직무발명보상금의 수입금액 귀속연도

1. 사실관계

○ 질의인은 @@회사에 재직중인 근로자로서 특허 보상에 대하여 이의가 발생하여 직무발명보상금(부당이득반환청구) 소송을 제기함

- 2019.11.13. 1심 판결 결과(수원지방법원 2015가합70764) 질의인은 일부 승소판결을 받았으며, 질의인과 회사 모두 1심 판결에 불복하여 항소를 진행중임

<1심 판결 주요내용>

“피고(####(주))는 원고(질의인)에게 1,845,539,945원 및 그 중 1,000,000,000원에 대하여는 2015.12.10.부터 845,539,945원에 대하여는 2019.4.24.부터 각 2019.11.13. 까지는 연 5%의, 그 다음날부터 다 갚는 날까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라”

- 회사에서는 1심 판결결과에 따라 보상금액을 계산하여 원천징수세액을 공제한 1,272,977,922원을 공탁하였음

- 질의인은 소송이 진행중이므로 공탁금을 수령하지 않았으나, 회사에서는 2019년 근로소득으로 연말정산하였으며 질의인은 원천징수 세액을 납부하였음

2. 질의내용

○ 비영리법인이 조특법§30의 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 적용대상인 중소기업에 해당하는지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제30조

① 대통령령으로 정하는 청년(이하 이 항에서 "청년"이라 한다), 60세 이상인 사람, 장애인 및 경력단절 여성이 「중소기업기본법」 제2조 에 따른 중소기업(비영리기업을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 기업(이하 이 조에서 "중소기업체"라 한다)에 2012년 1월 1일(60세 이상인 사람 또는 장애인의 경우 2014년 1월 1일)부터 2021년 12월 31일까지 취업하는 경우 그 중소기업체로부터 받는 근로소득으로서 그 취업일부터 3년(청년의 경우에는 5년)이 되는 날(청년으로서 대통령령으로 정하는 병역을 이행한 후 1년 이내에 병역 이행 전에 근로를 제공한 중소기업체에 복직하는 경우에는 복직한 날부터 2년이 되는 날을 말하며, 그 복직한 날이 최초 취업일부터 5년이 지나지 아니한 경우에는 최초 취업일부터 7년이 되는 날을 말한다)이 속하는 달까지 발생한 소득에 대해서는 소득세의 100분의 70(청년의 경우에는 100분의 90)에 상당하는 세액을 감면(과세기간별로 150만원을 한도로 한다)한다. 이 경우 소득세 감면기간은 소득세를 감면받은 사람이 다른 중소기업체에 취업하거나 해당 중소기업체에 재취업하는 경우 또는 합병·분할·사업 양도 등으로 다른 중소기업체로 고용이 승계되는 경우에 관계없이 소득세를 감면받은 최초 취업일부터 계산한다.

② 제1항을 적용받으려는 근로자는 원천징수의무자에게 감면 신청을 하여야 한다. 다만, 퇴직한 근로자의 경우 해당 근로자의 주소지 관할 세무서장에게 감면 신청을 할 수 있다.

○ 조세특례제한법 시행령 제27조

③ 법 제30조제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 기업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 주된 사업으로 영위하는 기업을 말한다. 다만, 국가, 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다), 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관 및 「지방공기업법」에 따른 지방공기업은 제외한다.

1. 농업, 임업 및 어업

2. 광업

3. 제조업

4. 전기, 가스, 증기 및 공기조절 공급업

5. 수도, 하수 및 폐기물처리, 원료재생업

6. 건설업

7. 도매 및 소매업

8. 운수 및 창고업

9. 숙박 및 음식점업(주점 및 비알코올 음료점업은 제외한다)

10. 정보통신업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다)

11. 부동산업

12. 연구개발업

13. 광고업

14. 시장조사 및 여론조사업

15. 건축기술, 엔지니어링 및 기타 과학기술 서비스업

16. 기타 전문, 과학 및 기술 서비스업

17. 사업시설 관리, 사업 지원 및 임대 서비스업

18. 기술 및 직업훈련학원

19. 사회복지 서비스업

20. 개인 및 소비용품 수리업

21. 창작 및 예술 관련 서비스업

22. 도서관, 사적지 및 유사 여가 관련 서비스업

23. 스포츠 서비스업

○ 중소기업기본법 제2조

① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기업 또는 조합 등(이하 "중소기업"이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업

가. 업종별로 매출액 또는 자산총액 등이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

나. 지분 소유나 출자 관계 등 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 맞을 것

2. 「사회적기업 육성법」 제2조제1호 에 따른 사회적기업 중에서 대통령령으로 정하는 사회적기업

3. 「협동조합 기본법」 제2조 에 따른 협동조합, 협동조합연합회, 사회적협동조합, 사회적협동조합연합회 중 대통령령으로 정하는 자

4. 「소비자생활협동조합법」 제2조 에 따른 조합, 연합회, 전국연합회 중 대통령령으로 정하는 자

○ 중소기업기본법 시행령 제3조

① 「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조제1항제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 기업일 것

가. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 평균매출액 또는 연간매출액(이하 "평균매출액등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞을 것

나. 자산총액이 5천억원 미만일 것

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업일 것

가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조제1항 에 따른 상호출자제한기업집단(이하 이 호에서 "상호출자제한기업집단"이라 한다)에 속하는 회사 또는 같은 법 제14조의3에 따라 공시대상기업집단의 소속회사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사 중 상호출자제한기업집단에 속하는 회사

나. 자산총액이 5천억원 이상인 법인(외국법인을 포함하되, 비영리법인 및 제3조의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의 30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이 경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조제2항 을 준용한다.

1) 주식등을 소유한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원

2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업

② 법 제2조제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 사회적기업"이란 영리를 주된 목적으로 하지 아니하는 사회적기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 제1항제1호 각 목의 요건을 모두 갖출 것

3. 제1항제2호가목 또는 나목에 해당하지 아니할 것

③ 법 제2조제1항제3호에서 "대통령령으로 정하는 자"란 제2항 각 호의 요건을 모두 갖춘 협동조합, 협동조합연합회, 사회적협동조합 및 사회적협동조합연합회를 말한다.

④ 법 제2조제1항제4호에서 "대통령령으로 정하는 자"란 제2항 각 호의 요건을 모두 갖춘 조합, 연합회 및 전국연합회를 말한다.

소득세법 제39조