장기임대주택을 추가 취득한 경우 일반주택의 1세대 3주택 중과배제 여부

※ 관련참고자료

1. 질의내용 요약

○ 사실관계

- 2000. 9.22. 서울 도봉구 소재 국민주택 2호를 취득하여 사업자등록 및 임대사업자등록 후 임대

- 2002. 7. 1. 경기 시흥시 소재 국민주택 1호를 취득하여 사업자등록 등을 하고 임대

- 2005. 2.23. 서울 도봉구 소재 국민주택 2호를 취득하여 사업자등록 등을 하고 임대

- 2006.12. 8. 서울 성동구 소재 국민주택 1호를 취득하여 사업자등록 등을 하고 임대

- 2007. 7. 위 임대주택 6호 외에 소유하고 있는 1개의 주택을 양도

○ 질의내용

- 양도한 일반주택의 1세대3주택 중과 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 소득세법 제104조

(2008.12.26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것)

① 거주자의 양도소득세는 당해년도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. <개정 2005.12.31>

1.~2의2 생략

2의3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)

양도소득과세표준의 100분의 60

(이하 생략)

○ 소득세법 시행령 제167조의3

(2008.2.29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것)

① 법 제104조제1항제2호의3의 규정에서 "대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이라 함은 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. <개정 2006.2.9>

1. 생략

2. 법 제168조에 의한 사업자등록과 「임대 주택법」 제6조 에 의한 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 「임대 주택법」 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 의한 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 「임대 주택법」 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록일에 법 제168조의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 본다.

가. 같은 시(특별시 및 광역시를 포함한다)·군에서 5호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 10년 이상 임대한 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록등을 하고 2호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

다. 생략

3.~9. 생략

10. 1세대가 제1호 내지 제8호 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 당해 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)

②~③ 생략

④ 1세대가 제1항제2호 내지 제4호 또는 제8호의2의 규정에 의한 장기임대주택·감면대상장기임대주택·장기사원용주택 또는 장기가정보육시설(이하 이 조에서 "장기임대주택등"이라 한다)의 의무임대기간·의무무상기간 또는 의무사용기간(이하 이 조에서 "의무임대기간등"이라 한다)의 요건을 충족하기 전에 제1항제10호의 규정에 의한 일반주택을 양도하는 경우에도 당해 임대주택·사원용주택 또는 가정보육시설(이하 이 조에서 "임대주택등"이라 한다)을 제1항의 규정에 의한 장기임대주택등으로 보아 제1항제10호의 규정을 적용한다. <개정 2005.12.31>

⑤ 제4항의 규정을 적용받은 1세대가 장기임대주택등의 의무임대기간등의 요건을 충족하지 못하게 되는 사유(제1항제2호 각목 및 제3호의 규정에 의한 임대의무호수를 임대하지 아니한 기간이 6월을 경과하게 된 경우를 포함한다)가 발생한 때에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 제1호에서 제2호의 세액을 차감한 금액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 수용 등 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유로 인하여 당해 의무임대기간 등의 요건을 충족하지 못하게 되거나 임대의무호수를 임대하지 아니하게 된 때에는 당해 임대주택등을 계속 임대·사용하거나 무상으로 사용하는 것으로 본다. <개정 2005.12.31>

1. 일반주택 양도당시 당해 임대주택등을 제1항제2호 내지 제4호 또는 제8호의2의 규정에 의한 장기임대주택등으로 보지 아니할 경우에 법 제104조의 규정에 의한 세율에 따라 납부하였을 세액

2. 일반주택 양도당시 제4항의 규정을 적용받아 법 제104조의 규정에 의한 세율에 따라 납부한 세액

(이하 생략)

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판, 판례)

○ 서면인터넷방문상담4팀-1302, 2005.07.25.

1세대가 「소득세법 시행령」 제167조 의 3 제1항 제2호 나목에 해당하는 주택(이하 “장기임대주택”이라 함)을 제외하고 1개의 주택(이하 “일반주택”이라 함)만을 소유하고 있는 경우로서 일반주택을 양도하는 경우에는 「소득세법」 제104조 제1항 제2의 3호의 규정에 의한 중과세율(양도소득과세표준의 100분의 60)이 적용하지 아니하며, 이때 일반주택의 양도일 이후 장기임대주택의 임대의무기간 요건을 충족하지 못하게 되는 사유가 발생한 때에는 일반주택의 양도소득세를 동법시행령 제5항의 규정에 의하여 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 중과세율과 일반세율의 차액을 추가납부 하여야 하는 것입니다.