쟁점토지의 양도에 대하여 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부

1. 처분개요가. 청구인은 OOO 토지(농지) 464.9㎡, 같은 동 1514-5 토지(농지) 382.9㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2003.7.4. 취득하여 보유하다가 2016.8.31. 각각 양도한 후 2016.10.31. 2016년 귀속 양도소득세를 신고·납부하였다가 2016년 귀속 양도소득세 신고 시 장기보유특별공제를 누락하였다는 사유로 2018.3.26. 경정청구를 하였다.나. 처분청은 쟁점토지 양도 당시「소득세법」제95조제4항에 따라 비사업용 토지의 장기보유특별공제 계산 시 2016.1.1 이전에 취득한 경우 기산일이 2016.1.1.로 규정되어 있어 장기보유특별공제를 적용할 수 없다고 보아 2018.4.23. 청구인의 경정청구를 거부하였다.다. 청구인은 이에 불복하여 2018.7.17. 심판청구를 제기하였다.2. 청구인 주장 및 처분청 의견가. 청구인 주장비사업용 토지라는 이유만으로 일반 토지와 달리 해당 자산의 보유기간 기산일을 자의적으로 의제하여 장기보유특별공제 적용을 배제하는 것은 자의금지의 원칙 및 과잉입법 금지원칙에 위배되고,「소득세법」상 장기보유특별공제의 입법취지는 장기보유 이익이 해당 자산을 양도함으로써 일시에 실현되어 누진적용을 받는 결집효과를 완화하고 물가 상승분을 조정하는 차원에서 보유기간에 따라 차등하여 그 공제율을 적용하는 것인데, 단지 비사업용토지라 하여 일반 토지와 달이 취득기간 기산일을 자의적으로 규정하는 것은 장기보유특별공제에 관한 법(「소득세법」제95조제4항)의 개정 목적(세율중과 및 보유공제 허용)과 합리적인 비례관계가 있어야 되는 상당성(비례)의 원칙을 위반한 것이다.나. 처분청 의견2015.12.15. 개정된「소득세법」제95조제2항에 따라 비사업용 토지도 장기보유특별공제 대상에 해당되나, 쟁점토지는 2016.8.31. 양도되어 같은 법 제4항의 규정에 따라 보유기간의 기산일을 2016.1.1.로 보아야 한다.따라서 쟁점토지는 장기보유특별공제를 받을 수 없으므로 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.3. 심리 및 판단가. 쟁점장기보유특별공제 대상에 해당되는지 여부나. 관련 법률소득세법(2016.12.20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것)제95조

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(괄호생략)에 대하여 그 자산의 양도차익(괄호생략)에 다음 표 1에 따른 보유기간 별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산하며, 제104조의3에 따른 비사업용 토지로서 2016년 1월 1일 이전에 취득하여 보유하고 있는 자산인 경우에는 2016년 1월 1일부터 기산한다.다. 사실관계 및 판단(1) 청구인의 심판청구서 및 처분청의 심리자료 등에 의하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다.(가) 청구인에 대한 양도소득세 경정청구 검토보고서를 보면 “청구인은 쟁점토지의 양도소득금액 계산시 장기보유특별공제를 누락하였다는 사유로 경정청구를 제기하였으나, 쟁점토지 양도당시「소득세법」제95조제4항에서 비사업용토지의 장기보유특별공제 계산시 그 기산일을 2016.1.1. 규정하여 이 건의 경우 장기보유특별공제를 적용할 수 없다”고 조사되어 있다.(나) 2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된「소득세법」제95조제4항 후단에 의하면 “비사업용 토지에 대하여 장기보유특별공제를 적용할 경우 비사업용 토지의 취득 기산일을 2016.1.1.로 한다”고 규정하고 있고, 2016.12.20. 법률 제14389호로 개정된「소득세법」제95조제4항에서 단서 규정이 삭제된 사실이 확인되며, 부칙 제14조는 동 법 시행 전에 비사업용 토지를 양도한 경우에는 제95조 제4항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따르는 것으로 규정하고 있다.(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 2015.12.15. 법률 제13558호로 개정된「소득세법」제95조제4항 후단에서는 “비사업용 토지에 대하여 장기보유특별공제를 적용할 경우 비사업용토지의 취득 기산일을 2016.1.1.로 한다”고 규정하고 있는바, 청구인은 비사업용 토지에 해당되는 쟁점토지를 2016.8.31. 양도한 사실이 토지 등기부등본 등에 의하여 확인되어 장기보유특별공제를 적용할 수 없으므로 처분청이 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.4. 결 론이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.