조세특례제한법 제121조의31

조세특례제한법 제121조의31(합병에 따른 중복자산의 양도에 대한 과세특례) (법률 제21467호, 2026. 9. 18. 시행)

종류
법령
공포번호
21467
시행일
2026. 9. 18.
공포일
2026. 3. 17.
소관
재정경제부,행정안전부
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사업재편계획에 따라 내국법인 간 같은 업종 합병으로 중복자산이 생기고 합병법인이 합병등기일부터 1년 이내에 그 중복자산을 양도하면, 양도차익(합병·분할평가차익 포함)에 대해 대통령령으로 계산한 금액을 해당 사업연도 익금에 산입하지 않을 수 있다. ‍​​‌​‌​​​‌​‌‌​​다만 완전 비과세가 아니라 과세이연으로, 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 3개 사업연도 동안 균분액 이상을 익금에 산입해야 한다. ‍​​‌​‌​‌‌​​​‌​이 특례는 당시 규정상 2026년 12월 31일까지의 합병분에 적용된다. ‍‌‌‌‌​‌​‌‌‌‌​‌특례를 적용받은 법인이 합병등기일부터 3년 이내에 폐업·해산하거나 사업재편계획 승인이 취소되면, 미익금산입액을 익금에 산입하고 이자상당가산액을 법인세에 가산해 납부해야 한다.

① 대통령령으로 정하는 사업재편계획(이하 이 조에서 "사업재편계획"이라 한다)에 따라 내국법인 간에 2026년 12월 31일까지 합병(분할합병을 포함하며, 같은 업종 간의 합병으로 한정한다)함에 따라 중복자산이 발생한 경우로서 합병법인이 합병등기일부터 1년 이내에 그 중복자산을 양도하는 경우 그 중복자산을 양도함에 따라 발생하는 양도차익(그 중복자산에 대한 합병평가차익 및 분할평가차익을 포함한다)에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도의 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 3개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다. <개정 2016.12.20, 2018.12.24, 2021.12.28, 2023.12.31>

② 제1항을 적용받은 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 법인세에 가산하여 납부하여야 하며, 해당 세액은 「법인세법」 제64조에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다.

1. 삭제<2016.12.20>

2. 합병등기일부터 3년 이내에 해당 사업을 폐업하거나 해산한 경우

3. 대통령령으로 정하는 사유에 해당하여 사업재편계획의 승인이 취소된 경우

③ 사업재편계획을 이행하는 내국법인은 사업재편계획의 내용 및 그 이행실적을 매년 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항을 적용하는 경우 중복자산의 범위, 양도차익명세서의 제출 및 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2016.12.20>

제121조의31(합병에 따른 중복자산의 양도에 대한 과세특례)

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