비영리내국법인에 대한 연결납세방식 적용 여부

1. 사실관계

○ 갑 법인은 ｢금융지주회사법｣에 따라 설립된 금융지주회사로서 금융업을 영위하는 종속기업 또는 금융업과 밀접한 관련이 있는 종속기업에 대한 지배․경영관리 및 자금지원 등을 주요 목적사업으로 하고 있음

○ 갑법인의 연결납세 대상 완전자법인인 부산은행은 장학금, 교육활동지원 등을 목적으로 재산을 단독으로 출연하여 공익법인인 을재단을 설립

- 을재단은 ｢상속세 및 증여세법 시행령｣ 제12조 에 따른 공익법인으로서 불특정다수인의 이익을 위한 공익사업을 영위함

- 을재단은 2007년부터 2011년까지 총 120억원의 재산을 부산은행으로부터 전액 출연받았으며 출연받은 재산을 장학, 교육, 문화예술, 학술연구 등 재단의 목적사업에 사용하였음

- 을재단이 해산하는 경우 잔여재산은 부산광역시 교육청에 귀속될 예정

- 을재단의 이사회 구성원은 이사 7인, 감사2인으로 구성되어 있으며, 이사장은 이장호 부산은행장이 맡고 있음

○ 을재단은 재산을 기본재산과 보통재산으로 구분하여 관리하고 있는 바,

- 기본재산은 목적사업을 원활히 수행하기 위한 자산으로서 ｢공익법인의 설립․ 운영에 관한 법률｣ 및 정관에서 열거하고 있는 다음의 재산으로 한정되며 기본재산의 목록과 평가액은 정관의 기재사항임

1. 설립시 기본재산으로 출연한 재산

2. 기부에 의하거나 기타 무상으로 취득한 재산

3. 보통 재산 중 이사회에서 기본재산으로 편입할 것을 의결한 재산

4. 세계 잉여금 중 적립금

- 기본재산의 매도 및 증여 등은 정관에 기재된 기본재산의 평가액을 변경 하는 행위이므로 주무관청의 허가를 득한 경우 제한적으로 인정하고 있음

- 기본재산 이외의 모든 재산은 보통재산이며, 이사회의 결의로 처리가 이루어 짐

2. 신청내용

○ 연결납세방식을 적용받고 있는 연결자법인이 단독으로 출연하여 설립한 공익법인인 재단 법인에 대해 연결납세방식의 적용 가능 여부

3. 관련법령

○ 법인세법 제76조의8

① 내국법인(비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외한다) 과 해당 내국법인이 완전 지배하는 다른 내국법인 [ 청산 중인 법인 등 대통령령 으로 정하는 법인은 제외한다. 이하 이 장에서 "완전자법인" 이라 한다]은 대통령령으로 정하는 바에 따라 국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용할 수 있다. 이 경우 완전자법인이 둘 이상일 때에는 해당 법인 모두가 연결납세방식을 적용하여야 한다.

② 제1항에 따라 연결납세방식을 적용받는 각 연결법인의 사업연도는 연결 사업연도와 일치하여야 한다. 이 경우 연결사업연도의 기간은 1년을 초과하지 못하며, 연결사업연도의 변경에 관하여는 제7조를 준용한다.

③ 제2항을 적용할 때 사업연도(이하 제76조의9 및 제76조의10에서 "본래사업연도"라 한다)가 법령 등에 규정되어 연결사업연도와 일치시킬 수 없는 완전자법인으로서 대통령령으로 정하는 요건을 갖춘 내국법인인 경우에는 연결사업연도를 해당 내국법인의 사업연도로 보아 연결납세방식을 적용할 수 있다.

④ 연결법인의 납세지는 제9조제1항에도 불구하고 연결모법인의 납세지로 한다.

⑤ 제1조제9호 및 이 장에서 "완전 지배"란 내국법인이 다른 내국 법인의 발행 주식총수(주식회사가 아닌 법인인 경우에는 출자 총액을 말하며, 의결권 없는 주식등을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)의 전부( ｢근로복지기본법｣ 제2조 제4호에 따른 우리사주조합을 통하여 근로자가 취득한 주식 등 대통령령으로 정하는 주식으로서 발행주식총수의 100분의 5 이내의 주식은 제외한다. 이하 이 항 에서 같다)를 보유하는 경우를 말하며, 내국법인과 그 내국법인의 완전 자법인이 보유한 다른 내국 법인의 주식등의 합계가 그 다른 내국 법인의 발행주식총수의 전부인 경우를 포함한다.

⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 합병, 분할 또는 주식의 포괄적 교환 ㆍ 이전의 경우에는 그 합병일, 분할일 또는 교환ㆍ이전일이 속하는 연결 사업연도에 한정하여 제2항, 제76조의11제1항 및 제76조의12제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 연결납세방식을 적용할 수 있다.

1. 제1항에 따라 연결납세방식을 적용받는 연결모법인 간의 합병 (제44조제2항에 따라 양도손익이 없는 것으로 보는 합병만 해당한다)

2. 제1항에 따라 연결납세방식을 적용받는 연결모법인 간의 주식의 포괄적 교환ㆍ이전( ｢조세특례제한법」 제38조 에 따라 과세이연을 받는 경우만 해당한다)

3. 제1항에 따라 연결납세방식을 적용받는 연결모법인의 분할(제46조 제2항에 따라 양도손익이 없는 것으로 하는 분할만 해당한다)

○ 법인세법 시행령 제120조의12

① 법 제76조의8제1항 전단 중 "비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법인" 이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인을 말한다.

1. 비영리내국법인

2. 해산으로 청산 중인 법인

3. 법 제51조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인

4. 다른 내국법인으로부터 법 제76조의8제5항에 따른 완전지배를 받는 법인

5. 삭제 <2010.12.30>

6. ｢조세특례제한법｣ 제100조의15제1항 의 동업기업과세특례를 적용하는 법인

7. ｢조세특례제한법｣ 제104조의10제2항 의 과세표준계산특례를 적용하는 법인

② 법 제76조의8제1항 전단에서 "청산 중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인"이란 제1항제2호, 제3호 및 제5호부터 제7호까지의 법인 을 말한다.

③～⑦ (생략)

법인세법시행령 제120조의12 · 법인세법 제76조의8 · 조세특례제한법 제38조