확정기여형퇴직연금의 연구인력개발비 세액공제 여부

1. 처분개요가. 청구법인은 2008년～2010년 사업년도에 대한 법인세 신고시 연구원에 대한 국민건강보험료(사용자부담분)와 확정기여형퇴직연금 지급액에 대한 연구.인력개발비에 대한 세액공제가 누락되었다 하여, 2011.12.5. 처분청에 법인세 경정청구서를 제출하였다.나. 처분청은 연구.인력개발비 세액공제 대상 경정청구세액 OOO원 중 연구원의 급여, 상여 및 4대보험(사용자부담분) 지급액은 세액공제 대상이라 하여 경정청구를 받아들여 2012.2.2. 법인세 OOO천원을 환급결정하였으나, 확정기여형퇴직연금 지급액은 세액공제 대상이 아니라 하여 해당 부분에 대한 경정청구를 거부하였다.다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.4.12. 심판청구를 제기하였다.2. 청구법인 주장 및 처분청 의견가. 청구법인 주장(1) 청구법인의 사용인이 근로를 제공함에 따라 확정된 퇴직연금 기여금에 대하여는 매사업연도마다 지급의무를 부담하게 되어 해당 기여금을 사용인에게 지급하고 이를 퇴직급여로 비용처리하며, 매사업연도마다 지급한 기여금은 사후적으로 변동되지 않는 확정된 금액 이므로, 확정기여형퇴직연금이 연구.인력개발비 세액공제 대상이 아니라는 조세특례제한법 기본통칙은 과세관청 내부의 행정규칙에 불과하여 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니다.(2) 따라서, 처분청이 국세청의 과세기준자문 회신내용을 근거로, 청구인이 지급한 확정기여형퇴직연금이 연구.인력개발비 세액공제 대상이 아니라 하여 세액공제를 배제하고 당해 부분에 대한 경정청구를 거부한 처분은 부당하므로 경정청구를 받아들여야 한다.나. 처분청 의견(1) 조세특례제한법 기본통칙[9-8···1(연구 및 인력개발비의 용어정의 등)]의 해석사례를 보면, 조세특례제한법상 연구.인력개발비 세액공제를 적용함에 있어, 전담부서 연구원의 인건비 중 확정기여형퇴직연금 지급액은 세액공제 대상이 아닌 것으로 명시되어 있고, 국세청도 과세기준 자문에서 확정기여형퇴직연금 지급액은 연구.인력개발비 세액공제 대상이 아니라고 회신하였다.(2) 따라서, 확정기여형퇴직연금 지급액을 연구.인력개발비 세액 공제 대상이 아닌 것으로 보고, 세액공제를 배제하고 당해 부분에 대한 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.3. 심리 및 판단가. 쟁 점연구전담부서에 근무하는 연구원에 대한 확정기여형퇴직연금 지급액이 조세특례제한법상 연구.인력개발비 세액공제 적용대상이 아니라 하여 당해 부분에 대한 경정청구를 거부한 처분의 당부나. 사실관계 및 판단(1) 청구법인과 처분청의 항변자료 및 심리자료에는 다음과 같은 사실들이 나타난다.(가) 청구법인은 휴대폰 등에 사용하는 터치패널을 제조하는 사업을 영위하는 법인으로, 2008～2010사업연도분 법인세 신고시 연구원들 에게 지급한 국민건강보험료(사용자부담분)와 확정기여형퇴직연금에 대한 연구.인력개발비세액공제가 누락되었다 하여, 서울행정법원의 판결내용(2009구합23273, 2010.7.23., 퇴직급여충당금은 세액공제 대상)을 근거로, 기존의 조세특례제한법 기본통칙(9-8…1 :소득세법 제22조의 퇴직소득에 해당하는 금액과 퇴직급여충당금전입액은 세액공제 대상 아님)의 규정에 불구하고 확정기여형퇴직연금 지급액이 연구.인력개발비 세액공제 대상이라고 주장하면서, 2011.12.5. 경정청구를 제기하였다.(나) 처분청은 위 기본통칙의 내용과 확정기여형퇴직연금 지급액은 연구.인력개발비 세액공제 대상이 아니라는 국세청의 과세기준자문 회신내용에 따라 당해 부분에 대한 경정청구를 거부하였다.(2) 청구법인은 확정기여형퇴직연금 지급액은 조세특례제한법에 의한 연구.인력개발비 세액공제 대상임에도 처분청이 세액공제를 배제하고 당해 부분에 대한 경정청구를 거부한 처분은 부당하다고 항변하므로 이에 대하여 본다.(3)「조세특례제한법」에서 규정하고 있는 연구ㆍ인력개발비세액 공제는 해당 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발을 위한 비용을 그 대상으로 규정하고 있는 바,이는 해당 과세연도에 연구ㆍ인력개발에 직접적으로 투입된 노무의 대가로서 지급되는 일반적인 급여 등에 대하여 적용하는 것이 타당 하고, 퇴직금의 경우와 같이 장기간의 근속기간을 고려하여 일시에 지급하는 성격의 비용으로서 근로계약이 종료되는 때에야 비로소 그 지급의무가 발생하는 후불적 임금은 연구개발에 직접적으로 투입되었다고 보기 어려운 점 등으로 볼 때,청구법인이 주장하는 확정기여형퇴직연금 지급액은「조세특례제한법」 소정의 연구ㆍ인력개발비 세액공제 대상 인건비에 포함된다고 보기는 어렵다 할 것이다.따라서, 처분청이 확정기여형퇴직연금 지급액을 조세특례제한법에서 규정하고 있는 연구.인력개발비 세액공제 대상이 되는 인건비에 해당하지 아니하는 것으로 보고, 확정기여형퇴직연금 지급액과 관련된 세액공제를 배제하여 그 부분에 대한 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2012중3069, 2012.12.31. 외 다수, 같은 뜻).4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로「국세 기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.