성실공익법인 요건 위반 시 성실공익법인에 대한 과세방법

1. 질의내용

○ (질의1) 성실공익법인에 해당하는 내국법인이 성실공익법인 요건을 위반함에 따라 5% 초과 보유 주식에 대하여 「상속세 및 증여세법」 제 48조 제11항이 적용되는 경우 보유 주식 중 당초 상속세를 부담하 고 출연받은 주식(422,477주)이 과세대상에 해당하는지 여부

○ (질의2) 질의1에서 상속세가 부과된 주식을 과세대상에서 제외할 경우 성실공익법인이 일부 주식 처분 후 성실공익법인 요건 위반에 따른 5% 초과분에 대한 과세대상 주식수를 결정할 때

- 종전 보유주식 중 처분한 주식의 취득시기가 불분명한 경우 처 분 주식을 특정하는 방법

2. 사실관계

○ A법인은 상증법상 성실공익법인으로 1984년 설립 시 B 법인 주식 25,623주를 출연받 은 이후 해당 주식을 수차례에 걸쳐 추가로 취득하여 2009 년 말 현재 328,701주(7.62%)를 보유하고 있음

○ 2010년 B법인 최대주주의 상속이 개시되어 A 법인 및 A법인 외 2개 공익법인(C법인, D법인)이 B법인의 주식을 상속받았으며, 상속 전․후 지분 보유 현황은 아래와 같은 바

법인명

상속 前

보유주식 수

상속

주식 수

상속 後

보유주식 수

A법인

(성실공익법인)

328,701 (7.62%)

100,000

428,701

(9.94%)

C법인

(성실공익법인)

-

100,000

100,000

(2.32%)

D법인

(일반공익법인)

-

208,340

208,340

(4.83%)

계

328,701

(7.62%)

408,340

737,041

(17.08%)

- 상속 후 A법인 및 C법인, D법인 합산 지분율이 10%를 초과하여 A 법인은 상속받은 주식 100,000주 중 48,727주에 대하여 상속세를 납부하였음

○ 이후 B법인은 기존 발행 주식에 대하여 10% 무상증자와 주식 1주를 10주로 교환하는 주식분할을 실행하여 A법인이 보유하고 있는 종 전 B법인의 주식 428,701주가 4,715,710주[ 428,701주*(1+10%)*10] 로 증가하였 으며

- 2014년 중 A법인은 상속받은 주식 중 113,520주를 유류분 반환 판결에 의하여 반환하게 됨에 따라 현재 A법인이 보유하고 있는 B법인 주식 내 역은 다음과 같음

구분

주식 수

지분율

상속세(증여세) 부담없이

출연·취득한 주식

4,179,713

8.89%

상속세 부담 주식

422,477 *

0.90%

계

4,602,190 **

9.79%

* 422,477주 = 48,727주*(1+10%)*10 - 113,520주(유류분반환)

** 4,602,190주 = 4,715,710주 – 113,520주(유류분반환)

3. 관련법령

○ 상속세및증여세법 제16조

(2020.12.22. 법률 제17654호로 개정되기 전의 것)

① 상속재산 중 피상속인이나 상속인이 종교ㆍ자선ㆍ학술 관련 사업 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 사업을 하는 자(이하 "공익 법인등"이라 한다)에게 출연한 재산의 가액으로서 제67조에 따른 신고기한(법령상 또는 행정상의 사유로 공익법인등의 설립이 지연되는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그 사유가 없어진 날이 속하는 달의 말일부터 6개월까지를 말한다)까지 출연한 재산의 가액은 상속세 과세가액에 산입하지 아니한다.

② 제1항에도 불구하고 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분 (이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 공익법인등에 출연하는 경우로서 출연하는 주식등과 제1호의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지분은 제외 한다. 이하 이 조에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 제2호에 따른 비율을 초과하는 경우에는 그 초과하는 가액을 상속세 과세가액에 산입한다.

1. 주식등: 다음 각 목의 주식등

가. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내 국법인의 주식등

나. 출연자 및 그의 특수관계인이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

다. 상속인 및 그의 특수관계인이 재산을 출연한 다른 공익법인등이 보 유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

2. 비율: 100분의 5. 다만, 제50조제3항에 따른 외부감사, 제50조의2에 따른 전용계좌의 개설 및 사용, 제50조의3에 따른 결산서류등의 공시, 제51조에 따른 장부의 작성ㆍ비치, 그 밖에 대통령령으로 정하는 요건을 모두 갖춘 공익법인등(이하 "성실공익법인등"이라 한다)으로서 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 에 따 른 상호출자제한기업집단(이하 "상호출자제한기업집단"이라 한다)과 특수관계에 있지 아니한 성실공익법인등에 출연하는 경우에는 다 음 각 목의 구분에 따른 비율

가. 다음의 요건을 모두 갖춘 성실공익법인등에 출연하는 경우: 100분의 20

1) 출연받은 주식등의 의결권을 행사하지 아니할 것

2) 자선ㆍ장학 또는 사회복지를 목적으로 할 것

나. 가목 외의 경우: 100분의 10

○ 상속세및증여세법 제48조

(2020.12.22. 법률 제17654호로 개정되기 전의 것)

① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 의결권 있는 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 주식등을 합한 것이 그 내국법인 의 의결권 있는 발행주식총수 또는 출자총액(자기주식과 자기출자지 분은 제외한다. 이하 이 조에서 "발행주식총수등"이라 한다)의 제16조제2항제2호에 따른 비율을 초과하는 경우(제16조제3항 각 호에 해당하는 경우는 제외한다)에는 그 초과하는 가액을 증여 세 과세가액에 산입한다.

1. 출연자가 출연할 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

2. 출연자 및 그의 특수관계인이 해당 공익법인등 외의 다른 공익법인등 에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

3. 출연자 및 그의 특수관계인으로부터 재산을 출연받은 다른 공익법인등 이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

② 세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익 법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나 에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하 고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세 를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자 별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

2. 출연받은 재산(그 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다. 이하 이 호 및 제3 항 에서 같다) 및 출연받은 재산의 매각대금(매각대금에 의하여 증가 한 재산을 포함하며 대통령령으로 정하는 공과금 등에 지출한 금액은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)을 내국법인의 주식등을 취득하는 데 사용하는 경우로서 그 취득하는 주식등과 다음 각 목의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 제16조제 2항제2호에 따른 비율을 초과하는 경우. 다만, 제16조제3항제1호 또는 제3호에 해당하는 경우(이 경우 "출연"은 "취득"으로 본다)와 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학 협 력단이 주식등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건 을 갖춘 경우는 제외한다.

가. 취득 당시 해당 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

나. 해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 해당 공익법인등 외 의 다른 공익법인등에 출연한 동일한 내국법인의 주식등

다. 해당 내국법인과 특수관계에 있는 출연자로부터 재산을 출연받 은 다른 공익법인등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식등

⑪ 공익법인등의 주식등의 출연ㆍ취득 및 보유와 관련하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바 에 따라 제16조제2항 또는 제48조제1항에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입하거나 제48조제2항에 따라 즉시 증여세를 부과한다.

1. 성실공익법인등이 내국법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초 과하여 주식등을 출연(출연받은 재산 및 출연받은 재산의 매각대금으로 주식등을 취득하는 경우를 포함한다)받은 후 성실공익법인등에 해당하지 아니하게 된 경우

○ 상속세 및 증여세법 시행령 제40조

② 법 제48조제11항의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액 에 산입하거나 즉시 증여세를 부과하여야 하는 경우에는 그 과세가액에 산입하거나 증여세를 부과하여야 할 사유가 발생한 날 현재 당해 공익법인등이 초과하여 보유하고 있는 주식등의 가액을 기준으로 한다. 이 경우 "증여세를 부과하여야 할 사유가 발생한 날"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 날을 말한다.

1. 법 제48조제11항제1호 및 같은 항 제2호에 따라 공익법인등에 해당하지 아니하게 된 경우에는 성실공익법인등에 해당하지 아니하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일

2. 법 제4조제11항제2호에 따라 해당 법인의 발행주식총수등의 100분의 5를 초과하여 보유하게 된 날

○ 소득세법 제98조

자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청 산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부 가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.

○ 소득세법 시행령 제162조

⑤ 법 제98조 및 이 조 제1항을 적용할 때 양도한 자산의 취득시기 가 분명하지 아니한 경우에는 먼저 취득한 자산을 먼저 양도한 것으 로 본다.

상속세및증여세법 제16조 · 상속세및증여세법 제48조 · 상속세 및 증여세법 시행령 제40조 · 소득세법 제98조 · 소득세법시행령 제162조