청구법인이 정당한 사유없이 유예기간 내에 이 건 부동산을 해당 용도에 직접 사용하지 않았다고 보아 취득세를 추징한 처분의 당부

1. 처분개요가. 청구법인은 2024.4.12. 경기도 이천시 호법면 OOO 토지 6,561㎡ 및 그 지상건축물 3,873.75㎡(작물재배사, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득한 후, 이 건 부동산을「지방세특례제한법」제11조 제1항에서 규정하고 있는 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 버섯재배용 건축물과 그 부속토지로 보아 취득세의 100분의 75를 경감받았다.나. 처분청은 청구법인이 정당한 사유 없이 이 건 부동산을 취득한 날부터 1년(이하 “유예기간”이라 한다)이 경과할 때까지 해당 용도(버섯 재배)에 직접 사용하지 않았다고 보아, 2025.9.1. 청구법인에게 이 건 부동산의 취득가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 세액에서 청구법인이 납부한 세액을 차감하여 산출한 취득세 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 부과·고지하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.11.17. 이의신청을 거쳐 2026.5.21. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 처분청은 이 건 부동산에 종전 소유자인 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)의 입간판이 부착되어 있다는 이유로 청구법인이 이 건 부동산을 다른 용도에 사용하는 것으로 보았으나, 이는 단편적인 것일 뿐 청구법인은 이 건 부동산을 취득한 후 각종 세금(지방세 등)을 납부하였고, 전력요금, 보험료, 통신비 및 경비료 등을 납부하였는바, 이는 청구법인이 이 건 부동산을 방치하지 않고 지속적으로 유지·관리하였음을 입증하는 것이다.(2) 청구법인은 이 건 부동산을 취득(2024.4.12.)한 후 수전설비(변압기) 이동 설치 공사(이하 “이 건 전력공사”라 한다)를 하고, 오염 물질 등을 제거하였으며, 그 외에도 버섯 배지 살균장치 도입을 위한 견적을 받았고, 전문경비업체와 이 건 부동산에 대한 경비계약을 체결하였으며, 화재보험에 가입하는 등 이 건 부동산을 버섯 재배사로 직접 사용하기 위해 정상적인 노력을 다하였을 뿐만 아니라 이를 버섯 재배사 이외의 용도에 사용한 사실이 없으므로 청구법인이 한 이 건 전력공사 등은 이 건 부동산을 해당 용도에 직접 사용한 것으로 보는 것이 타당하다.(3) 설령, 청구법인이 유예기간 내에 이 건 부동산을 해당 용도에 직접 사용하지 않았다고 하더라도 여기에는 청구법인으로서 어떻게 할 수 없는 정당한 사유가 있다.(4) 청구법인은 이 건 부동산에 대한 A 관계자의 유치권 관련 소송이 기각(수원지방법원 여주지원 2023.11.1. 선고 OOO 판결)되었음을 확인하고 이 건 부동산을 경매로 취득하였음에도 A의 실제 대표자라고 주장하는 a는 이 건 부동산에 있는 건축물 관련 시설이 자기 것이라고 주장하며, 이를 반환할 것을 요구하면서, 이 건 전력공사 등에 대해 한국전력공사에 민원을 제기하는 방법으로 그 진행을 방해하였고, 심지어 청구법인을 횡령 등의 혐의로 고소까지 하였는바, 청구법인으로서는 이러한 법적 문제를 해결하여야만 이 건 부동산을 정상적으로 사용할 수 있었다.(5) 수원지방검찰청 여주지청이 2025.4.1. 청구법인에 대해 무혐의 처분을 할 때까지, 청구법인은 이 건 부동산을 사실상 사용할 수 없었는바, 이는 청구법인이 이 건 부동산을 유예기간 내에 해당 용도에 사용할 수 없는 정당한 사유에 해당한다.나. 처분청 의견(1) 청구법인은 이 건 부동산을 취득한 후 유예기간이 경과하도록 이를 방치하고 있고, 유예기간 내에 이 건 부동산에서 버섯 등을 재배하여 출하한 사실이 없는 사실이 없는 이상 청구법인이 이 건 부동산에서 영농 활동을 직접 하였다고 볼 수는 없다.(2) A의 실제 대표자라고 주장하는 a가 청구법인을 상대로 고소를 하고, 이 건 부동산에 대한 소유권을 주장하며 이 건 전력 공사 등을 방해했다고 하더라도 이는 사인 간 분쟁에서 기인한 것으로, 이로 인해 이 건 부동산의 사용이 법적으로 금지되거나 객관적으로 불가능한 상태에 이르렀다고 볼 수 없으므로, 청구법인에 대한 a의 고소는 이 건 부동산을 유예기간 내에 직접 사용할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다.(3) 또한, 청구법인이 납부한 지방세는 부동산을 거래하거나 보유하였을 경우 납세의무가 발생하는 것으로, 취득세 등의 납부와 이 건 부동산의 직접 사용은 관련이 없고, 경비계약을 체결하고 화재보험에 가입한 것은 부동산의 소유자로서 하는 통상적인 관리행위에 지나지 않음을 볼 때, 이러한 사실만으로 청구법인이 이 건 부동산을 해당 용도에 직접 사용하기 위해 정상적인 노력을 다하였다고 볼 수도 없다.(4) 아울러, 청구법인이 제출한 ‘버섯 배지 살균장치 제조 견적서’의 작성일자가 2025.3.31.로 확인되고, 처분청 공무원이 2025.5.15. 이 건 부동산의 사용 현황을 확인할 당시 해당 설비의 존재를 확인할 수 없었음을 볼 때, 청구법인은 정당한 사유 없이 이 건 부동산을 유예기간이 경과할 때까지 해당 용도에 직접 사용하지 않았다고 할 것인바,처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하다.3. 심리 및 판단가. 쟁점청구법인이 정당한 사유 없이 유예기간 내에 이 건 부동산을 해당 용도에 직접 사용하지 않았다고 보아 취득세를 추징한 처분의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인은 2024.2.14. 경기도 안양시 동안구 OOO를 본점소재지로 하고, 농업 경영, 농산물 출하·유통·제조·판매 등을 목적사업으로 하여 설립되었다.(나) 수원지방법원 여주지원은 2023.11.1. B(원고)이 A(피고)을 상대로 제기한 유치권 부존재 확인소송에서 이 건 부동산에 관하여 피고의 유치권이 존재하지 아니함을 확인한다는 취지로 원소 승소판결하였고, 해당 판결은 2023.11.23. 확정되었다.(다) 청구법인은 2024.4.12. 이 건 부동산(경기도 이천시 호법면 OOO)을 취득(경매)한 후, 이 건 부동산을 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 버섯재배사로 하여, 취득세의 100분의 75를 감면받았다.(라) 청구법인이 제출한 사진을 보면, 청구법인은 2024년 5월부터 2024년 11월까지 이 건 전력공사를 하고, 이 건 부동산에 있는 쓰레기 등을 치운 것으로 나타나며, 이 건 전력공사를 시행한 C b 대표가 2025.3.19. 작성한 사실확인서를 보면, 이 건 전력공사를 하던 중 청구법인이 재물손괴 및 횡령 등으로 고소되어, 전기공사를 완료하지 못한 상태이며, 청구법인의 민사 및 형사 분쟁이 완료되면 전력공사를 완료할 예정이라고 기재되어 있다.(마) a는 2024.6.21. 청구법인 대표이사의 자녀인 c을 횡령 등의 혐의로 고소하는 한편 2025.2.17. 청구법인에게 이 건 부동산 내 공조기, 항온항습기 등의 반환을 요청하는 서신을 내용증명으로 발송하였다.(바) 주식회사 D은 2025.3.31. 청구법인에게 ‘버섯 배지 살균장치 제조 견적서’를 제출하였고, 수원지방검찰청 여주지청은 2025.4.1. c에 대하여 ‘혐의없음(증거불충분)’ 결정을 하였다.(사) 처분청 담당공무원이 2025.5.15. 이 건 부동산을 현지 확인하고작성한 출장보고서를 보면 이 건 부동산에는 잡풀이 자라고 있고, 출입구는 잠겨있으며, 버섯 재배사로서 사용한 흔적이 없다고 기재되어 있다.(아) 청구법인은 이 건 부동산에 대한 지방세 납부내역, 이 건 부동산에 대한 경비료·화재보험료의 납부 내역 및 이 건 심리일 현재 이 건 부동산에서 버섯을 재배하고 있다는 사실을 입증하는 사진을 제출하였다.(2)「지방세특례제한법」제11조 제1항 제2호, 제3항 제1호 및 같은 법 시행령 제5조의2 제1항에서 농업경영정보를 등록한 농업회사법인이 영농에 사용하기 위하여 취득하는 버섯재배사 등에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2026.12.31.까지 경감하되, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우에는 감면된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다.(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대해 살피건대,「지방세특례제한법」제11조 제3항 제1호에서 규정하고 있는 ‘해당 용도로 직접 사용’이란 취득세를 감면받은 부동산을 영농에 직접 사용하는 경우를 말하는 것인바, 버섯을 재배하기 위한 준비 과정은 여기에 해당하지 않는 점,처분청 공무원이 2025.5.15. 이 건 부동산을 현지 확인하고 작성한 출장보고서에서 청구법인이 유예기간(2025.4.12.)을 경과할 때까지 이 건 부동산을 버섯재배사로 사용하지 않고 있다는 사실이 확인되는 점,「지방세특례제한법」제11조 제3항 제1호에서 규정하고 있는 ‘정당한 사유’에는 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 그 유예기간을 넘긴 경우도 포함하는 것이지만, 청구법인이 제출한 사실확인서(작성자 C b)를 보면, 이 건 부동산을 취득한 날(2024.4.12.)부터 1년이 다 된 2025.3.19.까지 이 건 전력공사조차 완료하지 못한 것으로 보아 청구법인이 정상적인 노력을 다하였으나 그 시간이 부족하여 그 유예기간을 넘긴 것으로 보기도 어려운 점,청구법인이 제출한 자료만으로는 A의 실제 대표자라고 주장하는 a가 어떤 방법으로 이 건 전력공사 등을 방해하였는지 알 수 없을 뿐만 아니라, 청구법인이 제출한 이 건 전력공사 및 쓰레기 등을 치우는 사진을 보면, 특별한 방해 없이 정상적인 작업을 하고 있는 것으로 나타나는 점 등에 비추어,청구법인은 정당한 사유 없이 유예기간 내에 이 건 부동산을 해당 용도에 직접 사용하지 않았다고 할 것이므로 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세특례제한법제6조[자경농민의 농지 등에 대한 감면]

② 자경농민이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설로서 대통령령으로 정하는 기준에 적합한 시설을 농업용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 경우 해당 농업용 시설에 대해서는 취득세의 100분의 50을 2026년 12월 31일까지 경감한다.1. 양잠(養蠶) 또는 버섯재배용 건축물, 고정식 온실제11조[농업법인에 대한 감면]

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인 중 경영상황을 고려하여 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 기준에 따라 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내(대통령령으로 정하는 청년농업법인의 경우에는 4년 이내)에 취득하는 농지, 관계 법령에 따라 농지를 조성하기 위하여 취득하는 임야 및 제6조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 대해서는 취득세의 100분의 75를 2026년 12월 31일까지 경감한다.2.「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제19조에 따른 농업회사법인

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우(2) 지방세특례제한법 시행령제5조의2[농업법인의 기준 등]

① 법 제11조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 법인”이란「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」제4조 제1항에 따라 농업경영정보를 등록한 법인(설립등기일부터 90일 이내에 등록한 법인을 포함한다)을 말한다.(3) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률제4조[농어업경영정보의 등록]

① 농어업ㆍ농어촌에 관련된 융자ㆍ보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항(이하 “농어업경영정보”라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한 사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.1. 농업경영체 :「농업ㆍ농촌 및 식품산업 기본법」 제40조에 따른 농지ㆍ축사ㆍ임야ㆍ원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보 및 융자ㆍ보조금 등의 수령정보로서 대통령령으로 정하는 것(이하 “농업경영정보”라 한다)제19조[농업회사법인 및 어업회사법인의 설립신고 등]

① 농업의 경영이나 농산물의 유통ㆍ가공ㆍ판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.