청구법인의 설립을 창업으로 보아 이 건 부동산에 대한 취득세 등을 감면하여야 한다는 청구주장의 당부

1. 처분개요가. 청구법인은 2025.7.17. A(청구법인 대표이사의 아버지 a이 대표로 있는 개인 기업체)와 통합하는 방법으로, 경기도 화성시 만세구 팔탄면 OOO 토지 2,320㎡ 및 그 지상건축물 919.54㎡(공장, 이하 “이 건 부동산”이라 한다)을 취득한 후, 이를「지방세특례제한법」(2024.12.31. 법률 제20632호로 개정된 것, 이하 같다) 제57조의2 제3항 제5호에서 규정하고 있는 중소기업 간의 통합에 따라 존속하는 법인이 양수하는 사업용재산으로 보아, 그 장부가격 OOO원을 과세표준으로 하여 산출한 세액에서 100분의 50을 감면한 취득세 OOO원(이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고·납부하였다.나. 청구법인은 2025.11.14. 이 건 부동산을「지방세특례제한법」제58조의3 제1항에서 규정하고 있는 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세의 100분의 75를 감면하여야 한다는 취지로 이 건 취득세 등의 경정청구(100분의 25 추가 감면)를 하였으나 처분청은 2026.1.6. 이를 거부하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2026.4.3. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인은 2022.2.10. 본점소재지를 경기도 화성시 만세구 팔탄면 OOO로 하고, 목적사업을 OOO 제조 등으로 하여 설립되었고, 청구법인의 대표이사인 b이 100% 과점주주이다.(2) 처분청은 청구법인의 설립을「지방세특례제한법」제58조의3 제6항 제4호에서 규정하고 있는 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가한 경우에 해당한다고 보아 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부하였다.(3) 청구법인은 대표이사인 b이 아버지인 a의 도움 없이 설립한 회사로서, a이 운영하고 있는 개인사업체인 A와 이 건 법인은 별개의 사업체이다.(4) 청구법인의 대표이사인 b은 창업자금을 전부 마련하여 청구법인을 설립한 후 회사 경영 전반에 걸쳐 최종적인 의사결정을 하고 있으며, 청구법인 설립 당시 a이 발기인 및 이사로 참여한 사실은 있으나 이는 1인 법인의 설립 과정에서 요구되는 임원 구성을 충족하기 위한 것일 뿐 a이 청구법인의 운영에 관여한 사실은 전혀 없다.(5) 청구법인은 a이 운영하던 A를 통합하는 방법으로 이 건 부동산을 취득한 것일 뿐 A의 인적·물적 설비 등을 포괄적으로 승계한 사실이 없고, b은 청구법인의 설립 이전부터 OOO 제조업계에 종사한 경험으로 청구법인을 운영하고 있다.(6) 처분청은 청구법인의 거래처가 a이 운영하는 A의 거래처와 중복되고, A로부터 일부 인력을 승계하여 채용하였다고 보아 이를 A의 사업확장으로 보아야 한다는 의견이나, b이 상당기간 동안 동종 업계에서 근무하여 거래 기반이 A와 유사함에 따라 거래처가 중복된 것이고, 인력의 충원은 소규모 사업장의 창업 초기 특수성을 고려할 때, 어쩔 수 없는 선택이므로 이를 근거로 창업이 아니라고 단정하는 것은 타당하지 않다.(7) 또한, 청구법인의 설립 당시 본점소재지가 A의 사업장 소재지와 동일하다고 하여 청구법인의 설립을 창업이 아니라고 보는 것은 창업중소기업의 지방세 감면에 대한 입법 취지를 벗어난 과도한 확장해석일 뿐만 아니라「지방세기본법」의 해석 기준과 재량의 한계를 일탈한 것이므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 취소되어야 한다.나. 처분청 의견(1) 취득세의 감면 대상이 되는 “창업”이란 실질적으로 중소기업을 새로이 설립하여 사업을 개시하는 것으로, 기존 사업을 승계하여 같은 종류의 사업을 운영하거나 사업을 확장하는 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우에는 창업에 해당한다고 할 수 없다.(2) 또한, 창업으로 보지 아니하는 경우에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서는 사업자등록증, 법인등기부의 형식적 기재에 의할 것이 아니라 실제 영위하는 사업의 실질적인 내용에 따라 판단하여야 할 것이다(대법원 2016.4.15. 선고 2016두30576 판결).(3) 청구법인의 대표이사인 b과 A의 대표자인 a은 부자 관계이고, a은 청구법인의 설립 당시부터 이사로 등재되어 있으며, 청구법인의 설립 당시 본점소재지와 A의 폐업 전 사업장의 주소지가 동일하다.(4) 청구법인은 A의 사업장을 본점소재지로 하여 설립하였고, A를 통합하는 방법으로 이 건 부동산을 취득한 후, 종전 소유자인 a에게 이 건 부동산의 가액에 상당하는 청구법인의 지분을 지급하였으므로 이는 창업으로 보지 않는 현물출자와 다름 없다.(5) 청구법인은 A가 등록한 공장의 소재지에 동일한 업종으로 하여 공장등록(변경)을 하였을 뿐만 아니라 청구법인의 매출액 중 상당수가 A와 거래하던 업체에서 발생한 것임을 볼 때, 청구법인의 설립은 창업이 아니라 A가 영위하던 사업을 그대로 승계한 것에 불과하므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.3. 심리 및 판단가. 쟁점청구법인의 설립을 창업으로 보아 이 건 부동산에 대한 취득세 등을 감면하여야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) a(청구법인 대표이사 b의 부친)은 2011.3.21. 경기도 화성시 만세구 팔탄면 OOO(이 건 부동산)를 사업장 소재지로 하고, OOO 제조 등을 업종으로 하여 A를 설립하였다.(나) 청구법인은 2022.2.10. 경기도 화성시 만세구 팔탄면 OOO를 본점소재지로 하고, OOO 제조업 등을 목적사업으로 하여 설립된 후 2025.5.19. 상호를 주식회사 B에서 유한회사 B로 변경하였고, 설립 후 현재까지 b이 대표이사를 맡고 있다.(다) 청구법인은 2025.6.19. 사업용 고정자산과 대표이사를 제외한 임직원이 없는 상태에서 A와 통합하여 A의 인적·물적 설비 등을 포괄승계하였고, A의 대표자인 a은 이 건 부동산을 청구법인에게 양도하는 대가로 청구법인의 발행주식 1,362주(11.98%)를 취득하였다.(라) 청구법인은 2025.7.17. A가 OOO의 제작 등에 사용하던 사업용 자산인 이 건 부동산을 취득한 후, 그 산출세액의 100분의 50을 감면받아 이 건 취득세 등 OOO원을 신고·납부하였다.(마) 청구법인은 A가 2025.6.24. 폐업함에 따라 A의 공장을 그대로 승계하여 처분청에 공장등록 변경 신청을 하였고, 처분청은 2025.7.29. 이를 수리하였다.(바) 청구법인과 A의 매출액은 아래 ＜표1＞과 같고, 그 중 매출처가 겹치는 부분은 아래 ＜표2＞와 같다.＜표1＞ A와 청구법인의 연도별 매출액(단위 : 원)○○○＜표2＞ 청구법인과 A 매출처 비교(단위 : 원)○○○(사) 청구법인의 2022년 제조원가명세서를 보면, 제조원가는 재료비 OOO원, 노무비 OOO원 경비 OOO원 합계 OOO원으로, 매출액 OOO원의 59.87%인 것으로 나타난다.(아) 청구법인의 대리인인 c 세무사는 2026.9.9. 개최한 조세심판관회의에 출석하여, 청구법인의 대표이사인 b은 A에서 상당기간 근무하여 OOO 제작이나 시장 상황에 대해 잘 알고 있어서 A 공장(이 건 부동산)의 한 곳을 빌려 OOO 등을 생산하고 이를 판매하는데 큰 어려움이 없었고, A에게 매월 임대료 명목으로 지급한 OOO원이 특수관계인 간의 거래로서 적정하지 않다고 하더라도 이를 근거로 청구법인의 설립을 창업이 아니라고 보는 것은 부당하다고 진술하였다.(2)「지방세특례제한법」제58조의3 제1항 제1호에서 창업중소기업이 창업일부터 4년 이내에 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다고 규정하고 있고, 제4항 제2호에서 제조업을 취득세 감면 대상 업종으로 규정하고 있다.한편, 같은 조 제6항에서 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우(제2호) 또는 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우(제4호)에는 각각 창업으로 보지 않는다고 규정하고 있다.(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대해 살피건대, 청구법인의 대표이사인 b의 아버지인 a이 A의 대표자이고, b도 A에서 근무하였음을 볼 때 a이 청구법인의 설립부터 OOO의 생산 및 판매까지 주도적인 역할을 하였다고 볼 수 있는 점,청구법인은 A의 사업장인 이 건 부동산을 취득하기 전에 그 일부를 빌려 OOO 등을 생산하였다고 하는데 임대료 등 제반 사정을 고려하면, 청구법인은 설립 후 A의 인적·물적 설비를 이용하여 A와 동종의 사업을 영위하였다고 볼 수밖에 없는 점,아울러, 청구법인은 A의 사업장인 경기도 화성시 만세구 팔탄면 OOO를 본점소재지로 하여 설립되었고, 목적사업도 OOO 제조 등으로 A의 업종과 사실상 동일한 것으로 나타나는 점 등에 비추어청구법인의 설립은「지방세특례제한법」제58조의3 제1항에서 규정하고 있는 창업에 해당한다기 보다는 A의 법인 전환 또는 사업 확장에 해당한다고 보는 것이 합리적이므로 처분청이 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「지방세기본법」제96조 제7항과「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세특례제한법(2024.12.31. 법률 제20632호로 개정된 것)제58조의3(창업중소기업 등에 대한 감면)

① 2026년 12월 31일까지 과밀억제권역 외의 지역에서 창업하는 중소기업(이하 이 조에서 “창업중소기업”이라 한다)이 대통령령으로 정하는 날(이하 이 조에서 “창업일”이라 한다)부터 4년 이내(대통령령으로 정하는 청년창업기업의 경우에는 5년 이내)에 취득하는 부동산에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 경감한다.1. 창업일 당시 업종의 사업을 계속 영위하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75를 경감한다.

⑥ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다.1. 합병ㆍ분할ㆍ현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 종전의 사업을 승계하거나 종전의 사업에 사용되던 자산을 인수 또는 매입하여 같은 종류의 사업을 하는 경우(단서 생략)2. 거주자가 하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우5. 그 밖에 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우(2) 지방세특례제한법 시행령제29조의2[창업중소기업 등의 범위]

⑫ 법 제58조의3 제6항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.1. 개인사업자가 동종 사업을 영위하는 법인인 중소기업을 새로 설립하여 과점주주(「지방세기본법」제46조 제2호에 따른 과점주주를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 되는 경우2. 해당 법인 또는 해당 법인의 과점주주가 신설되는 법인인 중소기업의 과점주주가 되는 경우(해당 법인과 신설되는 법인인 중소기업이 동종의 사업을 영위하는 경우로 한정한다)3. 법인인 중소기업이 회사의 형태를 변경한 이후에도 변경 전의 사업과 동종의 사업을 영위하는 경우