리서치/법령현행

조세특례제한법 시행령 제14조의4

조세특례제한법 시행령 제14조의4(벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례) (법률 제36338호, 2026. 6. 3. 시행)

종류
법령
공포번호
36338
시행일
2026. 6. 3.
공포일
2026. 5. 19.
소관
재정경제부,행정안전부
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조세특례제한법 제16조의4(벤처기업 임직원 주식매수선택권 행사이익 양도소득세 과세특례)의 시행령 위임사항을 정한 조문이다. 특례 대상인 '벤처기업 임직원'은 주주총회 결의로 부여받은 임직원을 말하되, 행사 시 발행주식 10% 초과 보유자·지배주주·그 친족/경영지배관계자는 제외한다. 적용 요건으로 주총결의·약정, 양도금지, 2년 이상 재임·재직 후 행사를 요구하며, 임직원은 행사일 전일까지 특례적용신청서와 전용계좌개설확인서를 벤처기업에 제출하고, 벤처기업·금융투자업자는 지급명세서·거래현황신고서를 관할 세무서장에게 제출해야 한다. 과세이익은 약정 매수가액과 시가의 차액으로 산정한다.

① 법 제16조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 벤처기업이 인수한 기업"이란 벤처기업이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 인수한 기업을 말하며, 법 제16조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 자"란 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제16조의3제1항에 따른 주식매수선택권을 부여받은 임직원(「벤처기업육성에 관한 특별법」 제16조의3제1항에 따른 주주총회의 결의가 있는 날 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외하며, 이하 이 조에서 "벤처기업 임직원"이라 한다)을 말한다. <개정 2018.2.13, 2022.2.15, 2024.7.2>

1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 10을 초과하여 보유하게 되는 자

2. 해당 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제43조제7항에 따른 지배주주등에 해당하는 자

3. 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 10을 초과하여 보유하는 주주

4. 제3호의 주주와 「국세기본법 시행령」 제1조의2제1항 및 같은 조 제3항제1호에 따른 친족관계 또는 경영지배관계에 있는 자

② 법 제16조의4제1항을 적용받으려는 벤처기업 임직원은 재정경제부령으로 정하는 특례적용신청서에 재정경제부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌개설확인서를 첨부하여 주식매수선택권 행사일 전일까지 해당 벤처기업에 제출해야 한다. <개정 2023.2.28, 2025.12.30>

③ 제2항에 따라 특례적용신청서를 제출받은 벤처기업은 주식매수선택권 행사로 지급하는 주식을 제10항에 따른 주식매수선택권 전용계좌로 입고하고, 재정경제부령으로 정하는 주식매수선택권 행사주식지급명세서(이하 이 조에서 "주식매수선택권 행사주식지급명세서"라 한다)와 재정경제부령으로 정하는 특례적용대상명세서(이하 이 조에서 "특례적용대상명세서"라 한다)를 주식매수선택권을 행사한 날이 속하는 달의 다음 달 10일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2023.2.28, 2025.12.30>

④ 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제8조제1항에 따른 금융투자업자(이하 이 조에서 "금융투자업자"라 한다)는 재정경제부령으로 정하는 주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서(이하 이 조에서 "주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서"라 한다)를 매분기 종료일의 다음 달 말일까지 본점 또는 주사무소 소재지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2023.2.28, 2025.12.30>

⑤ 법 제16조의4제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 다음 각 호의 요건을 말한다. <개정 2016.12.1, 2018.2.13, 2024.7.2, 2025.12.30>

1. 벤처기업이 주식매수선택권을 부여하기 전에 주식매수선택권의 수량ㆍ매수가액ㆍ대상자 및 기간 등에 관하여 주주총회의 결의를 거쳐 벤처기업 임직원과 약정할 것

2. 제1호에 따른 주식매수선택권을 다른 사람에게 양도할 수 없을 것

3. 사망, 정년 등 재정경제부령으로 정하는 불가피한 사유가 있는 경우를 제외하고는 「벤처기업육성에 관한 특별법」 제16조의3제1항에 따른 주주총회의 결의가 있는 날부터 2년 이상 해당 법인에 재임 또는 재직한 후에 주식매수선택권을 행사할 것

4. 삭제 <2022.2.15>

⑥ 법 제16조의4제2항에 따라 양도소득세를 납부하려는 벤처기업 임직원은 「소득세법」 제105조 및 제110조에 따라 양도소득과세표준을 신고하는 경우 제2항에 따른 특례적용신청서 제출에 대하여 해당 벤처기업이 발급하는 재정경제부령으로 정하는 특례신청확인서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2018.2.13, 2022.2.15, 2024.12.31, 2025.12.30>

⑦ 법 제16조의4제4항에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 말한다. 다만, 주식매수선택권의 행사 당시 실제 매수가액이 해당 주식매수선택권 부여 당시의 시가보다 낮은 주식매수선택권의 경우에는 본문에 따른 금액에서 법 제16조의4제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 시가 이하 발행이익을 제외한 금액을 말한다. <개정 2018.2.13, 2022.2.15>

⑧ 법 제16조의4제5항제1호에서 "해당 벤처기업의 파산 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유"란 다음 각 호의 사유를 말한다. <개정 2017.2.7, 2018.2.13>

1. 주식매수선택권을 부여한 벤처기업이 파산하는 경우

2. 「채무자 회생 및 파산에 관한 법률」에 따른 회생절차에 따라 법원의 허가를 받아 주식을 처분하는 경우

3. 합병ㆍ분할 등에 따라 해당 법인의 주식을 처분하고 합병법인 또는 분할신설법인의 신주를 지급받는 경우

⑨ 법 제16조의4제6항에서 "대통령령으로 정하는 자료"란 주식매수선택권 행사주식지급명세서, 특례적용대상명세서 및 주식매수선택권 전용계좌거래현황신고서를 말한다. <개정 2018.2.13>

⑩ 법 제16조의4제8항에 따라 벤처기업 임직원은 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 전용계좌를 개설해야 한다. <신설 2023.2.28>

1. 벤처기업 임직원 본인의 명의로 개설할 것

2. 금융투자업자가 벤처기업 임직원의 다른 매매거래계좌와 구분하여 ‘주식매수선택권 전용계좌’의 명칭으로 별도로 개설ㆍ관리할 것

3. 주식매수선택권 행사로 취득한 주식만을 거래할 것

4. 계좌 개설 이후 1개월 내에 주식이 입고되지 않을 경우에는 해당 계좌를 폐쇄하는 내용으로 사전에 약정할 것

제14조의4(벤처기업 주식매수선택권 행사이익에 대한 과세특례)

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