조합원입주권에 대한 장기보유특별공제 적용

1. 질의내용

○ 「도시 및 주거환경정비법」(이하 “도정법”) 에 따른 관리처분 계획 인가로 취득한 조합원입주권을 관리처분계획인가 후 양도시 관리처분계획 인가 후 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하는지 여부

2. 사실관계

○ 2005.5.31. 하나의 동(棟에) 소재하는 아파트 2채를 취득하여 보유하던 중 해당 아파트가 도정법상 재건축으로 2014.10.30. 관리처분계획 인가되어 2개의 조합원 입주권을 취득함

○ 2015.1.21. 해당 조합원 입주권 2개를 양도함

3. 관련 법령

○ 소득세법 제95조

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산 및 제104조의3에 따른 비사업용 토지는 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원 으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익 (조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제48조에 따른 관리처분계획 인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. <개정 2012.1.1, 2013.1.1, 2014.1.1>

③ 제89조제1항제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(기산)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다. <개정 2014.1.1>

⑤ 양도소득금액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법 제94조

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. <개정 2010.12.27, 2014.6.3, 2014.12.23>

1. 토지 [「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부 (地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물 (건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득

가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 딸린 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다)

나. 지상권

다. 전세권과 등기된 부동산임차권

(이하 생략)

○ 소득세법 시행령 제166조

① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택 재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공(건물 또는 토지만을 제공한 경우를 포함한다)하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각 호의 산식에 의하여 계산한다. <개정 2001.12.31, 2003.6.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2005.12.31, 2007.2.28, 2008.2.22, 2010.2.18, 2013.2.15>

1. 청산금을 납부한 경우

2. 청산금을 지급받은 경우 다음 각 목의 금액을 합한 가액

가. [양도가액-(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금) -법 제97조 제1항제2호 및 제3호에 따른 필요경비]

나. [(기존건물과 그 부수토지의 평가액-기존 건물과 그 부수토지의 취득가액-법 제97조제1항제2호 및 제3호 또는 제163조제6항에 따른 필요경비)]×[(기존건물과 그 부수토지의 평가액-지급받은 청산금)÷기존건물과 그 부수토지의 평가액]

② ～ ③ (생략)

④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다. <개정 2007.2.28>

1. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.

2. (생략)

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제1항 및 제2항제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다. <신설 2007.2.28, 2013.2.15>

1. 제1항제1호의 관리처분계획인가전양도차익 및 제1항제2호나목 에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일까지의 기간

(이하생략)

소득세법 제94조 · 소득세법 제95조 · 소득세법시행령 제166조