장기보유특별공제 개편 논의, 1주택자 매도 시기 판단 기준과 공제율 변동 전망

현행 1세대 1주택자의 장기보유특별공제는 보유기간별 공제율과 거주기간별 공제율을 합산하는 구조로, 각각 연 4%씩 최대 40%까지 적용됩니다. 따라서 보유기간 10년 이상이고 거주기간도 10년 이상이면 합산 최대 80%까지 공제받을 수 있습니다. 반면 일반 장기보유특별공제는 최대 30%까지만 적용되므로, 1세대 1주택에 대한 혜택이 훨씬 큰 구조입니다. 다만 1세대 1주택이라 하더라도 최대 80% 공제 구조를 적용받으려면 원칙적으로 보유기간 중 거주기간 2년 이상 요건을 충족해야 합니다. 이 요건을 충족하지 못하면 1세대 1주택 특례 공제율이 아니라 일반 장기보유특별공제율이 적용되어 공제율이 크게 낮아질 수 있습니다. 또한 1세대 1주택 비과세는 양도가액 12억원 이하 부분에는 세금이 발생하지 않으므로, 장기보유특별공제율 변동의 영향이 실제로 문제되는 것은 주로 12억원 초과 고가주택입니다. 이 경우에는 장기보유특별공제율 차이에 따라 세부담 차이가 크게 날 수 있습니다. 한편 현재 시점에서는 1세대 1주택 장기보유특별공제를 폐지하거나 구조를 확정적으로 바꾸는 내용이 현행법에 반영된 상태는 아닙니다. 따라서 매도 시기 판단은 아직 확정되지 않은 전망보다는 현행 공제율, 거주기간 충족 여부, 양도차익 규모, 대체주택 계획 등을 기준으로 검토하시는 것이 안전합니다. 정부도 2026년 2월 보도설명에서 1주택자 양도세 장기보유특별공제 폐지 관련 내용은 사실이 아니라고 밝힌 바 있습니다.