다수의 사업장을 보유 한 사업자가 일부 사업장에 대하여 사업용계좌를 개설하지 아니한 경우, 중소기업에 대한 특별세액 감면 대상인지 여부

1. 처분개요가. 청구인은 OOO동 148-22에서 한국OOO서비스(이하 “쟁점1사업장”이라 한다)라는 상호로 자동차정비 서비스업을, OOO가 18-185 OOO 7-209(이하 “쟁점2사업장”이라 한다)에서 부동산임대업을 영위하는 복식부기의무자로, 2009년 종합소득세 신고시 쟁점1사업장에 대하여 중소기업에 대한 특별세액감면 329,985원을 적용하여 신고하였다.나. 처분청은 청구인이 쟁점1사업장은 사업용계좌를 개설·신고하였으나, 쟁점2사업장은 사업용계좌를 개설·신고하지 않았다 하여 쟁점1사업장에 대하여 중소기업에 대한 특별세액감면을 부인하고, 2011.4.4. 청구인에게 2009년 귀속 종합소득세 399,810원을 경정·고지하였다.다. 청구인은 이에 불복하여 2011.6.16. 이의신청을 거쳐 2011.8.17. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장「조세특례제한법」 제128조제4항에 의한 조세감면 배제는 사업장별로 적용하여야 하는 바, 사업용계좌의 개설·신고의무를 이행한 사업장에 대하여는 조세감면을 적용하고 이행하지 않은 사업장에 대하여만 조세감면을 배제하여야 하는 것임에도 사업용계좌를 개설·신고한 쟁점1사업장에 대하여 중소기업에 대한 특별세액감면을 부인하고 과세한 처분은 부당하다.나. 처분청 의견「조세특례제한법」 제128조제4항에서「소득세법」 제160조의5제3항의 규정에 따라 사업용계좌를 개설하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우 해당 과세기간에 대하여 중소기업 특별세액감면 등을 적용하지 아니한다고 규정하고 있으므로 청구인의 사업장에서 발생한 2009년 귀속 소득에 대하여 중소기업 특별세액감면을 배제하고 과세한 처분은 잘못이 없다.3. 심리 및 판단가. 쟁점다수의 사업장을 가지고 있는 사업자가 일부 사업장에 대하여사업용계좌를 개설하지 아니한 경우, 중소기업에 대한 특별세액 감면을 받을 수 있는지 여부나. 관련법령(1)소득세법 제160조의5

① 복식부기의무자는 사업과 관련하여 재화 또는 용역을 공급받거나 공급하는 거래의 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 사업용계좌(이하 "사업용계좌"라 한다)를 사용하여야 한다.1. 거래의 대금을 금융기관을 통하여 결제하거나 결제받는 때2. 인건비 및 임차료를 지급하거나 지급받는 때. 다만, 인건비를 지급하거나 지급받는 거래 중에서 거래 상대방의 사정으로 사업용계좌를 사용하기 어려운 것으로서 대통령령으로 정하는 거래는 제외한다.

③ 복식부기의무자는 복식부기의무자에 해당하는 과세기간의 개시일(사업 개시와 동시에 복식부기의무자에 해당되는 경우에는 사업자등록증 교부일)부터 3개월 이내에 사업용계좌를 개설하고 해당 사업자의 사업장 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 다만, 사업용계좌가 이미 개설·신고되어 있는 경우에는 그러하지 아니하다.(2) 소득세법 시행령

① 법 제160조의5 제1항에서 "대통령령이 정하는 사업용계좌"란 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것을 말한다.1. 「금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률」 제2조제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 금융기관(이하 이 조에서 "금융기관"이라 한다)에 개설한 계좌일 것2. 사업에 관련되지 아니한 용도로 사용되지 아니할 것

② 사업용계좌는 사업장별로 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 이 경우 1개의 계좌를 2 이상의 사업장에 대한 사업용계좌로 신고할 수 있다.

③사업용계좌는 사업장별로 2 이상 개설할 수 있다.(3)조세특례제한법 제128조

④ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당과세기간에 대하여 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조 제4항·제5항, 제33조의2, 제63조, 제63조의2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조, 제102조, 제121조의8, 제121조의9 제2항, 제121조의17 제2항을 적용하지 아니한다. 다만, 사업자가 제1호 또는 제2호의 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.1.「소득세법」 제160조의5제3항의 규정에 따라 사업용계좌를 개설하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우다. 사실관계 및 판단(1) 청구인은 2009년 귀속 종합소득세 확정신고시 쟁점1사업장에서 발생한 소득에 대하여「조세특례제한법」 제7조및 같은 법 시행령 제6조의 규정에 따라 중소기업에 대한 특별세액감면 329,985원을 적용하여 신고하였고, 처분청은 복식부기의무자인 청구인이 쟁점2사업장에 대하여 사업용계좌를 개설·신고하지 아니하였다 하여 중소기업에 대한 특별세액 감면을 배제하고 부과처분을 하였음이 처분청의 심리자료에 의하여 확인된다.(2)「소득세법」제160조의5제3항 및「조세특례제한법」제128조제4항에서 사업용계좌를 개설하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하지 아니한다고 규정하고 있다.(3) 청구인은 사업용계좌에 대하여는「소득세법」제160조의5제3항에서 사업장별로 신고하도록 규정하고 있어, 사업용계좌의 개설·신고의무를 이행한 사업장에 대하여는 조세감면을 적용하여야 하고, 이행을 하지 않은 사업장에 대하여만 조세감면을 배제하여야 한다는 주장이다.(4) 살피건대, 처분청은「조세특례제한법」제128조제4항에 의한 조세감면 배제는 사업자별로 적용하여야 한다는 의견이나,「소득세법」제160조의5제3항에서 사업용계좌는 사업장별로 관할세무서장에게 신고하도록 규정하고 있고, 중소기업에 대한 특별세액감면 규정은 국민경제의 기반이라 할 수 있는 중소기업의 육성 및 발전에 그 제도의 취지가 있는 점 등을 감안할 때, 사업자가 복수의 사업을 영위하는 경우에는 사업용계좌를 개설하지 아니한 사업장에 대하여만 중소기업에 대한 특별세액감면이 배제되는 것으로 봄이 타당하다 할 것이다(조심 2010서3177, 2011.2.2. 같은 뜻임).따라서, 청구인이 일부 사업장에 대한 사업용계좌를 개설하지 아니하였다 하여 사업용계좌를 개설·신고한 사업장에 대하여도 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제하고 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제81조및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.