내를 계속 임대로 의제하고, 같은 법 제17조 제5항 제1호는 합산배제 임대주택이 추후 요건을 충족하지 못하게 되면 경감세액을 추징하도록 규정하기 때문이다. ‍​​‌​‌‌​‌‌​‌‌​질의 사안은 2018년 9월 장기일반 민간매입 임대사업자로 등록한 아파트가 과세기준일(2023년 6월 1일) 현재 3개월 이상 공실인 경우로, 임대의무기간 중 빈집 상태가 2년을 넘지 않는 한 추징 대상이 아니다. ‍‌​‌​‌​‌‌​​‌‌‌다만 등록시점에 따라 의무임대기간이 당시 8년 또는 10년으로 달라진다.

【요지】

매입임대주택으로서 최소 임대의무기간이 지나기 전에 공실(직전 임차인의 퇴거일부터 다음 임차인의 입주일까지의 기간)이 발생한 경우 공실기간이 2년 이내인 경우에는 적용할 때 계속 임대하는 것으로 보고, 공실기간이 2년을 초과하는 경우에는 계속 임대하지 않는 것으로 보아 경감받은 세액을 추징함

【전문】

1. 사실관계

- ’18. 9월 임대사업자(장기일반, 민간매입) 등록하여 종합부동산세 법 시행령 제3조제1항제8호에 따른 합산배제 적용 * 받던 아파트가 쟁점 과세기준일(’23.6.1.) 현재 3개월 이상 공실 상태임

* 쟁점 외에 다른 합산배제 요건을 충족한 것으로 전제함

2. 질의내용

- 합산배제를 적용받던 매입임대주택에서 최소 임대의무기간이 지나기 전에 공실이 발생한 경우 경감세액 추징 여부

3. 관련법령

□ 종합부동산세법 제8조

【과세표준】

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과 세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니 하 는 것으로 본다.

1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공 공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으 로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택

□ 종합부동산세법 제17조

【결정과 경정】

⑤ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 다음 각 호의 어느 하 나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 경 감받은 세액과 이자상당가산액을 추징하여야 한다.

1. 제8조제2항에 따라 과세표준 합산의 대상이 되는 주택에서 제외된 주택 중 같은 항 제1호의 임대주택 또는 같은 항 제2 호 의 가정어린이집용 주택이 추후 그 요건을 충족하지 아니하게 된 경우

□ 종합부동산세법 시행령 제3조

【합산배제 임대주택】

① 법 제8조제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 「공공주택 특별법」제4조에 따른 공공주택사업자(이하 " 공 공주택사업자"라 한다) 또는 「민간임대주택에 관한 특 별 법」제2조제7호에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」제168조 또는 「법 인세법」제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터제3호까지,제5호부터제8호까지,제10호또는제11 호 의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호또는제9호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주 택 (이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조제3항에 따른 주택의 보유현황 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사 업 자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임 대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 가목1)부터 3)까지의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 나목1)부터 4)까지에 해당하는 주택의 경우는 제외한다.

가. 적용요건

2) 10년 이상 계속하여 임대하는 것일 것. (생략)

□ 부칙 <제31085호,2020.10.7>

제3조(의무임대기간에 대한 적용례) 제3조제1항제7호나목 및 같은 항 제8호가목2)의 개정규정은 2020년 8월 18일 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조제1항 에 따라 등록 신 청(같은 조 제3항에 따라 임대할 주택을 추가하기 위한 등 록사항의 변경신고를 포함한다)한 경우부터 적용한다.

□ 종합부동산세법 시행령(2020.10.7. 대통령령 제31085호로 개정되기 전의 것)

【합산배제 임대주택】

① (생략)

8. (생략)

가. (생략)

2) 8년 이상 계속하여 임대하는 것일 것. (생략)

⑦ 제1항을 적용할 때 합산배제 임대주택의 임대기간의 계산은 다음 각 호에 따른다.

4. 기존 임차인의 퇴거일부터 다음 임차인의 입주일까지의 기 간이 2년 이내인 경우에는 계속 임대하는 것으로 본다.

4. 관련 해석사례

□ 종합부동산세과-35, 2011.12.1.

겸용주택의 주택 부분에는 지방세법에 따라 주택분 재산세가 과세 되므로, 주택분 재산세 납세의무자로서 주택공시가격을 합산한 금액이 6억원을 초과하는 자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있음

또한 종합부동산세를 합산배제하는 매입임대주택은 전용면적 149㎡ 이하이고 주택공시가격 6억원(비수도권 3억원) 이하인 주택을 5년 이상 계속 임대하여야 함

다만 기존 임차인의 퇴거일부터 다음 임차인의 입주일까지의 기간이 2년 이내인 경우에는 계속 임대하는 것으로 보지만, 2년을 초과하여 임대의무기간 5년 요건을 충족할 수 없는 경우에는 그동안 경감받은 종합부동산세와 이자상당가산액을 추징함

□ 종합부동산세과-44, 2010.11.1.

합산배제하는 건설임대주택은 면적․호수․공시가격 등 요건을 갖춘 주택을 5년 이상 계속 임대하여야 하는 것으로서, 그 임 대 기간은 「종합부동산세법 시행령」제3조제7항제6호(’10.2.18. 신설)에 따라 사용승인(사용검사필증)을 받은 날부터 「임대주택 법」 제16조에 따른 임대의무기간 종료일까지는 보유기간에 한하여 계 속 임대하는 것으로 봄

건설임대주택의 임대의무기간을 경과한 후 임차인 미입주기간이 1년 이내인 경우에는 「종합부동산세법 시행령」제3조제7항제4호 에 따라 계속 임대하는 것으로 보는 것이나, 1년을 초과하는 경우에 는 합산배제를 적용할 수 없음

않는 것입니다.

□ 종합부동산세과-1509, 2008.11.4.

종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제1호 에 따른 건설임대주택 으 로 서 5년 이상 임대하여 임대기간 요건을 충족한 이후 기존임차인의 퇴거로 공가기간이 6개월을 초과하게 되는 경우에는 계속 임대하 지 않는 것으로 보며 다음 임차인의 입주한 날을 새로운 임대기산일 로 보아 임대기간 요건을 적용하는 것입니다.

□ 종합부동산세과-1234, 2008.10.8.

종합부동산세법 시행령 제3조 제7항 제4호 의 규정에 의하여 총 임대 기간 중 기존 임차인의 퇴거일부터 다음 임차인의 입주일까 지 의 기간(공가기간)이 6개월 이내인 경우에는 계속 임대하는 것으로 보며,

공가기간이 6개월을 초과하는 경우에는 일정기간 이상 계속하여 임대하도록 한 합산배제 임대주택의 요건을 충족하지 아니한 것 이므로 최초로 합산배제 신고를 한 연도부터 합산배제를 적용 하 지 않는 것입니다.

【관련법령】

종합부동산세법 시행령 제3조 제7항 제2호

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