거주주택 비과세 적용 대상 및 장기일반민간임대주택의 과세특례

1. 사실관계

- 2001년 甲의 배우자 乙은 서울 방학동 소재 A주택 취득 후 거주 중

- 2012.5월 甲과 乙은 경기 의정부 소재 B다가구 주택* 공동 취득 후 임대 중

* B다가구 주택 현황(세무서만 사업자등록)

구 분

용도

비고

1층

근린생활시설

2층

주택(2가구)

가구당 85㎡이하

3층

주택(1가구)

85㎡ 초과

- 2020년 B주택 주택임대사업자등록예정

2. 질의내용

1) B주택을 주택임대사업자등록 후 의무임대기간 충족 전에 A주택을 양도하는 경우 거주주택 비과세 적용 가능 여부

2) 국민주택규모를 초과하는 1가구가 있는 경우「조세특례제한법」제97조의3의 적용 가능 여부

3. 관련법령

○ 소득세법시행령 제155조 (2020.5.26. 대통령령 제30704호로 개정된 것)

① ∼⑲ (생 략)

⑳ 제167조의3제1항제2호에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 않는다. 이하 이 조에서 '장기임대주택'이라 한다) 또는 제167조의3제1항제8호의2에 해당하는 주택(이하 '장기가정어린이집'이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 '거주주택'이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」 제13조제1항 에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 '직전거주주택'이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우에 한정한다. 이하 이 항에서 '직전거주주택보유주택'이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조제1항을 적용한다. <신설 2011.10.14, 2012.2.2, 2013.2.15, 2015.2.3, 2015.12.28, 2017.2.3, 2018.2.13, 2019.2.12, 2020.2.11>

1.거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 「영유아보육법」 제13조제1항 에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2.장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 '임대료등'이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항 의 전환 규정을 준용한다.

3.장기가정어린이집: 양도일 현재 법 제168조에 따라 사업자등록을 하고, 장기가정어린이집을 운영하고 있을 것

㉑ 1세대가 장기임대주택의 임대기간요건(이하 이 조에서 '임대기간요건'이라 한다) 또는 장기가정어린이집의 운영기간요건(이하 이 조에서 '운영기간요건'이라 한다)을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택 또는 가정어린이집을 장기임대주택 또는 장기가정어린이집으로 보아 제20항을 적용한다. <개정 2018.2.13>

㉒ 1세대가 제21항을 적용받은 후에 임대기간요건 또는 운영기간요건을 충족하지 못하게 된(장기임대주택의 임대의무호수를 임대하지 않은 기간이 6개월을 지난 경우를 포함한다) 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1호의 계산식에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고ㆍ납부해야 한다. 이 경우 제2호의 임대기간요건 및 운영기간요건 산정특례에 해당하는 경우에는 해당 규정에 따른다. <개정 2012.2.2, 2013.2.15, 2017.2.3, 2018.2.9, 2018.2.13, 2020.2.11>

1. 납부할 양도소득세 계산식

거주주택 양도 당시 해당 임대주택 또는 가정어린이집을 장기임대주택 또는 장기가정어린이집으로 보지 아니할 경우에 납부하였을 세액 - 거주주택 양도 당시 제20항을 적용받아 납부한 세액

2. 임대기간요건 및 운영기간요건 산정특례

가.「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 수용 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 해당 임대기간요건 또는 운영기간요건을 충족하지 못하게 되거나 임대의무호수를 임대하지 아니하게 된 때에는 해당 임대주택을 계속 임대 또는 해당 가정어린이집을 계속 운영하는 것으로 본다.

나.재건축사업, 재개발사업 또는 소규모재건축사업의 사유가 있는 경우에는 가정어린이집을 운영하지 아니한 기간 또는 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간을 계산할 때 해당 주택의 「도시 및 주거환경정비법」 제74조 에 따른 관리처분계획(소규모재건축사업의 경우에는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조 에 따른 사업시행계획을 말한다. 이하 '관리처분계획등'이라 한다) 인가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간은 포함하지 아니한다.

다. 「주택법」 제2조 에 따른 리모델링 사유가 있는 경우에는 임대의무호수를 임대하지 않은 기간을 계산할 때 해당 주택이 같은 법 제15조에 따른 사업계획의 승인일 또는 같은 법 제66조에 따른 리모델링의 허가일 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간은 포함하지 않는다.

㉓ 제20항을 적용받으려는 자는 거주주택을 양도하는 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고서와 기획재정부령으로 정하는 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 한다. <신설 2011.10.14, 2012.2.2, 2015.12.28, 2017.2.3, 2018.2.13, 2020.2.11>

1. 「민간임대주택에 관한 특별법 시행령」 제4조제4항 에 따른 임대사업자 등록증 또는 「영유아보육법」 제13조 에 따른 어린이집 인가증

2. 장기임대주택의 임대차계약서 사본

3. 임차인의 주민등록표 등본 또는 그 사본. 이 경우 「주민등록법」 제29조제1항 에 따라 열람한 주민등록 전입세대의 열람내역 제출로 갈음할 수 있다.

4. 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 서류

㉔ 제23항에 따라 신고서를 제출받은 납세지 관할 세무서장은 「전자정부법」 제36조제1항 에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 다음 각 호의 서류를 확인하여야 하며, 신청인이 제1호의 서류 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 이를 제출하도록 하여야 한다. <신설 2011.10.14, 2012.2.2, 2017.2.3, 2018.2.13>

1. 주민등록표 등ㆍ초본

2. 거주주택의 토지ㆍ건축물대장 및 토지ㆍ건물 등기사항증명서

3. 장기임대주택 또는 장기가정어린이집의 등기사항증명서 또는 토지ㆍ건축물대장 등본

○ 조세특례제한법 제97조의3 (2020.6.9. 법률 제17339호로 개정된 것)

① 대통령령으로 정하는 거주자가 2022년 12월 31일까지 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호 에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 등록하여 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우 그 주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 「소득세법」 제95조제1항 에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 장기일반민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제율을 적용한다. <개정 2014.12.23, 2015.8.28, 2015.12.15, 2018.1.16, 2019.12.31>

1. 8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우

2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우

② 제1항에 따른 과세특례는 제97조의4에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례와 중복하여 적용하지 아니한다. <신설 2018.12.24>

③ 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례 적용의 신청을 하여야 한다. <개정 2018.12.24>

④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2018.12.24>

○ 조세특례제한법시행령 제97조의3 (2020.6.2. 대통령령 제30723호로 개정된 것)

① 법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 「소득세법」 제1조의2제1항제1호 에 따른 거주자를 말한다.

② 법 제97조의3제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 10년 이상 계속하여 임대한 경우와 같은 항 제1호에 따른 8년 이상 계속하여 임대한 경우는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제4호 의 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)으로 각각 10년 또는 8년 이상 계속하여 등록하고, 그 등록한 기간 동안 통산하여 각각 10년 또는 8년 이상 임대한 경우로 한다. 이 경우 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업·재건축사업, 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모주택정비사업 또는 「주택법」에 따른 리모델링으로 인하여 임대할 수 없는 경우에는 해당 주택의 관리처분계획 인가일(소규모주택정비사업의 경우에는 사업시행계획 인가일, 리모델링의 경우에는 허가일 또는 사업계획승인일을 말한다) 전 6개월부터 준공일 후 6개월까지의 기간 동안 계속하여 임대한 것으로 보되, 임대기간 계산 시에는 실제 임대기간만 포함한다. <개정 2015.2.3, 2015.12.28, 2016.2.5, 2018.7.16, 2019.2.12, 2020.2.11>

③ 법 제97조의3제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등"이란 다음 각 호의 요건을 말한다. <개정 2015.12.28, 2016.2.5, 2016.8.11, 2018.10.23, 2020.2.11>

1. 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항 에 따라 정한 기준을 준용한다.

2. 「주택법」 제2조제6호 에 따른 국민주택규모 이하의 주택(해당 주택이 다가구주택일 경우에는 가구당 전용면적을 기준로 한다)일 것

3. 장기일반민간임대주택등의 임대개시일부터 8년 이상 임대할 것

4. 장기일반민간임대주택등 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 아니할 것

④ 장기일반민간임대주택등의 임대기간의 계산에 관하여는 제97조제5항제1호·제3호 및 제5호를 준용한다. 이 경우 「소득세법」 제168조 에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 에 따른 임대사업자등록을 하고 장기일반민간임대주택등으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 보며, 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조제3항 에 따라 같은 법 제2조제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 같은 법 시행령 제34조제1항제3호에 따른 시점부터 임대를 개시한 것으로 본다. <개정 2015.2.3, 2015.12.28, 2016.2.5, 2018.7.16, 2019.2.12>

⑤ 법 제97조의3제2항에 따라 과세특례 적용의 신청을 하려는 자는 해당 장기일반민간임대주택등의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세특례적용신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 그 절차 등에 관하여는 제97조제3항·제4항 및 제6항을 준용한다. <개정 2016.2.5., 2018.7.16>

나. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규)

○ 서면-2018-부동산-0501, 2018.3.22.

1. 귀 질의의 경우 「소득세법 시행령」제167조의3제1항제2호 각 목에 따른 장기임대주택과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 같은 영 제155조 제20항 제1호와 제2호의 요건을 모두 충족하는 해당 1주택(거주주택)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조 제1항에 따른 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하는 것입니다

2. 이 경우 다가구주택(“ 건축법 시행령” 별표1 제1호 다목에 해당하는 것)은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 보아 임대호수, 국민주택 규모, 임대기간 및 기준시가 요건 등을 적용하여 장기임대주택 해당 여부를 판단하는 것입니다.

○ 사전-2015-법령해석재산-0386, 2015.12.04.

1. 거주자가 1986.1.1.부터 2000.12.31.까지의 기간 중 신축된 국민주택규모에 해당하는 다가구주택을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5호 이상 임대하는 거주자가 당해 주택을 5년 또는 10년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는「조세특례제한법」제97조를 적용하는 것이며, 이에 해당하는지는 제반사항을 고려하여 판단할 사항입니다.

이 경우 같은 법 시행령 제97조 제3항을 적용함에 있어서 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하지 아니한 경우에도 적용받을 수 있는 것입니다.

2. 고가주택에 해당하는 다가구주택이「조세특례제한법」제97조 규정에 의한 장기임대주택에 해당하는 경우에는 고가주택에 대한 1세대 1주택을 먼저 적용한 후 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하고, 국민주택규모 이하 가구와 초과 가구가 혼합되어 있는 경우에는 국민주택규모에 해당하는 가구 임대분에 한하여 양도소득세를 감면하는 것입니다.

○ 서면-2015-부동산-22301, 2015.03.11.

1. 귀 질의 1)의 경우 「소득세법 시행령」제167조의 3제1항제2호가목의 규정을 적용할 때 「건축법 시행령」별표1 제1호다목에 해당하는 다가구주택은 한 가구가 독립하여 거주할 수 있도록 구획된 부분을 각각 하나의 주택으로 보아 임대기간과 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역 3억원) 요건을 적용하는 것입니다.

2. 귀 질의 2)의 경우 「소득세법 시행령」제155조제19항에서 규정한 장기임대주택(임대기간 요건 충족하지 않은 경우 포함)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 같은 항 각호의 요건을 모두 충족하는 1주택(이하 “거주주택”이라 함)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 같은 영 제154조제1항에 따른 비과세 규정을 적용하는 것입니다. 다만, 장기임대주택의 임대기간 요건을 충족하기 전에 거주주택을 양도하여 비과세를 받은 후에 장기임대주택의 임대기간요건을 충족하지 못하게 된 때에는 같은 조 제21항의 규정에 따라 양도소득세를 신고․납부하여야 하는 것입니다.

○ 재산세과-2235, 2008.08.14.

귀 질의의 경우, 「소득세법 시행령」제156조 제3항 규정에 의한 고가주택에 해당하는 다가구주택이 「조세특례제한법」제97조 규정에 의한 장기임대주택에 해당하는 경우에는 당해 임대가구부분에 한하여 양도소득세를 감면하는 것입니다.

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