쟁점토지에 대하여 「지방세특례제한법」 제84조 제2항에 따른 재산세 감면 및 「지방세법」 제106조 제1항 제3호 마목에 따른 분리과세가 적용되어야 한다는 청구주장의 당부

1. 처분개요가. 처분청은 2021년도 내지 2024년도 각 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인이 소유하고 있는 경기도 화성시 OOO㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여, 쟁점토지 중 학교에 해당하는 토지가 「지방세특례제한법」제84조 제2항에 따른 재산세 감면대상에 해당하지 아니하므로 기 감면된 재산세 등이 부과되어야 하고, 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 구분해야 한다고 보아, 2025.12.19. 청구법인에게 재산세 등 합계 OOO원을 ＜표＞와 같이 부과·고지(이하 “이 건 재산세 등 부과처분”이라 한다)하였다.＜표＞ 이 건 재산세 등 부과처분(단위 : 원)○○○나. 청구법인은 이에 불복하여 2026.1.30. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 쟁점토지는 화성시 고시 제2015-OOO호에 따라 OOO지구 도시관리계획 결정(변경) 및 지형도면 고시가 있었고, 이에 따라 도시계획시설(공원, 녹지, 학교 등)로 지정되었으며, 도시계획에 따라 개발사업 준공 후 화성시에 기부채납하기로 예정된 토지이다.쟁점토지 중 학교부지에 대하여는 2016.1.11. 화성시 고시 제2016-OOO호로 도시계획시설(학교) 사업시행자 지정 및 실시계획인가 고시가 있었고, 공원 및 녹지 부분에 대하여는 2018.9.17. 화성시 고시 제2018-OOO호로 OOO지구 도시계획시설(공원 및 녹지) 사업시행자 지정 고시가 있었으며, 청구인은 2018년 말경 쟁점토지 중 일부에 대한 주택건설사업을 완료하고 준공을 받았다.(2) 처분청은 2015년부터 2024년까지 쟁점토지에 대해 「지방세특례제한법」제84조에 따른 재산세 감면 50%를 적용하고, 「지방세법」제106조 제1항 제3호에 따른 분리과세를 적용하여 재산세 등을 부과하여 왔고, 청구법인에게 어떠한 이의 제기나 정정 통지도 하지 않았다.(3) 「행정기본법」제12조 제1항에서 행정청은 공익 또는 제3자의 이익을 현저히 해칠 우려가 있는 경우를 제외하고는 행정에 대한 국민의 정당하고 합리적인 신뢰를 보호하여야 한다고 규정하고 있고, 「지방세기본법」제18조에서 납세자와 세무공무원은 신의에 따라 성실하게 그 의무를 이행하거나 직무를 수행하여야 한다고 규정하고 있다.대법원은 “조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째 납세자가 그 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다”고 판시하였고(대법원 2013.12.26. 선고 2011두5940 판결, 참조),“과세관청이 장기간에 걸쳐 반복적으로 일관된 과세처분을 함으로써 납세자로 하여금 그와 같은 과세처분이 정당한 것이라고 신뢰하게 한 경우, 이는 묵시적이나마 공적 견해표명에 해당할 수 있다”고 판시하였다(대법원 2009.10.29. 선고 2007두7741 판결, 참조).(4) 처분청에서 약 10년에 걸쳐 반복적으로 쟁점토지에 대한 재산세 감면을 적용하고 당해 토지를 분리과세대상으로 구분하여 온 것은 청구법인에게 ‘쟁점토지가 도시계획시설로 결정·고시된 후 미집행된 토지로서 재산세 감면 대상이다’는 취지의 공적 견해와, ‘쟁점토지는 분리과세대상이다’는 취지의 공적 견해를 각 표명한 것으로 보아야 하는바,청구법인은 전문적 세무지식이 없는 납세자로서 처분청의 위 공적 견해표명을 신뢰하였고, 처분청의 과세방식이 잘못되었다는 것을 알 수 있는 어떠한 귀책사유도 없었다.청구법인이 별도로 실시계획승인을 신청하지 아니한 것 또한 처분청이 위 사실에 관한 안내를 전혀 하지 않고, 오히려 계속해서 분리과세를 적용함으로써 청구법인으로 하여금 실시계획승인이 불필요하다고 믿게 하였기 때문이다.(5) 대법원은 ‘합법성의 원칙보다 구체적 신뢰보호를 우선할 필요가 있는 경우’의 판단 기준으로

① 침해받은 신뢰이익의 보호가치,

② 침해의 중한 정도,

③ 신뢰가 손상된 정도,

④ 신뢰침해의 방법,

⑤ 새로운 입법을 통해 실현하고자 하는 공익적 목적 등을 종합적으로 고려하여야 한다고 판시하였는바(대법원 2014.5.29. 선고 2012다44518 판결, 참조),쟁점토지는 기부채납 예정 토지로서 궁극적으로 화성시에 귀속될 예정이고, 분리과세를 적용하더라도 다른 납세자에게 미치는 영향이 없으며, 과세관청의 장기간 착오를 납세자에게 전가하는 것이 오히려 조세정의에 반하고, 개별 사안의 특수성이 인정되어 신뢰보호원칙을 적용하더라도 조세행정 일반 운영에 지장을 초래하지 않으므로, 신뢰보호원칙이 합법성의 원칙에 우선하여 적용되어야 한다.부과제척기간 내의 과세처분이라도 신뢰보호원칙에 위반되면 위법하다는 것이 대법원의 입장이므로(대법원 2009.10.29. 선고 2007두7741 판결, 참조), 처분청이 부과제척기간 내에 이 건 재산세 등 부과처분을 하였다는 사정만으로 신뢰보호원칙의 위반이 치유될 수 없다.(6) 「행정기본법」제12조 제2항에서 행정청은 권한 행사의 기회가 있음에도 불구하고 장기간 권한을 행사하지 아니하여 국민이 그 권한이 행사되지 아니할 것으로 믿을 만한 정당한 사유가 있는 경우에는 그 권한을 행사해서는 아니 된다고 규정하고 있는바,청구법인은 2018년 말경 주택건설사업을 준공하였고, 화성시는 준공검사 기관이므로 이 시점에 분리과세 요건 미충족 여부를 알았거나 알 수 있었음에도 이를 확인 및 통지하지 아니하였으므로, 처분청의 이 건 재산세 등 부과처분은 실권의 법리에 위반된다.(7) 「지방세법」제106조 제1항 제3호 마목 및 같은 법 시행령 제102조 제5항 제2호에 따라 국가 및 지방자치단체 지원을 위한 특정목적사업용 토지로서 개발사업의 시행자가 실시계획승인을 받은 토지로서 개발사업에 제공하는 토지 중 국가나 지방자치단체에 무상귀속되는 공공시설용 토지 또는 기부채납하기로 한 기반시설용 토지는 재산세 분리과세대상에 해당한다.쟁점토지 중 공원 및 녹지 부분은 개발사업 준공 후 화성시에 기부채납 하기로 약정되어 있으므로, 위 규정에 따른 분리과세대상에 해당하고, 실시계획승인이라는 형식적 요건의 일시적 미비만을 이유로 분리과세를 부정하는 것은 실질과세의 원칙에 반한다.(8) 쟁점토지와 유사하게 도시계획시설로 지정되어 기부채납 예정인 토지를 소유하고 있는 다른 납세자들은 실시계획승인을 받아 분리과세 혜택을 받고 있는데, 청구법인에 대하여만 처분청의 착오 통지 누락으로 인해 분리과세 혜택을 배제한다면 조세평등주의 및 비례원칙에 위반되므로, 이 건 재산세 등 부과처분을 취소하여야 한다.(9) 나아가 도시계획시설로 지정된 토지는 개발사업 준공 후 지방자치단체에 귀속되는 것이 원칙이므로, 도시계획시설 지정 자체가 기부채납 의무를 발생시키는바, 별도의 기부채납 약정서가 없다는 사정만으로 쟁점토지가 기부채납 예정이 아니라고 본 처분청의 의견은 타당하지 않다.나. 처분청 의견(1) 청구법인은 7년간의 분리과세 적용을 ‘묵시적 공적 견해표명‘이라 주장하고 있으나, 대법원은 “단순히 과세관청이 장기간 과세하지 않았거나 착오로 잘못된 세율을 적용해 온 사실 상태만으로는 공적 견해를 표명한 것으로 볼 수 없다”고 판시하고 있고(대법원 2013.12.26. 선고 2011두5940 판결, 참조), 처분청은 청구법인에 대하여 그 밖의 공적 견해표명을 하지 아니하였으므로, 이 건 재산세 등 부과처분은 신뢰보호원칙을 위반하지 않았다.(2) 청구법인은 처분청에서 장기간 과세권을 행사하지 않아 실권되었다고 주장하나, 「지방세기본법」제38조는 과세관청의 착오 등을 시정할 수 있는 부과제척기간을 5년으로 명시하고 있고, 처분청에서 위 기간 내 잘못된 과세를 바로잡기 위해 이 건 재산세 등 부과처분을 한 것이므로, 조세법률주의에 따른 정당한 집행을 실권의 법리에 위배되는 것으로 볼 수 없다.(3) 조세특례(분리과세 및 감면)는 예외적인 혜택이므로 법문대로 엄격히 해석해야 하고(대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결, 참조), 「지방세법」제106조 제1항 제3호 마목 및 같은 법 시행령 제102조 제5항 제2호 가목에 따른 분리과세대상에 해당하기 위해선 ‘실시계획승인을 받은 토지’이자 ‘기부채납하기로 한 토지’에 해당하여야 하는바, 쟁점토지 중 공원·녹지의 경우 도시계획시설 결정만 있었을 뿐, 실시계획승인 자체가 없으므로 위 규정에 따른 분리과세대상이 될 수 없고, 쟁점토지 중 학교용지의 경우 실시계획인가는 있었으나 기부채납하기로 한 사실(협약 등)이 확인되지 않으므로, 같은 법 시행령 제102조 제5항 제2호 나목에 따른 분리과세대상에 해당하지 않는다.(4) 쟁점토지의 실질을 따진다 하더라도, 처분청의 2025.2.11.자 출장결과보고서 및 현장 사진에서 확인된 바와 같이 현재 쟁점토지는 공공시설로 개발되고 있지 않으며 잡종지나 농지로 방치되고 있으므로, 언젠가 기부채납 될 것이라는 막연한 기대만으로 사적으로 사용(농경 등) 중인 토지에 세제 혜택을 주는 것은 조세 형평에 정면으로 반한다고 할 것이다.(5) 사업시행자 지정 고시와 실시계획 승인은 별개의 행정 절차이며 세제 혜택을 받기 위한 요건을 갖추는 것은 사업시행자인 청구법인의 몫이므로, 처분청이 개별 납세자에게 모든 제반사항에 대하여 세무 상담이나 법령 안내를 할 법적 의무가 있다고 볼 수 없고, 납세자가 본인의 사업에 유리한 세제 혜택 요건을 스스로 챙기지 못한 책임을 처분청의 안내 부족으로 전가하는 것은 부당하다.(6) 비례원칙은 처분청에 재량권이 부여된 ‘재량행위’에서 주로 문제 되는 원칙이고, 조세의 부과 및 징수는 헌법상 조세법률주의에 따라 과세요건이 충족되면 처분청이 자의적으로 세액을 감면하거나 부과를 포기할 수 없고 반드시 법령에 정해진 대로 과세해야 하는 기속행위이므로, 단순히 청구법인에게 경제적 부담이 된다는 이유로 이 건 재산세 등 부과처분이 비례원칙에 위반된다고 볼 수 없다.(7) 한편 「지방세특례제한법」제84조 제2항 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조 제13호에 따른 공공시설을 위한 토지로서 같은 법 제30조에 따른 도시·군관리계획의 결정 및 같은 법 제32조에 따른 도시·군관리계획에 관한 지형도면의 고시가 된 후 과세기준일 현재 미집행된 토지에 대하여는 재산세를 경감하는 것이나,학교는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조 제13호 및 같은 법 시행령 제4조에서 열거하고 있는 ‘공공시설’에 해당하지 않으므로, 처분청에서 청구인에게 쟁점토지 중 학교에 해당하는 토지에 관하여 「지방세특례제한법」제84조 제2항에 따라 기 감면된 재산세 등을 부과한 것은 타당하다.3. 심리 및 판단가. 쟁점쟁점토지에 대하여 「지방세특례제한법」제84조 제2항에 따른 재산세 감면 및 「지방세법」제106조 제1항 제3호 마목에 따른 분리과세가 적용되어야 한다는 청구주장의 당부나. 관련 법령 : ＜별지＞ 참조다. 사실관계 및 판단(1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.(가) 경기도 화성시장은 쟁점토지에 관하여 2015.7.22. 화성시 고시 제2015-OOO호로 도시관리계획 결정(변경) 및 지형도면을, 2016.1.11. 화성시 고시 제2016-OOO호로 도시계획시설(학교)사업 시행자지정 및 실시계획인가를, 2018.9.17. 화성시 고시 제2018-OOO호로 도시계획시설(공원 및 녹지)사업 시행자지정을 각 고시한 것으로 확인된다.(나) 청구법인이 2021년도 내지 2024년도 각 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 쟁점토지 중 학교에 해당하는 토지에 관하여 실시계획승인을 받았으나, 공원 및 녹지에 해당하는 토지에 관하여 실시계획승인을 받지 아니하였다는 점에 관하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다.(다) 처분청은 쟁점토지 중 학교에 해당하는 토지의 경우 ‘「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제2조 제13호에 따른 공공시설을 위한 토지’에 해당하지 않아 「지방세특례제한법」제84조 제2항에 따른 재산세 감면 대상에 해당하지 않고, 국가나 지방자치단체에 기부채납하기로 한 사실이 확인되지 않아 「지방세법」제106조 제1항 제3호 마목 및 같은 법 시행령 제102조 제5항 제2호 나목에 따른 재산세 분리과세대상에도 해당하지 않는다고 보아, 당해 토지에 대하여 기 감면된 재산세 등을 부과하는 한편 이를 종합합산과세대상으로 구분하여 이 건 재산세 등 부과처분을 하였다.처분청은 또한 쟁점토지 중 공원 및 녹지에 해당하는 토지의 경우 2021년도 내지 2024년도 각 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 개발사업의 실시계획승인을 받지 아니하였으므로, 「지방세법」제106조 제1항 제3호 마목 및 같은 법 시행령 제102조 제5항 제2호 가목에 따른 재산세 분리과세대상에 해당하지 않는다고 보아, 당해 토지를 종합합산과세대상으로 구분하여 이 건 재산세 등 부과처분을 하였다.(라) 쟁점토지 중 학교에 해당하는 토지가 국가나 지방자치단체에 기부채납하기로 한 토지에 해당하는지 여부를 확인할 수 있는 자료는 제출되지 않았다.(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대해 살펴본다.(가) 「지방세법」제106조 제1항 제3호 마목, 같은 법 시행령 제102조 제5항 제2호 가목 및 나목에 따르면, 재산세 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가 및 지방자치단체 지원을 위한 특정목적 사업용 토지로서, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 개발사업의 시행자가 실시계획승인을 받고 개발사업에 제공하는 토지 중 ‘개발사업 관계법령에 따라 국가나 지방자치단체에 무상귀속되는 공공시설용 토지’ 및 ‘개발사업의 시행자가 국가나 지방자치단체에 기부채납하기로 한 기반시설(「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제2조 제6호의 기반시설을 말한다)용 토지’는 재산세 분리과세대상에 해당한다.(나) 청구법인은 쟁점토지 중 학교에 해당하는 토지는 「지방세법」제106조 제1항 제3호 마목 및 같은 법 시행령 제102조 제5항 제2호 나목에 따라, 공원 및 녹지에 해당하는 토지는 「지방세법」제106조 제1항 제3호 마목 및 같은 법 시행령 제102조 제5항 제2호 가목에 따라 각 재산세 분리과세대상으로 구분되어야 한다고 주장하나,2021년도 내지 2024년도 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 쟁점토지 중 학교에 해당하는 토지는 실시계획승인을 받았으나 국가나 지방자치단체에 기부채납하기로 한 사실이 확인되지 않고, 쟁점토지 중 공원 및 녹지에 해당하는 토지는 실시계획승인을 받지 않은 것으로 확인되므로, 처분청에서 쟁점토지를 종합합산과세대상으로 구분한 것이 타당해 보이는 점,청구법인은 쟁점토지 중 학교에 해당하는 토지에 대하여 「지방세특례제한법」제84조 제2항에 따른 재산세 감면이 적용되어야 한다고 주장하나, 위 조항에 따른 재산세 감면은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제2조 제13호에 따른 공공시설을 위한 토지로서 같은 법 제30조에 따른 도시ㆍ군관리계획의 결정 및 같은 법 제32조에 따른 도시ㆍ군관리계획에 관한 지형도면의 고시가 된 후 과세기준일 현재 미집행된 토지에 대하여 적용되는 것인바,「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」제2조 제13호 및 같은 법 시행령 제4조는 ‘학교’를 ‘공공시설’로 규정하고 있지 아니하므로, 쟁점토지 중 학교에 해당하는 토지에 대하여 「지방세특례제한법」제84조 제2항에 따른 재산세 감면이 적용될 여지가 없는 점,청구법인은 또한 처분청에서 오랜 기간 동안 쟁점토지에 대하여 「지방세특례제한법」제84조 제2항에 따른 재산세 감면 및 「지방세법」제106조 제1항 제3호 마목에 따른 분리과세를 적용함에 따라, 해당 토지가 위 각 규정에 따른 재산세 감면 및 분리과세대상에 해당한다는 취지의 공적 견해표명을 하였고, 이 건 재산세 등 부과처분을 함으로써 청구법인의 신뢰이익을 침해하여 신뢰보호원칙을 위반하였다고 주장하나,재산세는 매년 6.1.을 과세기준일로 하여 그 현황에 따라 과세되는 것으로서, 처분청에서 착오로 재산세를 감면하거나 그 과세대상의 구분을 달리하였다고 할지라도, 그로써 누락한 재산세를 부과하지 않겠다는 공적인 견해표명을 하였다고 볼 수 없으므로(조심 2016지887, 2016.10.6. 등 다수, 같은 뜻임), 이 건 재산세 등 부과처분이 신뢰보호원칙에 위배된다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청에서 청구법인에게 한 이 건 재산세 등 부과처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.4. 결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항과 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령(1) 지방세법제106조(과세대상의 구분 등)

① 토지에 대한 재산세 과세대상은 다음 각 호에 따라 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지가. 삭제 ＜2019. 12. 3.＞나. 삭제 ＜2019. 12. 3.＞3. 분리과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원 또는 중과가 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지마. 국가 및 지방자치단체 지원을 위한 특정목적 사업용 토지로서 대통령령으로 정하는 토지(2) 지방세법 시행령제102조(분리과세대상 토지의 범위)

⑤ 법 제106조 제1항 제3호마목에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 다음 각 호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다.2. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」, 「도시개발법」, 「도시 및 주거환경정비법」, 「주택법」 등(이하 이 호에서 “개발사업 관계법령”이라 한다)에 따른 개발사업의 시행자가 개발사업의 실시계획승인을 받은 토지로서 개발사업에 제공하는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지가. 개발사업 관계법령에 따라 국가나 지방자치단체에 무상귀속되는 공공시설용 토지나. 개발사업의 시행자가 국가나 지방자치단체에 기부채납하기로 한 기반시설(「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조 제6호의 기반시설을 말한다)용 토지(3) 지방세특례제한법제84조(사권 제한토지 등에 대한 감면)

② 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제2조 제13호에 따른 공공시설을 위한 토지(주택의 부속토지를 포함한다)로서 같은 법 제30조에 따른 도시ㆍ군관리계획의 결정 및 같은 법 제32조에 따른 도시ㆍ군관리계획에 관한 지형도면의 고시가 된 후 과세기준일 현재 미집행된 토지의 경우 해당 부분에 대해서는 재산세의 100분의 50을 2027년 12월 31일까지 경감한다.(4) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.6. “기반시설”이란 다음 각 목의 시설로서 대통령령으로 정하는 시설을 말한다.나. 광장ㆍ공원ㆍ녹지 등 공간시설라. 학교ㆍ공공청사ㆍ문화시설 및 공공필요성이 인정되는 체육시설 등 공공ㆍ문화체육시설7. “도시ㆍ군계획시설”이란 기반시설 중 도시ㆍ군관리계획으로 결정된 시설을 말한다.13. “공공시설”이란 도로ㆍ공원ㆍ철도ㆍ수도, 그 밖에 대통령령으로 정하는 공공용 시설을 말한다.(5) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령제4조(공공시설) 법 제2조 제13호에서 “대통령령으로 정하는 공공용시설”이란 다음 각 호의 시설을 말한다.1. 항만ㆍ공항ㆍ광장ㆍ녹지ㆍ공공공지ㆍ공동구ㆍ하천ㆍ유수지ㆍ방화설비ㆍ방풍설비ㆍ방수설비ㆍ사방설비ㆍ방조설비ㆍ하수도ㆍ구거(溝渠: 도랑)2. 행정청이 설치하는 시설로서 주차장, 저수지 및 그 밖에 국토교통부령으로 정하는 시설3. 「스마트도시 조성 및 산업진흥 등에 관한 법률」 제2조제3호다목에 따른 시설