비거주자가 거주자로 전환 후 1세대1주택 양도 시 장기보유특별공제 계산 방법

1. 사실관계

○ ’03.8월 서울시 강남구 소재 쟁점주택 취득(비거주자)

○ ’15.9월 쟁점주택 재건축사업 관리처분 인가(비거주자)

○ ’19.2월 속초시 소재 원룸 전입

○ ’19.8월 쟁점주택 준공 및 청산금 납부(거주자)

○ ’19.9월 쟁점주택 전입(거주자)

○ ’23.6월 쟁점주택 양도(1세대1주택, 고가주택, 거주자)

'03.8월. '15.9월 '19.2월 '19.8월 '19.9월 '23.6월

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취득

(비거주자)

재건축사업

관리처분인가

속초시전입

쟁점주택 준공

(청산금납부)

쟁점주택 전입

양도

(거주자)

2. 질의내용

○ 주택 취득 및 재건축 관리처분인가일 당시 비거주자였으나 양도당시에는 거주자인 경우 비거주자로서 보유한 기간에 대해서도 장기보유특별공제 표2 적용가능한지 여부

3. 관련법령

□ 소득세법 제89조

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

1. 파산선고에 의한 처분으로 발생하는 소득

2. 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합 (分合)으로 발생하는 소득

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

□ 소득세법 제95조

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1 주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

□ 소득세법 시행령 제154조

① 법 제89조제1항제3호가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다. 이하 이 항에서 같다) 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2제1항제1호 에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

⑧ 제1항에 따른 거주기간 또는 보유기간을 계산할 때 다음 각 호의 기간을 통산한다.

2. 비거주자가 해당 주택을 3년 이상 계속 보유하고 그 주택에서 거주한 상태로 거주자로 전환된 경우에는 해당 주택에 대한 거주기간 및 보유기간

□ 소득세법 시행령 제159조의4

법 제95조제2항 표 외의 부분 단서 및 같은 조 제5항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 각각 1 세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조 의2ㆍ제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포 함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. (후단 생략)

□ 소득세법 제121조

② 국 내사업장이 있는 비거주자와 제119조제3호에 따른 국내 원천 부동산소득이 있는 비 거주자에 대해서는 제119조제1 호부터 제7호까지, 제8호의2 및 제10호부터 제12호까지의 소득(제156조제1항 및 제156조의3부터 제156조의6까지의 규정에 따라 원천징수되는 소득은 제외한다)을 종합하여 과세하고, 제119조제8호에 따른 국내원천 퇴직소득 및 같은 조 제9호 에 따 른 국내원천 부동산등양도소득이 있는 비거주자에 대해 서는 거주자와 같은 방법으로 분류하여 과세한다. 다 만, 제119조제9호에 따른 국내원천 부 동산등양도소득이 있는 비거주자로서 대통령령으로 정하는 비거주자에게 과세할 경우에 제89조제1항제3호ㆍ제4호 및 제95조제2항 표 외의 부분 단서는 적용하지 아니한다.

소득세법 제95조 · 소득세법 시행령 제154조