수도권 소재 A아파트를 양도하는 경우 공공기관등 지방이전 특례의 적용 여부

1. 사실관계

○ 1993.4월 중소벤처기업진흥공단 * 입사(’25.6월 현재 근무중)

* ｢지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법｣ 제2조제14호에 따른 공공기간임을 전제

○ 2006.10월 부천시 소재 A아파트 취득

○ 2014.7월 ｢지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법｣에 의거 중소벤처진흥공단이

진주시로 이전

○ 2017.12월 진주혁신도시 공공기관 이전 특별공급에 따라 진주시 소재 B아파트 분양권 당첨

○ 2019.9월 중소벤처진흥공단 진주시 소재 지부장으로 인사발령

○ 2020.9월 B아파트 준공되어 취득

○ 2025.4월 A아파트 양도

2. 질의요지

○ 수도권 소재 A아파트를 양도하는 경우 소득령§155⑯에 따른 공공 기관등 지방이전 특례의 적용 여부

3. 관련 법령

□ 소득세법 제89조

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우 로서 대통령령으로 정하는 주택

□ 소득세법 시행령 (2025.2.28. 대통령령 제35349호로 개정된 것) 제155조

① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택” 이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 “신규 주택” 이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함 으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당 하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조제1항을 적용한다. <후략>

⑯ 제1항을 적용(수도권에 1주택을 소유한 경우에 한정한다)할 때 수도권에 소재한 법인 또는 ｢지방 자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법｣ 제2조제14호에 따른 공공기관이 수도권 밖의 지역 으로 이전하는 경우로서 법인의 임원과 사용인 및 공 공기관의 종사자가 구성하는 1세대가 취득하는 다른 주택이 해당 공공기관 또는 법인이 이전한 시 (특별자치시ㆍ광역시 및 ｢제주특별 자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법｣ 제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함 한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군 또는 이와 연접한 시ㆍ군의 지역에 소재하는 경우에는 제1항 중 “3년”을 “5년”으로 본다. 이 경우 해당 1세대에 대해서는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니한다.

소득세법 시행령 제155조제16항