사업승인조건에 따라 학교법인에 기부한 교육연구시설 가액의 세무상 취급

1. 사실관계

○「△△경제자유구역 ▽▽국제화복합단지 개발사업」(이하 “개발사업”)의 시행자인 신청법인과 ◇◇시는 「경제자유 구역의 지정 및 운 영에 관한 특별법」에 따라 본 건 개발사업의 실 시계획(이하 “실시계 획”)을 2008.10.31.에 지식경제부장관으로부터 승인 받았으며,

- 그 주요내용은 다음과 같음

▪ 개발사업 위치 : △△경제자유구역 ▽▽지구 제7공구 일부

▪ 개발사업 시행기간: 2008년 ～ 2014년

▪ 토지이용에 관한 계획

구 분

신청법인

◇◇시

비 고

주택건설용지

○

-

상업업무시설용지

○

○

교육연구시설용지

○

-

대학교 용지

공공시설용지

○

○

* ‘○’표시는 본건 개발사업 부지를 상기의 용도로 개발한다는 의미임

* 이하에서는 신청법인의 개발사업지구 중 교육연구시설용지와 공공시설 용 지 외의 부분, 즉 주택건설용지·상업업무시설용지를 수익사업용지라 함

▪ 수익사업용지 개발이익금의 사용 : 개발이익금 중 6,500억원 한도 내에 서 교육연구시설을 건설하여 학교법인 ☆☆대학교에 기부하기로 함. (이 는 당초 지식경제부의 실시계획 승인조건이자, ◇◇시가 본건 개발사업과 관련한 개발계획을 ◇◇시의회로부터 승인 받음에 있어서 전제조건이기도 하였음)

○ 이후 신청법인과 ◇◇시 및 ☆☆대학교는 본건 개발사업을 위해 2008.12.5.에 사업협약(이하 “사업협약”)을 체결하고 구속력 있는 각자의 역할과 책임 등을 명시하였음.

- 사업협약에서 명시하고 있는 신청법인의 역할과 책임 중 일 부는 다음 과 같음

▪ 개발사업 추진을 위한 재원의 조달 및 자금관리

▪ 개발사업대상지 내 수익사업용지의 개발

▪ ☆☆ 대학교에 대한 교육연구시설용지 공급 및 교육연구시설 기부

○ 신청법인은 실시계획과 사업협약에 따라 2010년 6월 총 25동에 달하는 교육연구시설 중 8동을 준공하여 ☆☆대학교에 기부하였음

2. 신청내용

○ 신청법인이 지식경제부장관으로부터 승인을 받은 개발사업 실시계획 및 ◇◇시 등과 체결한 사업협약에 따라,

- 학교법인에 기부하는 교육연구시설의 가액을 수 익사 업용 자산의 자본적 지출로 볼 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 시행령 제35조

법 제24조 제1항의 규정에 의한 기부금은 제36조의 규정에 의한 지정기부금과 다 음 각호의 1에 해당하는 것으로 한다.

1. 법인이 제87조의 규정에 의한 특수관계자 외의 자에게 당해 법인의 사 업과 직 접 관계없이 무상으로 지출하는 재산적 증여의 가액

○ 법인세법 기본통칙 23-31…1

영 제31조 제2항 제5호에 규정하는 자본적 지출에는 다음 각호의 예에 따라 처리하는 것을 포함한다. (2001.11.1. 개정)

12. 부동산 매매업자(주택신축판매업자를 포함한다)가 토지개발 또는 주택 신축 등 당해 사업의 수행과 관련하여 그 토지의 일부를 도로용 등으 로 국가 등에 무상으로 기증한 경우 그 토지가액은 잔존토지에 대한 자 본적 지출로 한다. (1997. 4. 1. 신설)

법인세법시행령 제35조