비영리법인 수익사업용 임대부동산 관련 사용인의 귀책사유가 손금산입 가능한지 여부

1. 질의내용 요약

(질의요지)

1. 우리공단은 보호관찰 등에 관한 법률에 의거 설립되어 출소자에 대한 자립지원 및 보호를 통하여 개인 및 공공의 복지를 증진함을 목적으로 하는 정부재정지원 단체이며 연간 사업비의 25％ 정도를 임대사업을 통한 자체자금으로 운영하고 있음.

2. 공단의 사업추진 과정에서 붙임 질의서와 같이 손실이 발생하였는 바 이를 대손금으로 2000년도 결산시 계상할 수 있는지 여부

1. 손실액 발생 내역

가. 한국○○공단은 당초 국유지이던 경기도 수원시 권선구 ○○동 XX외 5필지 9,194㎡를 국가로부터 불하받았으나, 농지개혁법의 규정에 의하여 공단 명의로 소유권등기를 하지 못하고 수원에 주소를 둔 역대 수원지소장 명의로 명의신탁하여 관리하여 오던 중, 수원지소장이었던 ○○○가 지소장 퇴직후 후임 지소장으로의 명의신탁하기 전의 기간중에 동 부동산을 (주)○○신용금고에 임의 담보제공하여 350,000,000만원을 대출받고 도주·행방불명되어, 1997. 3. 21 채권자 (주)○○신용금고의 경매신청에 의해 경락가 701,160,000원에 경매됨으로써 (주)○○신용금고의 ○○○에 대한 대출액 및 이자 등의 채권액을 제외한 228,042,033원을 배당금응로 공단에서 수령하였고, 동 금액에 대한 법인세 및 특별부가세를 ○○세무서에 신고·납부하고 수령하지 못한 잔여액에 대한 소득은 신고치 않았던 바, ○○세무서는 이에 대하여 법인세법 제1조

(1998. 12. 28 법률 제5581호로 전면개정되기 전의 것) 제1항에 의하여 경락대금인 701,160,000원 전체에 대하여 1999. 5. 10 한국○○공단에 1997년도 법인세 283,104,770원(특별부가세 71,640,880원 포함)을 결정고지하였고 공단은 2000. 2. 29 법인세 및 주민세 284,871,490원을 납부하였음.

나. 한국○○공단은 ○○세무서의 과세처분에 대하여 과세토지가 공단의 고유목적사업에 사용되고 있었음을 이유로, 국세청 및 국세심판원에 각각 과세처분 취소의 심사청구 및 심판청구를 하였으나, 과세토지가 공단의 고유목적사업에 사용되었다고 볼 수 없다는 이유로 기각된 바 있음.

다. 한국○○공단은 ○○○의 공단재산 임의담보 제공으로 발생한 손실에 대하여 350,000,000원의 손해배상 청구소송을 제기, 1996. 5. 10 승소 후 ○○○ 소유의 부동산(시가 35,000,000원 상당의 토지 및 건물)을 가압류, 경매절차(3차) 진행하였으나 부동산 경기침체로 유찰되어 경매신청 취하하였고, 가압류 재산외 ○○○ 소유의 다른 재산은 조사한 결과 없음.

라. 동 사건 발생후 공단은 ○○○를 횡령혐의로 수원지방검찰청에 고소하고 소재확인 전담반을 편성, 소재탐문 활동을 지속적으로 전개하고 있으나 행방불명 상태이며, 검찰에서는 기소중지로 현재 수배중임.

마. ○○○ 소유 가압류 부동산에 대하여는 즉시 경매 절차를 재개하여 2000년도중 경매완료되도록 할 계획임.

2. 질의의 전제

ｏ 국세청 회신은 공단의 손실을 당 공단의 귀책사유로 보고 있으나 횡령으로 인해 강제 경매된 해당 토지는 당초 동 토지에 위치한 요업공장의 운영을 통하여 갱생보호대상자인 출소자의 취업과 직업훈련 및 사업비용 확보를 위한 임대 등으로 사용하여 왔고, 공단에 소유권이 있음에도 불구하고 농지개혁법 규정에 의하여 농민이 아닌 자는 소유권 등기를 할 수 없어, 부득이 수원에 주소를 둔 지소장 명의로 명의 신탁하여 관리해 오다가 수원지소장 ○○○가 지소장 퇴직후 후임 지소장으로 명의신탁되기전까지의 기간중 자신 명의로 신탁된 것을 이용, 임의 담보제공하여 대출받은 후 횡령한 것이므로, 경매된 해당토지의 공단 소유 목적이 부동산 투기 등을 목적으로 한 것이 아닌 갱생보호사업을 운영하기 위한 것이며, 명의신탁 또한 농지개혁법상 부득이한 방법이었던 점 등 당해 토지의 횡령으로 인한 손실이 공단의 귀책 사유로 인한 것이 아님은 분명함.

법인세법시행령 제62조 · 법인세법 제1조 · 법인세법 제3조