합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 해당 여부

1. 사실관계

○ A법인은 비상장중소기업 으로 화공약품 제조판매업 등을 영위하였으나 ’18.10.**. 화공약품 제조사업부를 A법인이 최대주주(49.5%)로 있는 B법인의 완전자회사 C법인에 포괄양도함에 따라

- ’18.11.**. A법인은 정관 및 법인등기부상 목적사업을 ‘자회사의 주식 또는 지분 을 취득･소유함으로써 자회사의 제반 사업내용을 지배, 경영지도, 정리, 육성 하는 지주사업 및 관련 부대사업’으로 변경하고

- 자회사 등의 경영관련 사항을 매월 또는 분기별 직접 의사결정하고 관리하였음

○ A 법인이 직접 지배하는 내국법인은 B법인, C법인이 있으며, B법인을 통해 간접지배하는 해외현지법인 D법인･E법인･F법인 이 있음

○ A법인은 코스닥시장 상장을 위한 지배구조 개선을 위해 A법인을 피합병법인, B법인을 합병법인으로 한 합병(합병비율 1 : 30)을 ’19.9.**. 이사회에서 결의하고 합병등기일을 ’19.12.**.로 결정하였음

2. 질의내용

○ 내국법인이 자회사의 주식 등을 취득하여 자회사의 제반 사업내용에 대한 의사결정 등을 통해 1년 이상 계속하여 경영에 관여한 경우

- 1년 이상 지주사업을 계속 영위한 것으로 볼 수 있는지 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제44조

① 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우에는 그 법인의 자산을 합병법인 에 양도한 것으로 본다. 이 경우 그 양도에 따라 발생하는 양도 손익(제1호의 가액에서 제2호의 가액을 뺀 금액을 말한다. 이하 이 조 및 제44 조의 3에서 같다)은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입한다.

1. 피합병법인이 합병법인으로부터 받은 양도가액

2. 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산의 장부가액 총액에서 부채의 장부가액 총액을 뺀 가액(이하 이 관에서 "순자산 장부가액"이라 한다)

② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 "적격합병" 이라 한다)의 경우에는 제1항제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다 . 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호· 제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 합병일 것 . 다만, 다른 법인과 합병하는 것을 유일한 목적으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 제외한다.

2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모 회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우 로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령 으로 정하 는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도 의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피합병법인 으로부터 승계받은 사업을 계속할 것

4. 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인에 종사하는 대통령령으로 정 하 는 근로자 중 합병법인이 승계한 근로자의 비율이 100분의 80 이상 이고, 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 비율을 유지할 것

③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항에도 불구하고 적격합병으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다.

1. 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 다른 법인 을 합병하거나 그 다른 법인에 합병되는 경우

2. 동일한 내국법인이 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 서로 다른 법인 간에 합병하는 경우

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 양도가액 및 순자산 장부가액의 계산, 합병대가의 총합계액의 계산, 승계받은 사업의 계속 여부에 관한 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법 집행기준 44의3-0-2

① 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양수한 합병법인은 합병등기일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 2년(‘다’의 경우에는 3년) 내에 다음의 사유가 발생하는 경우에는그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액 계산 시 다음의 금액을 익금에 산입한다.

1. 익금산입 사유

가. 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 사업을 폐지하는 경우

나. 피합병법인의 일정 지배주주 등이 합병법인으로부터 받은 주식등을 처분하는 경우

다. 각 사업연도 종료일 현재 합병법인에 종사하는 일정 근로자 수가 합병등기일 1개월 전 당시 피합병법인과 합병법인에 각각 종사하는 근로자 수의 합의 100분의 80 미만으로 하락하는 경우

2. 익금산입액(가 + 나)

가. 자산조정계정 잔액의 총합계액(총합계액이 0보다 큰 경우에 한정하며, 총합계액이 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 한다)

나. 승계받은 결손금 중 공제한 금액

② 제1항의 익금산입사유에 해당하는 경우에는 합병법인의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계한 세무조정사항 중 익금불산입액은 더하고 손금불산입액은 빼며, 피합병법인으로부터 승계하여 공제한 감면․세액공제액 등은 제1항의 익금산입 사유가 발생한 사업연도의 법인세에 더하여 납부한 후 해당 사업연도부터 감면 또는 세액공제를 적용하지 아니한다.

③ 제1항과 같이 익금에 산입한 경우에는 합병법인이 피합병법인에 지급한 양수대가와 피합병 법인의 합병등기일 현재의 순자산시가와의 차액을 위의 익금산입 사유가 발생한 날부터 합병등기일 이후 5년이 되는 날까지 익금 또는 손금에 산입한다.

○ 한국표준산업분류: 지주회사(64992)

다른 기업체의 지배적 지분을 소유하거나 회사의 경영 전략에 영향력을 행사할 목적으로 주식을 확보․유지하는 산업활동을 말한다. 그러나 지주회사는 소속 회사의 운영 및 관리 등에 관한 직접적인 경영활동에는 관여하지 않는다.

<예 시>

․금융 지주회사                    ․비금융 지주회사

법인세법 제40조 · 법인세법 제44조 · 법인세법시행령 제68조