두개의 법인이 공동조직을 운영하고 소요비용을 배분하는 경우 세금계산서 교부방법 등

〔붙 임 : 참고자료〕

1. 질의내용 요약

(사실관계)

- 법인세법상 특수관계자에 해당되는 H사와 G사는 각각 별도의 관리 부서를 두고 업무를 처리하여 왔으나, 업무효율성 제고 및 비용 절감을 위하여 양사간에 "원가분담약정“을 체결하고 동 약정에 따라 양사의 기존 조직에 소속되어 있던 일부 직원들이 양사의 공통적인 관리업무를 수행할 공동관리 부서를 구성하고 동 부서에서 발생되는 비용을 합리적인 기준에 의하여 배분하고자 함

- H사와 G사의 본점인 제조공장은 각각 울산 등과 강원도 옥계 등에 소재하며, 양사는 서울의 동일한 장소에 관리업무 등을 수행하는 서울사무소를 각각 두고 있으며, 동 서울사무소에서는 아래에 기술하는 양사의 관리업무가 공동으로 이루어지며, 영업, 기획 등 H사와 G사의 고유한 업무들로 이루어지고 있음

- 양사의 법인등기부등본상에는 G사만 서울사무소가 등재되어 있으며, 지점 사업자등록도 G사만 되어있음 다만, 부가가치세 목적상 필요할 경우 H사도 서울사무소를 별도로 지점등기 및 사업자등록 할 예정임

- 공동관리부서는 양사의 업무를 공동으로 수행하는 역할을 하지만 공동관리부서 업무와 관련하여 양사에 관계되는 최종의사 결정은 각 사에 의하여 이루어지며, 공동관리부서 직원들은 기존 각자의 소속사는 그대로 유지하며 갑근세 및 4대 보험 신고 등도 기존 소속사에서 이행함

- 공동관리부서에서 발생되는 비용 중 인건비성 경비(급여, 상여, 퇴직급여, 복리후생비 포함)는 각자의 소속사 비용으로 처리하고 정산대상 경비에 포함하게 되며, 매입세금계산서 수취대상인 외부 매입과 관련된 경비는 매입 당시에 귀속 회사를 구분할 수 있는 부분은 구분하여 처리하되, 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입 분은 일단 H사와 G사의 경비로 처리하고 경비로 처리한 회사의 매입세액으로 공제받았다가 정산대상 경비에 포함시킴

- H사와 G사는 서로 상이한 제품을 제조하고 있으며, H사와 G사가 공동으로 수행하고자 하는 관리업무의 내용 및 그 부서의 구체적인 운영 형태는 아래와 같음

가. 구매/커뮤니케이션/자금/법무

․ 운영형태 : 구매, 커뮤니케이션, 자금 및 법무 업무별로 양사의 기존 부서를 통합하여 양사의 업무를 공동으로 수행하는 공동부서의 역할을 하며, 각 사는 상기 부서 업무와 관련하여 특정한 한 회사를 전담하는 인원을 두지 않음

․ 업무내용 : 상기 각 업무별 공동부서는 양사의 구매, 커뮤니케이션, 자금 및 법무 업무 각각의 전반을 수행함

․ 구성원 및 체계 : H사 직원 ○명, G사 직원 ○명으로 구성되고 각자 자신의 소속사를 유지하며, 팀장(구매의 경우는 본부장)까지 공동관리부서를 구성하고 각 사에 관계되는 최종의사결정은 각 사에 의하여 이루어짐

․ 근무지 : 소속사의 주사무소 소재지(지방) 또는 서울사무소에서 근무함

나. 인사(교육)

․ 운영형태 : 인사업무와 관련된 양사의 기존 조직은 각자 유지하고 교육업무 담당자만 양사의 업무를 공동으로 수행하며, 양사의 기존 인사조직에 하는 여타의 인원은 각각 양사의 고유 업무를 수행함

․ 업무내용 : 양사의 인사업무 중 교육에 관한 업무 전반

․ 구성원 및 체계 : 양사에서 각각 2~3인의 인원으로 구성되고, 각자 자신의 소속 사를 유지하며, 팀장까지 공동관리부서를 구성하고 각 사에 관계되는 최종의사결정은 각 사에 의하여 이루어짐

․ 근무지 : 대체로 소속사의 서울사무소에서 근무함

다. 총무

․ 운영형태 : 총무업무에 대한 양사의 기존 조직은 유지하되, 서울사무소에 대한 총무 업무 담당자만 양사의 업무를 함께 수행함

․ 업무내용 : 양사의 서울사무소 관련 총무 업무 전반

․ 구성원 및 체계 : 양사에서 각각 1~2인의 인원으로 구성되고, 각자 자신의 소속 사를 유지하며, 팀장까지 공동관리부서를 구성하고 각 사에 관계되는 최종의사결정은 각 사에 의하여 이루어짐 다만, 향후 전원이 H사(또는 G사)소속 인원으로 교체될 수 있음

․ 근무지 : 서울사무소에서 근무함

라. IT

․ 운영형태 : G사의 IT부서가 공동부서로서 양사의 IT관련 업무를 수행함(H사는 기존에 자치적인 IT부서가 없었으며, IT업무에 대하여 외주업체를 이용하였음)

․ 업무내용 : 양사의 IT업무

․ 구성원 및 체계 : 동 업무에 종사하는 자(약 3~4인)는 대부분 G사 소속이고 H사 소속 인원이 1~2인 포함되며, 팀장까지 공동관리부서를 구성하고 각 사에 관계되는 최종의사결정은 각 사에 의하여 이루어짐 다만, 향후 전원이 G사소속 인원으로 교체될 수 있음

(질의사항) 두개의 법인이 공동부서를 운영하고 발생되는 비용에 대해 비용을 집행한 회사에서 경비로 처리한 후 합리적인 배부기준을 적용하여 최종 정산하는 경우 세금계산서교부방법

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 부가가치세법 제1조

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급

2. 재화의 수입

② 제1항에서 재화라 함은 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말한다.

③ 제1항에서 용역이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타 행위를 말한다.

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판, 판례)

■ 부가46015-1603, 1997.07.15

'갑' '을' 두 사업자가 사업에 관련한 공동비용의 분배비율을 약정하고 공동비용에 대한 매입세금계산서를 대표사업자인 '갑'이 일괄하여 교부받은 경우에는 '갑'은 부가가치세법시행규칙 제18조 의 규정에 준하여 '을'에게 매출세금계산서를 교부하여야 하는 것이며, 이때 '을'은 '갑'으로부터 교부받은 매입세금계산서상의 매입세액을 동법 제17조 제1항의 규정에 의하여 자기의 매출세액에서 공제받을 수 있음.