신축주택 감면대상주택과 일반주택을 보유한 경우 장기보유특별공제 적용방법

※ 붙임자료

1. 질의내용

[사실관계 및 질의내용]

- A주택을 92년 9월 취득하여 1세대1주택 비과세 요건을 충족하고 2007.12월에 15년이상 보유한 고가주택을 양도함.

- 위 주택외에 용인시에 소재하는 조세특례제한법 제99조의3 의 규정에 의한 신축 감면주택을 보유하고 있음.

- 위 A주택을 양도하여 양도소득세를 계산함에 있어 장기보유특별공제를 15년이상 보유한 45%로 적용받을 수 있는지 여부.

2. 쟁점사항

- 소득세법 시행령 제159조 의 2의 15년 이상 장기보유특별공제가 적용되는 1세 대 1 주택의 범위에 포함되는 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택 에

조세특례제한법 제99조 의 3 제2항에서 규정하는 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 조세특례제한법 제99조의3 제1항 의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 일반주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 일반주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니하여 비과세되는 일반주택에 45%의 장기보유 특별공제율을 적용하는지 여부

3. 관련법령

○ 소득세법 제95조

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (1994. 12. 22. 개정)

② 제1항에서 “ 장기보유특별공제액 ”이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산( 제104조 제1항 제2호의 3 내지 제2호의 8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외 한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다. (2005. 12. 31. 개정)

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 (2005. 12. 31. 개정)

양도차익의 100분의 30. 다만, 양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대 1주택의 경우에 당해 주택의 보유기간이 15년 이상인 것은 양도차익의 100분의 45

○ 소득세법 시행령 제159조 의 2

(2005. 12. 31. 제목개정)

법 제95조 제2항 제3호 단서에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조ㆍ제155조의 2ㆍ제156조의 2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대1주택으로 보는 주택을 포함 한다 )을 말한다. (2005. 12. 31. 개정)

○ 조세특례제한법 제99조 의 3

(2001. 8. 14. 제목개정)

① 생략

② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정)

소득세법 제95조 · 조세특례제한법 제99조 · 소득세법시행령 제159조