중소제조업특별세액감면의 경정청구 가능 여부(기각)

1. 처분개요청구법인은 피복류를 제조하여 OO시장에 판매하는 OOOO으로 2001.3.31. 2000사업연도 법인세과세표준 및 세액을 신고하면서조세특례제한법 제7조의 규정에 의한 중소제조업등에 대한 특별세액감면(이하 “특별세액감면”이라 한다)을 신청하지 아니하였다가, 2003.3.31. 감면신청하면서 법인세 48,273,080원을 환급하여 줄 것을 경정청구하였다.2003.10.6. 처분청은 청구법인이 법인세 신고시 특별세액감면을 신청하지 아니하였고, 감면세액상당액을 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하였다 하여 거부통지하였다.청구법인은 이에 불복하여 2003.12.24 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장2000사업연도 법인세 신고시 특별세액감면을 신청하지 못하였으나, 이에 해당하는 감면대상소득이 있는 경우,국세기본법 제45조의2의 규정에 의한 경정청구의 방법으로 특별세액감면을 신청할 수 있는 것이며,조세특례제한법 제145조제1항 및 부칙(2000.12.29 법률 제6297호) 제43조의 규정에 의거 기업합리화적립금의 적립의무가 없음에도 특별세액감면신청에 대한 경정청구를 거부통지함은 부당하다.나. 처분청 의견2000.12.29 개정된조세특례제한법 제145조규정의 기업합리화적립금 적립의무 면제는 2001.1.1 이후 최초로 개시하는 과세연도부터 적용되는 것으로써 2000사업연도 귀속인 이 건의 경우 적용되지 아니하므로 법인세 신고시 OOOO특별세액 감면신청하지 아니하고, 감면세액상당액을 기업합리화적립금으로 적립하지 아니한 청구법인에 대하여 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.3. 심리 및 판단가. 쟁점청구법인이 법인세 신고시 중소제조업등에 대한 특별세액감면을 신청하지 아니하였고, 감면세액상당액을 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하여 특별세액감면대상이 아닌 것으로 보아 경정청구를 거부통지한 처분의 당부.나. 관련법령(1) 조세특례제한법(2000.12.29. 개정전의 것) 제145조

① 제5조 내지 제7조, 제10조 내지 제12조, 제24조 내지 제27조，제27조의2, 제31조 제4항 내지 제6항, 제32조 제4항, 제34조, 제37조, 제62조, 제63조，제63조의 2 제2항, 제64조, 제65조, 제68조, 제94조, 제101조, 제103조, 제126조와 부칙 제11조 및 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다) 내지 제4항의 규정에 의하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제(이하 이 조에서 감면 등 이라 한다)를 적용받고자 하는 내국법인은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받고자 하는 세액(소득공제를 받고자 하는 경우에는 그 공제받고자 하는 소득금액에 대한 법인세상당액)에서 공제받고자 하는 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액(이하 감면세액상당액 이라 한다)을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다.

④ 제1항·제2항 및 제6항의 규정에 의한 기업합리화적립금은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 제외하고는 이를 계속하여 적립하여야 한다.1. 이월결손금의 보전2. 자본에의 전입

⑤ 제1항의 규정에 의한 감면 등을 받은 거주자 및 내국법인은 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 그 소득금액에 대한 소득세 또는 법인세상당액)에서 공제받은 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 고정자산에 대한 투자나 장기차입금의 상환에 사용하여야 한다.(2) 한편, 2000.12.29. 법률 제6297호로 개정된조세특례제한법 제145조제1항에서 OOOO기본법에 의한 OOOO인 법인은 감면세액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립할 의무가 없는 것으로 규정하고 있고, 같은 조 제5항에서 “제1항의 규정에 의한 감면 등을 받은 거주자 및 내국법인(OOOO기본법에 의한 OOOO인 법인에 한한다)은 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 그 소득금액에 대한 소득세 또는 법인세상당액)에서 공제받은 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 고정자산에 대한 투자나 장기차입금의 상환에 사용하여야 한다.”고 규정하면서 그 부칙을 아래 (3)과 같이 규정하고 있다.(3) 조세특례제한법(2000.12.29 법률제6297호) 부칙제1조

이 법은 2001년 1월 1일부터 시행한다.제2조

① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다.제43조

이 법 시행당시 중소법인이 종전의 제145조 제1항 및 제6항의 규정을 적용받던 감면세액에 대하여는 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도에 감면받은 것으로 보아 제145조 제5항의 개정규정을 적용한다.다. 사실관계 및 판단처분청은 청구법인이 2000사업연도 법인세 신고시 특별세액감면을 신청하지 아니하였고, 감면세액상당액을 기업합리화적립금을 적립하지 아니하여 특별세액감면에 대한 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부통지한데 대하여 청구법인은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.(1) 먼저, 중소제조업등에 대한 특별세액감면은조세특례제한법 제7조및 동 시행령 제6조의 규정에 의한 감면신청서를국세기본법 제45조의 2의 규정에 의하여 제출하는 경우에도 그 요건만 충족하면 적용하는 것(국심99중 2496, 2000.6.22. 같은 뜻)이므로 청구법인이 당초 법인세 신고시 특별세액감면을 신청하지 아니하였더라도 경정청구에 의하여 감면신청이 가능하다고 하겠다.(2) 다음, 청구법인은 2000.12.29 개정된조세특례제한법 제145조제1항 및 부칙 제43조의 규정에 의하여 2000.12.31. 종료하는 사업연도분에 대하여는 감면세액상당액을 기업합리화적립금으로 적립할 의무가 없다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.(가) 2000.12.29. 개정된 조세특례제한법 부칙 제1조

에서 “이 법은 2001년 1월 1일부터 시행한다”고 규정하고 있고, 제2조

에서 “이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다”고 규정하고 있으며, 이 경우 최초로 개시하는 “과세연도분”이라 함은 2001.1.1.부터 개시하는 사업연도의 것을 말하는 것이므로(조세특례제한법 제2조제1항 제2호 참조) 2000.12.31. 종료하는 사업연도분까지는 2000.12.29. 개정전의 종전규정을 적용하여야 할 것이다.이에 따라 이 건의 경우 감면세액상당액을 종전의 같은 법 제145조의 규정에 의하여 기업합리화적립금으로 적립하여야 하고, 그렇지 아니할 경우에는 같은 법 제146조 제1호의 규정에 의하여 감면세액상당액을 추징토록 규정하고 있으므로 동 적립금은 의무적립금으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.(나) 한편, 조세특례제한법 부칙 제43조(2000.12.29. 개정된 것)는 기업합리화적립금의 적립의무를 면제한 규정이 아니라 종전 규정에 의하여 이미 기업합리화적립금으로 적립한 감면세액상당액의 사용을 종전의조세특례제한법 제145조제4항의 규정에 의한 이월결손금의 보전 또는 자본에 전입하는 경우에서 개정된조세특례제한법 제145조제5항의 규정에 의한 고정자산의 매입 또는 장기차입금의 상환으로 그 사용방법을 변경하는 내용의 규정으로서, 이는 감면세액의 사용에 관한 사후관리 경과규정으로 보아야 할 것이므로, 청구법인이 같은법 부칙 제43조의 규정을 내세워 2000.12.31. 종료하는 사업연도분의 경우 기업합리화적립금의 적립의무가 없다는 주장은 이를 받아들이기 어렵다.(국심2002서 2056, 2002.9.23. 같은 뜻)(3) 따라서 청구법인이 이 건 경정청구시까지 쟁점감면세액 상당액을 초과하는 처분가능이익이 존재함에도 2000.12.31. 종료하는 사업연도분에 대한 감면세액상당액을 이 건 경정청구시 기업합리화적립금으로 적립하지 아니하였으므로 처분청이 특별세액감면 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 청구법인이 한 경정청구에 대하여 거부 통지한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로국세기본법 제81조및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.