① 임대사업자 등록의 자동말소로 인해 합산배제 요건을 미충족한 것으로 보아 종합부동산세를 부과한 처분의 당부② 이 건 처분에 대해 집행정지결정을 해야 한다는 청구주장의 당부

1.처분개요가. 청구법인은 2002.1.2. 건물신축판매업으로 등록하였다가 2012.9.7.주택임대업(701103)으로 주업종을 변경한 법인사업자로, 2003.10.27. 부산광역시 부산진구 OOO 소재 주상복합건물 ‘OOO’을 건설하고, 이 중 미분양된 주택 45세대에 대하여 2005.12.8. 부산진구청장에게 5년 단기 민간임대주택으로 등록한 후 이를 임차인들에게 임대해왔다.나. 처분청은 2025년 종합부동산세 합산배제 점검대상자로 시달된 청구법인에 대해 임대주택사업자 등록 여부를 확인하기 위해 2025.9.9. 부산진구청장에게 문의하여 2020.9.25.자로 청구법인이 임대 중인 주택 44세대(2023년부터는 43세대, 이하 “쟁점주택들”이라 한다)에 대한 민간 임대 주택사업자 등록이 말소되었음을 확인하고, 쟁점주택들이 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항에서 규정한 합산배제대상임대 주택 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 2026.1.8. 청구법인에게 2021년∼2024년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농특세 OOO원 합계 OOO원(2021년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원, 2022년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원, 2023년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원, 2024년 귀속 종합부동산세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원)을 결정·고지하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2026.1.29. 심판청구를 제기하였다.2.청구법인 주장 및 처분청 의견가.청구법인 주장(1) 청구법인은 2005.12.8. 임대사업자로 등록하고 쟁점주택들에 대해 20여 년간 임대사업을 영위해 오던 중 정부의 부동산 정책 변화에 따라 2020.8.18. 「민간임대주택에 관한 특별법」(이하 “민간임대주택법”이라 한다)의 개정으로 단기임대 유형이 폐지되어 청구법인의 임대사업자 등록이 청구법인의 의사와 무관하게 강제 자동 말소되었다. 청구법인은 임대사업을 지속하기 위하여 2025.9.29. 부산진구청장에게 임대사업자 재등록을 완료하였다.그러나 처분청은 부산광역시가 조정대상지역으로 지정된 이후에 재등록하였다는 이유로, 청구법인이 2003년부터 보유해 온 쟁점주택들을 마치 ‘신규 취득’한 것으로 간주하여 합산배제를 부인하였다.(2) 이 건 처분에는 근본적 위헌성이 있어 청구법인은 한정위헌을 구하는 취지의 헌법소원을 제기할 예정이다.(가) 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항 제8호 나목은 합산배제 임대주택에 대해 장기일반민간임대주택 중 법인 또는 법인으로 보는 단체가 조정대상지역의 공고가 있은 날이 지난 후에 사업자등록등을 신청한 조정대상지역에 있는 민간임대주택법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택은 제외하도록 규정하고 있는바, 엄격하게 문언해석을 하더라도, 동 조항은 조정대상지역 지정 후 ‘신규’로 사업자등록을 하는 투기적 수요를 규제하기 위한 조항이고, 청구법인의 세무서 임대 사업자등록은 2012.9.7. 청구법인이 주업종을 주택임대업으로 변경등록한 이후로 단 한번도 말소가 된 적이 없다.그러나 이 조항을 2020년 민간임대주택법 개정으로 지방자치단체 임대사업자 등록이 강제 말소되었다가 후속 구제 입법에 따라 사업을 지속하기 위해 '재등록'한 청구법인과 같은 집단에게 적용하는 것은 전혀 다른 문제로서, 이는 본질적으로 다른 두 집단을 동일하게 취급하여 발생하는 불합리한 차별에 해당한다. 즉 청구법인과 같은 재등록 행위까지 위 규정에 포함하는 것은 처분청 스스로가 금지된다고 주장하는 “합리적 이유 없는 확장 해석”에 해당된다.따라서 위 시행령 조항 자체는 합헌이라 하더라도, 민간임대주택법상 지방자치단체 임대사업자등록 자동말소 후 재등록한 기존 사업자(말소되지 않았던 세무서 등록 임대사업자)에게까지 적용하는 것은 헌법상 재산권, 평등원칙, 신뢰보호원칙을 침해하는 ‘한정위헌’에 해당함이 명백한바, 이 건 심판청구와 별도로 청구법인은 헌법소원 등을 제기할 예정이다.(나) 설령 위 시행령 조항의 적용이 가능하다고 보더라도, 그 배경이 되는 조정대상지역 중과세 규정 자체에 위헌성이 다분하다.헌법재판소는 관련 사건에서 비록 합헌 결정을 내렸으나, 3인의 반대의견을 통해 “주택 소유의 동기나 기간 등 구체적 사정은 일절 고려하지 않고, … 조정대상지역 지정이라는 우연한 사정에 의해 가중된 세율을 적용받도록 하는 것은 … 투기 목적이 없는 자에게 과도하게 재산권을 제한하는 것”으로서 과잉금지원칙에 위배되어 위헌임을 명확히 지적한 사실이 있다(헌법재판소 2024.5.30. 선고 2022헌바238 결정 참조).2021년 법령 개정의 핵심 목적은 “비아파트형 임대주택의 과세부담 완화 및 임대시장 안정”으로, 당시 조정대상지역 지정은 아파트 가격 상승 억제를 위한 부동산 정책이지, 소형 원룸·다세대 임대시장과는 전혀 관련이 없다. 위 시행령 조항은 세제혜택을 노리고 투기적으로 임대사업에 신규진입하는 법인을 규제하는 것으로서, 동 조항을 청구법인과 같이 자동말소 후 사업계속을 위해 재등록한 기존사업자에게까지 적용하는 것은 입법목적과 전혀 무관한 대상에 대해 중과세하는 결과를 초래한다. 청구법인은 투기 목적 없이 세무서에 등록하여 장기간 임대사업을 영위해 온 선량한 사업자로서, 위 반대의견이 지적한 ‘보호받아야 할 비(非)투기 목적 소유자’의 전형에 해당한다.또한 정부는 2025년 다시 단기임대사업자 제도를 부활시켰는바 이는 임대시장 안정과 세제지원의 필요성을 재확인한 것이다. 따라서 소규모 주택임대사업자를 대상으로 한 이 건 종합부동산세 부과는 정책적·입법적 일관성에 반한다.(3) (실질과세 원칙 위반) 「국세기본법」 제14조 제2항은 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용하도록 하는 실질과세 원칙을 규정하고 있다. 처분청의 논리는 “법문상 등록이라고 되어 있는데 등록이 말소되었으니 합산배제를 적용할 수 없다”는 순환논법에 불과한 것으로서, 왜 등록이 말소되었는지, 누구의 의사에 의한 것인지, 사업의 실질이 유지되었는지 등을 전혀 고려하지 않은 것으로서 실질과세의 원칙에 정면으로 위배된다.(가) 처분청은 과세기준일 현재 청구법인의 임대사업자등록이 부존재한다는 입장이나, 다음과 같은 이유로 이는 타당하지 않다.「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항 본문은 합산배제 요건으로 “「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록” 및 “민간임대주택법 제2조 제7호에 따른 임대사업자” 두가지를 모두 규정하고 있다.우선 청구법인의 주택임대업 사업자등록은 2012.9.7. 변경등록 이후 한번도 말소된 사실이 없어(다툼 없는 사실) 과세기준일 현재 “사업자등록을 한 자”라는 요건은 충족되어 있었다. 다만, 2020.8.18. 민간임대주택법 개정에 따라 단기임대유형 폐지 및 자동말소(제6조 제5항)가 되었으나, 이는 청구법인의 의사가 전혀 개입되지 않은, 법률개정에 따른 강제적 효력 발생에 불과하다.이처럼 납세자에게 아무런 귀책사유가 없는 법률 개정에 의한 형식적 등록공백을 이유로 20여 년간 지속된 사업의 실질을 부인하고 거액의 세금을 부과하는 것은 그 자체로 부당하다.(나) 서울고등법원은 임대주택을 직접 건설했음에도 관할구청에 이를 ‘건설임대주택’이 아닌 ‘매입임대주택’으로 잘못 등록하여 종합부동산세 합산배제 혜택을 받지 못한 사안에서, 임대사업자 등록이 소유권보존등기 이후에 이루어졌거나 ‘매입임대주택’으로 잘못 등록되었더라도, 실질적으로 임대를 목적으로 주택을 건설한 것이 입증된다면 ‘건설임대주택’으로 보아 합산배제 혜택을 적용해야 한다고 판단(서울고등법원 2025.5.16. 선고 2024누58656 판결)하였다.청구법인의 경우 2003년 쟁점주택들을 직접 '건설'하여 소유권을 원시취득한 이래, 20여 년간 임대사업자로서의 실질을 단 한 번도 변경하거나 중단한 사실이 없는바(자동말소 기간인 2020.9.25.∼2025.9.29.에도 임대차계약을 유지하고, 임대료를 수령하며, 법인세 신고를 계속함), 쟁점주택들은 실질적으로 건설임대 장기일반민간임대주택에 해당한다. 2020년의 임대사업자 등록 자동말소는 청구법인의 의사가 개입되지 않은 법률 개정에 따른 강제적이고 형식적인 효력 발생일 뿐이며, 2025년의 재등록 역시 투기를 위한 '신규 취득' 행위가 아니라 중단되었던 행정적 지위를 회복하여 기존 사업을 계속 영위하기 위한 부득이한 절차에 불과하다.그럼에도 처분청은 이러한 실질적 연속성을 완전히 무시하고, 오직 '재등록'이라는 행정적 형식에만 얽매여 이를 '신규 취득'으로 의제하여 과세하였는바, 이는 실질과세 원칙에 정면으로 위배된다. 특히 위 서울고등법원 판례에서 “실질적으로 임대를 목적으로 주택을 건설한 것이 입증된다면 '건설임대주택'으로 보아 합산배제 혜택을 적용해야 한다"고 판시한 것은 법원이 행정청의 공부상 등록이라는 ‘형식’보다 납세자가 실제로 주택을 건설하여 임대사업을 영위했다는 ‘실질’이 우선되어야 함을 명확히 한 것이다.(다) 처분청은 조세법률주의에 따른 엄격해석을 주장하나, 조세법률주의는 실질과세 원칙과 양립하는 것이다.위 판결에서 재판부는 “피고의 주장은 임대주택이 임대를 목적으로 건설된 것인지 여부를 ‘임대사업자 등록이 소유권보존등기보다 먼저 이루어졌는지’라는 형식적 기준에 따라 판단하여야 한다는 행정편의주의적인 해석일 뿐이어서 받아들이기 어렵다”고 판시하여, 처분청의 ‘엄격해석’ 논리와 완전히 동일한 구조의 피고주장을 배척하였다.해당 논리는 이 건 과세처분에 그대로 적용되는바, 청구법인의 20여년간의 임대사업 영위 사실, 미분양에 의한 불가피한 보유, 세무서 등록의 연속성 등 쟁점주택들의 실질을 고려하지 않은채, “법문에 등록이라고 되어 있으니 등록공백 기간 중에는 일률적으로 합산배제를 부인한다”는 처분청의 논리는 동 판결이 배척한 것과 정확히 동일한 “행정편의주의적 해석”에 해당한다.재판부는 “구 종합부동산세법 제8조 제2항은 ... 합산배제의 특례를 규정한 특혜조항으로서 엄격히 해석되어야 할 필요가 있다. 그런데 구 민간임대주택법 제2조 제2호 가목은 ‘민간건설임대주택’을 ‘임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택’으로 정의하고 있을 뿐, ... 어디에도 ... 구체적인 판단기준을 제시하고 있지 않으므로, 한정하여 해석할 객관적이고 합리적인 이유가 없다”고 설시하였는바, 이는 엄격해석원칙을 전제하더라도 법문에 없는 형식요건을 과세관청이 자의적으로 추가하여 해석할 수 없다는 의미이다. 즉 처분청은 이 건 과세처분에 있어 ‘과세기준일 현재 지자체 임대사업자등록이 유지되어 있을 것’이라는 요건을 마치 합산배제의 절대적 전제요건인 것처럼 주장하나, 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항이 진정으로 요구하는 것은 ‘임대사업자로서의 실질적 지위’이지 ‘행정적 등록의 형식적 연속성 그 자체’가 아니다. 청구법인은 20여년간 실질적으로 임대사업자의 지위에서 쟁점주택들을 임대해왔고, 지자체 임대사업자등록의 공백은 청구법인의 의사나 행위가 아니라 법률 개정에 의해 강제로 발생한 것에 불과한바, 처분청의 해석은 법문이 실질적으로 요구하지 않는 형식요건을 자의적으로 추가한 것에 다름아니다. 재판부는 또한 “종합부동산세 집행기준 등은 행정청의 자체적 해석에 불과하여 내부에서만 효력을 가질 뿐 대외적으로 국민이나 법원을 구속하는 효력이 없다”고 판단하였는바, 처분청이 자동말소 시 합산배제를 부인하는 근거로 국세청 집행기준이나 국토교통부 업무매뉴얼 등을 원용하더라도 이는 인정될 수 없다.(라) 결국 위 판결에서 법원은 직접건설한 임대주택의 형식적 등록과 실질이 불일치하는 사안에 대해

① 행정편의주의적 형식해석의 배척,

② 엄격해석하에서 법문에 없는 형식요건의 자의적 추가 불가,

③ 행정규칙의 대외적 구속력 부정이라는 세가지 법리를 분명히 하였는바, 청구법인의 사건에도 이는 그대로 적용되어야 한다.구분 서울고등법원 판례 사안 본건 공통점 직접 건설한 임대주택 직접 건설한 임대주택 형식(등록분류)과 실질의 불일치 형식(등록공백)과 실질(20년 임대)의 불일치 처분청의 행정편의주의적 형식해석 처분청의 행정편의주의적 형식해석 차이점 합산배제 기본요건 충족상태에서 분류만 쟁점 지자체 등록 자동말소로 기본요건 자체가 쟁점 본건의 강점 법률개정에 의한 강제적 공백(납세자 귀책사유 전무) 서울고등법원 판결 사안은 등록상 분류의 오류가 문제된 반면, 청구법인의 경우 등록 자체의 자동말소가 문제된다. 그러나 두 사안 모두 형식적 등록상태와 임대사업의 실질이 괴리되는 상황에서, 형식이 아닌 실질에 따라 합산배제를 판단해야 한다는 동일한 법리적 구조 위에 서 있다. 특히 위 판결 사안에서의 등록상 착오와 대비되는 본건의 ‘법률개정에 의한 강제적 등록공백’은 납세자에게 귀책사유가 전혀 없다는 점에서 같은 법리가 더욱 강하게 적용되어야 마땅하다. 즉 청구법인의 사례는 위 판결과 같이 결과적으로 ‘임대 외 다른 용도로 활용할 수 없었다는 사정’에 의한 실질적인 임대사실이 확인되는 사안이다.(마) 처분청은 조심 2025서876 및 조심 2022중1846 결정례를 인용하여 자동말소된 임대주택에 대한 과세가 정당하다는 입장이나, 이들은 다음과 같은 측면에서 본건과 사실관계에 차이가 있어 그대로 적용하기 적절하지 않다. 처분청 인용 선결정례 본건 미분양 사정 미확인 분양시도 후 미분양 (매각 불가능) 보유 동기 미확인 임대 외 활용 방법 없음 (부득이한 보유) 등록 회복 여부 미확인 2025.9.29. 임대사업자 등록 세무서 등록 연속성 미확인 2012.9.7. 이후 말소 없음 보유 및 임대기간 미확인 건설 후 23년, 임대 개시 후 20년 주무관청의 견해 표명 미확인 부산진구청 담당 공무원의 비과세 답변 존재 참조가능 판례 2024누58656 판결 선고 전 2024누58656 판결 특히 청구법인은 직접 건설한 미분양주택을 보유하면서 임대하였는바, 이는 시장상황에 의한 불가피한 선택이지 투기적 목적에 의한 것이 전혀 아닌바, 위 선결정례들과 본질적으로 다르다.(4) (신뢰보호 원칙 위반) 대법원은 “단순한 법령의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의에 관하여 견해의 대립이 생기는 등 특별한 사정이 있는 경우에도 납세의무자가 정부의 견해와 다른 견해를 취하였다 하여 가산세의 부과요건에 해당하게 된다고 본다면 납세의무자에게 너무 가혹하다 할 것이므로 예외적으로 정당한 사유가 인정될 수 있다 할 것이다”라고 판시(대법원 2000.9.29. 선고 97누4661 판결)하였다.2024년 이후 언론보도에 따르면, 전국 약 1만여 명의 임대사업자가 청구법인과 같이 2021년 및 2022년 귀속 종합부동산세 경정예고를 통보받았는데, 이는 2020년 지방자치단체 임대사업자 등록이 자동말소된 이후, 국세청이 “변동사항이 없으면 별도 신고 필요 없다”고 안내해 온 기존 행정 관행과 상충하며, 납세자에게 혼란을 초래한 대표적 사례에 해당한다.더하여, 2020년은

① 단기임대 자동말소,

② 비(非)아파트 장기임대 재등록 허용,

③ 조정대상지역의 급격한 확대라는 세 가지 제도가 복잡하게 얽히고 설켜, 세무대리인이나 변호사 등 법률 전문가들조차 그 법률효과를 명확히 예측하기 어려운 극도의 혼란기였는바, 이처럼 법규가 복잡하여 전문가조차 혼란을 겪는 상황에서, 청구법인이 선택할 수 있었던 가장 합리적인 행동은 관할 행정청의 안내를 직접 따르는 것이었다.청구법인도 임대사업자 등록의 주무관청인 부산진구청에 방문하여 쟁점주택들의 종합부동산세 과세 여부를 문의하였고, 당시 담당 공무원으로부터 "해당 주택은 종부세 부과 대상이 아니다"라는 명확한 답변(행정청의 공적 견해 표명)을 들은 사실이 있다. 또한 국세청도 오랫동안 "최초 합산배제 신고 후 소유권·면적 등 변동사항이 없으면 매년 다시 신고할 필요가 없다"고 안내(비과세 관행)해 왔으며, 청구법인은 이러한 안내와 더불어 수년간 합산배제를 적용받아 온 과세관청의 장기간에 걸친 비과세 관행을 신뢰한 것이다.설령 처분청이 주장하는 2021.9.13. 및 2022.9.12.의 안내가 실재했다 하더라도 이는 지자체 공무원의 비과세 답변과 모순된 것으로서 오히려 행정기관 간의 혼선이 청구법인의 신뢰를 더욱 강화시킨 사정에 해당한다.종합부동산세 합산배제 혜택은 지방자치단체의 ‘임대사업자 등록’을 필수적인 전제로 하므로, 두 행정청의 업무는 납세자 입장에서 분리할 수 없는 하나의 절차이다. 그럼에도 불구하고, 주무관청 스스로 정상 등록으로 처리한 사안을 수년이 지난 후 다른 과세당국이 뒤늦게 ‘무효 등록’이라 단정하고 거액의 세금을 부과하는 것은, 정부 행위에 대한 국민의 신뢰를 정면으로 배반하는 행위로서 「행정기본법」 제12조 및 「국세기본법」 제15조의 신뢰보호 원칙에 명백히 위배된다.(5) 이 건 처분은 청구법인에게 회복할 수 없는 손해가 발생하므로 집행이 정지되어야 한다.(가) 앞서 설시한 바와 같이, 「종합부동산세법 시행령」 제3조 제1항 제8호 나목은 근본적 위헌성이 있어 청구법인은 한정위헌을 구하는 헌법소원을 제기할 예정이고, 이 건 처분은 위헌적 법령에 근거하였을뿐만 아니라 입법취지 및 정책적 일관성에 반하며, 실질과세 원칙 및 신뢰보호 원칙에도 위배된다.(나) 집행정지의 요건과 관련하여 대법원은 ‘회복하기 어려운 손해’에 대해 “그 경제적 손실이나 기업 이미지 및 신용의 훼손으로 인하여 사업자의 자금사정이나 경영 전반에 미치는 파급효과가 매우 중대하여 사업 자체를 계속할 수 없거나 중대한 경영상의 위기를 맞게될 것으로 보이는 등의 사정이 존재”해야 한다고 판단(대법원 2003.4.25. 선고 2003무2 판결)하였다.청구법인은 보유중인 현금성 자산이 2026.1.13. 현재 OOO원에 불과하여 이 건 종합부동산세 등의 납부를 위해 사업의 유일한 기반인 쟁점주택들을 급히 매각할 수밖에 없는바, 이 건 처분의 집행은 단순히 일회성 금전납부 의무 이행을 넘어 청구법인의 존립 자체를 불가능하게 하므로, 이는 청구법인에게 있어 ‘회복하기 어려운 손해’를 의미한다. 반면, 처분청은 집행을 본안 판단 시까지 정지하더라도 국가의 조세수입이나 공공복리, 또는 조세정의나 성실납세라는 공익 등에 중대한 영향을 미칠 우려가 없다(다) 따라서 본안 심판청구에 있어 명백한 승소가능성이 인정되고, 집행정지의 요건 또한 충족하므로 이 건 처분의 집행은 정지되어야 한다.나.처분청 의견조세법률주의원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장하거나 유추하는 것은 허용되지 아니하며 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특례규정인 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 외 다수, 같은 뜻임)한다.민간임대주택법 및 「종합부동산세법」의 부칙 등에서 민간임대주택에 대한 임대사업자 등록의 자동말소에 따른 규제에 대하여 별도의 경과규정을 두고 있지 아니하여 이 건 처분이 관련 법령을 위반한 사정은 나타나지 않고, 법률의 헌법 위반 또는 대통령령의 법률 위반 여부는 헌법재판소나 대법원에서 심리, 판단하여야 할 영역이며, 조세법률관계에 있어서 비과세 관행에 따른 납세자의 신뢰를 보호하고 과세권의 남용을 제한하기 위한 신뢰보호의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 한하여 예외적으로 적용되는 원칙이다.청구법인은 임대사업의 실질이 단절된 사실이 없음에도 처분청이 형식적 등록 공백만을 이유로 과세한 것은 실질과세 원칙에 반한다고 주장하나, 「종합부동산세법」 제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항을 보면 종합부동산세 합산배제가 적용되는 임대주택은 민간임대주택법 제2조 제7호 및 제5조에 따라 주택임대사업 영위를 목적으로 관할 지방자치단체장에게 임대사업자등록을 한 자로서 과세기준일 현재 「소득세법」 또는 「법인세법」에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 임대하고 있는 주택이어야 하는바(조심 2022중1846, 2022.5.12. 및 조심 2025서876, 2025.5.1. 등 참고), 처분청이 청구법인에 대해 임대사업자 등록 자동말소 후 재등록을 했다는 이유가 아니라 자동말소로 인한 주택임대업 미등록이라는 형식적 요건 자체를 미충족한 것으로 보아 종합부동산세 합산배제를 부인한 이 건 처분은 정당하다.3.심리 및 판단가. 쟁점

① 임대사업자 등록의 자동말소로 인해 합산배제 요건을 미충족한 것으로 보아 종합부동산세를 부과한 처분의 당부

② 이 건 처분에 대해 집행정지결정을 해야 한다는 청구주장의 당부나.관련 법령 등 : ＜별지＞ 참조다.사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.(가) 청구법인은 2002.1.2. 건물신축판매업 법인사업자로 등록한 후 건설 신축한 OOO을 2003.10.27. 소유권보존등기하였고, 2005.12.8. 쟁점주택들(당시 45세대)을 부산진구청에 건설 단기민간 임대주택으로 등록하였으며, 2012.9.7. 청구법인의 주업종을 주택임대업(701103)으로 변경하였다.(나) 2020.8.18. 민간임대주택법이 개정되어 단기민간임대주택이 임대주택유형에서 삭제(제2조 제6호)되었고, 단기민간임대주택은 임대의무 기간이 종료한 날 등록이 말소되는 것(제6조 제5항)으로 규정되었으며, 위 말소규정에 따라 단기민간임대주택으로 등록되어 있던 쟁점주택들은 2020.9.25. 자동말소되었고, 이와 관련하여 국세청(본청)은 관련 납세의무자들에 대해 2021.9.13. 및 2022.9.12. 등록임대말소에 따른 종합부동산세 합산배제 제외 신고를 안내한 것으로 나타난다.(다) 처분청은 임대사업자 등록이 말소된 기간 이후에도 미등록이 유지된 쟁점주택들에 대해 종합부동산세 합산배제의 형식적 요건이 미충족된 것으로 보아 당초 합산배제되었던 임대주택들을 종합부동산세 과세표준에 합산하여 과세하였다.(라) 처분청이 2012.9.12. 발급한 청구법인의 사업자등록증(교부사유 : 종목변경)상 사업의 종류는 “(업태)부동산 / (종목)주택임대”로 기재되어 있고, 청구법인의 등기사항전부증명서상 목적에도 “1. 주택공급업, 2. 건설업, ..., 4. 부동산 매매 및 임대업, 5. 주택임대 및 알선업” 등이 포함되어 있다.(마) 청구법인의 임대사업자 등록증(2025.11.10.자)에 따르면, 청구법인의 최초 임대사업자 등록일은 2005.12.8.이고, 임대주택의 소재지는 부산광역시 부산진구 OOO 등 총 45세대로 나타난다.(바) 청구법인 소유의 계좌[OOO(개설 : 2005.7.1.) 외 1개 계좌] 사본에는 2026년 임대료 수령 내역 등이 기재되어 있고, 2022∼2024사업연도 표준재무제표상 유형자산(건물)은 OOO원, 국내임대수입은 연 OOO원 수준으로 각 계상되어 있는 것으로 나타난다.(사) 청구법인은 사건조사서 사전열람 후 보충서면을 제출하여, “청구법인이 쟁점주택들을 직접 건설한 이후 20여 년간 임대사업을 중단한 사실이 없을 뿐 아니라 2020년 당시 자동말소는 단기유형을 폐지한 법률개정의 효과로서, 같은 법률의 부칙은 장기유형 전환등록도 불가능하게 하여 청구법인의 의사와 무관하게 임대사업자 등록이 강제로 자동 말소된 것이고, 건설임대주택인 쟁점주택들에게 매입임대주택과 동일한 법령을 적용하는 것은 부당하며, 부산진구는 2022.9.26. 조정대상지역에서 해제되었으므로 2023년 및 2024년에 대해서는 같은 처분사유가 성립할 수 없다”는 내용 등으로 청구주장의 취지를 보완하거나 일부 날짜 등 사실관계의 오류를 바로잡았으며, 청구대리인은 2026.8.13. 심판관회의에 전화진술을 하여 청구주장의 취지를 구체적으로 설명하였다.(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.(가) 우선 쟁점

①에 대하여 살피건대, 청구법인은 관련 법령의 위헌성, 실질과세 및 신뢰보호 원칙의 위반 등을 이유로 이 건 종합부동산세 부과처분이 위법하다고 주장한다.그러나, 헌법 제111조 제1항은 법률의 위헌 여부에 관한 심판은 헌법재판소가 관장하도록 규정하고 있고, 제2항은 명령ㆍ규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원은 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다고 규정하고 있으며, 청구법인이 한정위헌임을 주장하는 종합부동산세법령에 대하여 헌법재판소나 대법원이 위헌이나 무효로 판단한 사실이 나타나지 않으므로, 처분 당시 유효한 규정들을 근거로 하여 이루어진 과세처분을 위법하다고 판단하기는 어려운 점(조심 2022서2080 외 123건, 2022.4.19. 외 다수, 같은 뜻임),조세법률주의원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장하거나 유추하는 것은 허용되지 아니하며 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정인 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 외 다수, 같은 뜻임)하는 점,「종합부동산세법」 제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항, 민간임대주택법 제2조 제7호 등에 따르면, 임대주택으로서 종합부동산세 합산배제 대상이 되기 위해서는 「법인세법」에 따른 주택임대업 사업자등록뿐만 아니라 민간임대주택법 제2조 제7호에 따른 임대사업자로 등록한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 임대주택이어야 하고, 이는 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록뿐만 아니라 그 등록을 유효하게 유지하고 있을 것까지를 포함한다고 보는 것이 타당한바(조심 2025서876, 2025.5.1., 서울고등법원 2026.6.5. 선고 2025누6913 판결, 같은 뜻임), 쟁점주택들에 대한 청구법인의 주택임대사업자 등록이 2020.9.25. 자동말소되어 2021년∼2024년 귀속 각 종합부동산세 과세기준일(6.1.) 현재 쟁점주택들은 민간임대주택법에 따라 등록된 임대주택이 아니게 되어 법령상 종합부동산세 합산배제 임대주택의 요건을 충족하지 못한 점,청구법인은 이 건 부과처분 이전까지 비과세 관행이 존재하였고, 청구법인이 실질적으로 계속하여 주택임대사업을 하였다는 점을 들어 이 건 처분이 부당하다고 주장하나, 종합부동산세 법령에 명백하게 규정된 과세대상에 대하여 그간 처분청이 과세누락을 했다는 사정만으로 비과세 관행이 적용된다 할 수 없는 점 등에 비추어 처분청이 민간 임대 주택사업자등록이 자동말소된 쟁점주택들에 대해 합산배제를 부인하여 이 건 종합부동산세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.(나) 다음으로 쟁점

②에 대하여 살피건대, 청구법인은 이 건 처분에 대한 불복에 있어서 명백한 승소가능성이 인정되고, 처분으로 인한 회복하기 어려운 손해가 발생하는 등 집행정지의 요건이 충족된다고 주장한다.「국세기본법」 제56조는 처분의 효력정지를 규정한 「행정심판법」 제30조를 준용하지 않고 있고, 「국세기본법」제57조 제1항은 심판청구는 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 해당 처분의 집행에 효력을 미치지 않는다고 규정하고 있으며,같은 항 단서는 재결청(裁決廳)인 우리 원이 처분의 집행 또는 절차의 속행 때문에 심판청구인에게 중대한 손해가 생기는 것을 예방할 필요성이 긴급하다고 인정할 때에는 처분의 집행 또는 절차 속행의 전부 또는 일부의 정지(이하 “집행정지”라 한다)를 결정할 수 있도록 규정하고 있는바,임대사업자등록이 말소된 주택에 대한 종합부동산세 합산배제를 부인한 처분에 대한 유사한 불복 사건하에 대해 우리 원과 법원이 청구인 또는 원고의 주장을 받아들이지 않은 다수의 선결정례 및 판례가 존재하는 가운데, 현행 법령에 따라 이루어진 이 건 종합부동산세 부과처분이 청구법인에게 사업 자체를 계속할 수 없게 할 정도의 회복하기 어려운 중대한 손해를 발생시킬 우려가 있어 이를 예방할 필요성이 긴급하다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 이 건 처분에 대해 집행정지가 이루어져야 한다는 청구법인의 주장 역시 받아들이기 어렵다고 판단된다.4.결론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.＜별지＞ 관련 법령 등(1) 대한민국 헌법제107조

① 법률이 헌법에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 법원은 헌법재판소에 제청하여 그 심판에 의하여 재판한다.

② 명령ㆍ규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원은 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다.

③ 재판의 전심절차로서 행정심판을 할 수 있다. 행정심판의 절차는 법률로 정하되, 사법절차가 준용되어야 한다.제111조

① 헌법재판소는 다음 사항을 관장한다.1. 법원의 제청에 의한 법률의 위헌여부 심판(2) 국세기본법제14조(실질과세)

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지)

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.제55조(불복)

① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다.1. 「조세범 처벌절차법」에 따른 통고처분2. 「감사원법」에 따라 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분3. 이 법 및 세법에 따른 과태료 부과처분제56조(다른 법률과의 관계)

① 제55조에 규정된 처분에 대해서는 「행정심판법」의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 심사청구 또는 심판청구에 관하여는 「행정심판법」 제15조, 제16조, 제20조부터 제22조까지, 제29조, 제36조 제1항, 제39조, 제40조, 제42조 및 제51조를 준용하며, 이 경우 “위원회”는 “국세심사위원회”, “조세심판관회의” 또는 “조세심판관합동회의”로 본다.제57조(심사청구 등이 집행에 미치는 효력)

① 이의신청, 심사청구 또는 심판청구는 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 해당 처분의 집행에 효력을 미치지 아니한다. 다만, 해당 재결청(裁決廳)이 처분의 집행 또는 절차의 속행 때문에 이의신청인, 심사청구인 또는 심판청구인에게 중대한 손해가 생기는 것을 예방할 필요성이 긴급하다고 인정할 때에는 처분의 집행 또는 절차 속행의 전부 또는 일부의 정지(이하 “집행정지”라 한다)를 결정할 수 있다.

② 재결청은 집행정지 또는 집행정지의 취소에 관하여 심리ㆍ결정하면 지체 없이 당사자에게 통지하여야 한다.(3) 국세기본법 시행령제45조(처분집행중지) 법 제57조 단서에 따른 처분의 집행중지는 이의신청인, 심사청구인 또는 심판청구인이 심각한 재해를 입은 경우에 이를 정부가 조사하기 위하여 상당한 시일이 필요하다고 인정되는 경우에만 할 수 있다.(4) 국세징수법제52조(채권 압류의 효력 및 추심)

① 채권 압류의 효력은 제51조 제1항에 따라 채권 압류 통지서가 제3채무자에게 송달된 때에 발생한다.

② 관할 세무서장은 제51조 제1항에 따른 통지를 한 경우 체납액을 한도로 하여 체납자인 채권자를 대위(代位)한다.

③ 관할 세무서장은 제2항에 따라 채권자를 대위하는 경우 압류 후 1년 이내에 제3채무자에 대한 이행의 촉구와 채무 이행의 소송을 제기하여야 한다. 다만, 체납된 국세와 관련하여 「국세기본법」에 따른 이의신청ㆍ심사청구ㆍ심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구 또는 「행정소송법」에 따른 행정소송(이하 “심판청구등”이라 한다)이 계속 중이거나 그 밖에 이에 준하는 사유로 법률상ㆍ사실상 추심이 불가능한 경우에는 그러하지 아니하다.

④ 관할 세무서장은 제3항 단서의 사유가 해소되어 추심이 가능해진 때에는 지체 없이 제3채무자에 대한 이행의 촉구와 채무 이행의 소송을 제기하여야 한다.제66조(공매)

⑤ 제1항 및 제2항에도 불구하고 심판청구등이 계속 중인 국세의 체납으로 압류한 재산은 그 신청 또는 청구에 대한 결정이나 소(訴)에 대한 판결이 확정되기 전에는 공매할 수 없다. 다만, 그 재산이 제67조 제2호에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.(5) 종합부동산세법제8조(과세표준)

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.1. 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 민간임대주택, 「공공주택 특별법」에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택2. 제1호의 주택외에 종업원의 주거에 제공하기 위한 기숙사 및 사원용 주택, 주택건설사업자가 건축하여 소유하고 있는 미분양주택, 가정어린이집용 주택, 「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권 외 지역에 소재하는 1주택 등 종합부동산세를 부과하는 목적에 적합하지 아니한 것으로서 대통령령으로 정하는 주택. 이 경우 수도권 외 지역에 소재하는 1주택의 경우에는 2009년 1월 1일부터 2011년 12월 31일까지의 기간 중 납세의무가 성립하는 분에 한정한다.

③ 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장(이하 “관할세무서장”이라 한다)에게 해당 주택의 보유현황을 신고하여야 한다.(6) 종합부동산세법 시행령(2020.8.7. 대통령령 제30921호로 일부개정된 것)제3조(합산배제 임대주택)

① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 「공공주택 특별법」 제4조에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다) 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지, 제10호 또는 제11호의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호 또는 제9호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 주택의 보유현황 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 가목 1)부터 3)까지의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 나목 1)부터 4)까지에 해당하는 주택의 경우는 제외한다.가. 적용요건1) 다음의 구분에 따른 공시가격이 그 구분에 따른 금액 이하일 것가) 30호 미만의 주택을 임대하는 경우: 해당 주택의 임대를 개시한 날 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일을 기준으로 하여 다음의 구분에 따른 금액(1) 해당 주택의 소재지가 수도권인 경우 : 6억원(2) 해당 주택의 소재지가 수도권 밖의 지역인 경우 : 3억원2) 10년 이상 계속하여 임대하는 것일 것. 이 경우 임대기간을 계산할 때 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 제3항에 따라 같은 법 제2조 제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 제7항 제1호에도 불구하고 같은 법 시행령 제34조 제1항 제3호에 따른 시점부터 그 기간을 계산한다.3) 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조 제4항에 따라 정한 기준을 준용한다.나. 제외되는 주택1) 1세대가 국내에 1주택 이상을 보유한 상태에서 세대원이 새로 취득(제7항 제2호 또는 제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우의 취득은 제외한다)한 조정대상지역(「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역을 말한다. 이하 같다)에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 주택(주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다)을 취득하거나 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다]2) 법인 또는 법인으로 보는 단체가 조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상지역의 경우 2020년 6월 17일을 말한다)이 지난 후에 사업자등록등을 신청(임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함하며, 제7항 제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우는 멸실된 주택에 대한 신청을 말한다)한 조정대상지역에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택3) 2020년 7월 11일 이후 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조 제1항에 따라 등록 신청한 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택4) 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택으로서 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조 제3항에 따라 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택으로 변경신고한 주택(7) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 일부개정된 것)제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(「주택법」 제2조 제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다.7. “임대사업자”란 「공공주택 특별법」 제4조 제1항에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다.제5조(임대사업자의 등록)

① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다. 다만, 외국인은 국내에 체류하는 자로서 「출입국관리법」 제10조의 체류자격에 따른 활동범위를 고려하여 대통령령으로 정하는 체류자격에 해당하는 경우에 한정하여 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.1. 삭제2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택제67조(과태료)

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게는 1천만원 이하의 과태료를 부과한다.1. 제5조 제1항에 따른 등록을 하지 아니하고 민간임대주택을 임대한 자