물류센터 신축ㆍ임대사업을 영위하기 위해 사업권을 매입하는 경우 매입세액 공제 여부

○ 신청법인은 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣(이하 “자본시장법”)에 따라 설립된 집합투자업자로

- AA시 소재 토지(이하 “본건 사업부지”) 지상에 물류센터 등을 신축‧임대하는 사업(이하 “본건 사업”)을 영위하기 위하여 BBB㈜(이하 “양도자”)와 2019.4.3. 양해각서를 체결하였으며

- 양해각서에 따르면 신청법인은 자본시장법에 따른 전문투자형 사모집합투자기구(이하 “양수자”)를 설정하여 양도자로부터 본건 사업부지의 매수인 지위 및 본건 사업 관련 일체의 권리(이하 “본건 사업권”)를 양수자에게 이전할 예정임

○ 양도자는 2018.12월 본건 사업부지 소유자인 ㈜CCC 및 ㈜DDD(이하 “토지소유자들”)로부터 본건 사업부지를 00억원에 매수하기로 하는 매매계약을 체결하여 계약금만 지급한 상태에서

- 양도자 자신의 책임과 비용으로 지구단위계획 변경, 개발행위 및 건축허가 등을 신청하고 본건 사업을 위한 각종 용역계약 및 인허가 업무를 수행하고 있음

* 건축허가 및 개발행위허가 신청등은 토지소유자들 명의로 신청

* 주요 용역계약(발주_양도자)

계약일자

계약명

계약기간

19.01.07

기술용역계약서

- 지구단위계획변경, 지하안전영향평가,

비관리청허가 설계변경

기술용역완료시까지

19.01.31

교통영향평가용역계약

교통영향평가 협의완료시까지

19.01.31

자문계약서

계약체결일로부터 3개월

19.02.25

건축물 설계 용역계약

건축공사 준공까지

19.04.30

용역도급계약서(개발행위허가신청)

2020.4.30.까지

19.06.30

용역도급계약서

- 개발행위허가신청(농지전용허가의제, 명의변경허가 포함), 개발행위허가준공

2020.6.30.까지

○ 양도자는 2019.3.5. ㈜PPPP와 양해각서를 체결하여 양도자 또는 양도자가 지정하는 제3자가 본건 사업부지에 신축하는 물류센터를 ㈜PPPP가 10년간 임차하기로 약정함

○ AA시는 2019.7.18. 도시관리계획을 결정하고, 2019.7.28. AA시 도시건축공동위원회 조건부 심의결과를 토지소유자들에게 통지함

○ 신청법인과 양도자간 본건 사업권의 양수도대금은 양도자가 토지소유자들과 체결한 매매계약에 따른 사업부지 매매대금 00억원 외에

- 양도자가 진행 중인 본건 사업과 관련된 각종 용역계약, 인허가. 임대차권리 등 모든 권리 * 에 대한 대가 000억원으로 산정되었으며

* 사업의 포괄 양수도에 해당하지 아니함을 전제로 질의하였으며, 사업권에 토지를 취득할 수 있는 권리가 포함되었는지 여부는 불분명

- 본건 사업권 대가는 물류센터 준공 후 가치에 대한 감정평가액 000억원(PF담보목적 감정이며 기준시점 2019.7.3.)과 향후 발생하게 될 임대수익 및 신청법인이 설정 예정인 펀드 투자자들의 기대 수익률 등을 모두 고려하여 산정한 것임

2. 질의내용

○ 사업자가 물류센터를 신축‧임대하는 사업을 영위하기 위하여 사업권을 매입하는 경우 사업권 관련 매입세액이 공제대상인지

3. 관련법령 및 관련사례

○ 부가가치세법 제2조

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "재화"란 재산 가치가 있는 물건 및 권리를 말한다. 물건과 권리의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제2조

② 법 제2조제1호의 권리는 광업권, 특허권, 저작권 등 제1항에 따른 물건 외에 재산적 가치가 있는 모든 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제9조

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제10조

⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다.

○ 부가가치세법 제26조

① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

14. 토지

○ 부가가치세법 제38조

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

○ 부가가치세법 제39조

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제80조

법 제39조제1항제7호에서 "대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액"이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

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