주식의 포괄적 교환에 따른 완전 자회사가 자기주식을 완전모회사에 이전함으로써 발생한 처분손실의 손금여부

1. 사실관계

○ (개요) 자문대상법인은 ‘20.x.x. 주식의 포괄적 교환으로 A법인의 완전자회사가 되었으며

- ‘21.x.xx. A법인의 또 다른 완전자회사인 A2법인이 자문대상법인을 흡수합병함에 따라 소멸

○ (주식의 포괄적 교환) ’19.x.x. A법인이 자문대상법인의 지분 5x.xx%를 취득함에 따라 A법인의 자회사로 편입된 후

- ’ 20.x.xx. A법인이 주식의 포괄적 교환을 통해 자문대상법인의 잔여지분을 전부 취득함으로써 A법인의 완전자회사가 됨

- 한편 주식의 포괄적 교환 전, 자문대상법인의 반대주주들이 주식매수청구권을 행사함에 따라 자문대상법인은 자기주식을 취득하게 되었고

- 자문대상법인은 해당 자기주식 및 기존 보유 자기주식을 A법인에 이전하고, 그 대가로 A법인의 신주를 받았음(이하 ‘쟁점거래’)

○ (흡수합병) ’21.x. 자문대상법인은 A2에 흡수합병되어 소멸

○ (경정청구) 자문대상법인은 쟁점거래에서 발생한 자기주식처분손실을 손금에 반영하여야 한다는 내용으로 경정청구

2. 질의요지

○ 주식의 포괄적 교환에 따라 완전자회사가 되는 회사(‘완전자회사’)가, 자기주식을 완전모회사가 되는 회사(‘완전모회사’)에 이전하고 그 대가로 완전모회사의 주식을 받는 거래를 한 경우

- 완전자회사에 발생한 자기주식처분손실이 손금에 해당하는지 여부

3. 관련 법령

○ 법인세법 제19조

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"라 한다]의 금액으로 한다.

○ 법인세법 시행령 제11조

2의2. 자기주식(합병법인이 합병에 따라 피합병법인이 보유하던 합병법인의 주식을 취득하게 된 경우를 포함한다)의 양도금액. 이 경우 제19조 제19호의2 각 목 외의 부분 본문에 따른 주식 매수선택권의 행사에 따라 주식을 양도하는 경우에는 주식매수선택권 행사 당시의 시가로 계산한 금액으로 한다.

○ 법인세법 기본통칙 15-11…7

① 자기주식을 취득하여 소각함으로써 생긴 손익은 각 사업연도 소득계산상 익금 또는 손금에 산입하지 아니하는 것이나, 매각함으로써 생긴 매각차손익은 익금 또는 손금으로 한다. 다만, 고가매입 또는 저가양도액은 그러하지 아니한다.

○ 조특법 제38조

① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 ｢상법｣ 제360조의2 에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 “주식의 포괄적 교환등” 이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도 소득세, 금융투자소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사 또는 그 완전모회사의 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.

법인세법 제19조