세무 Q&A/양도소득세

2026년 3월 30일

장기보유특별공제 개편 논의, 1주택자 매도 시기 판단 기준과 공제율 변동 전망

원래 질문: 1주택 15년 보유 아파트인데 장기보유특별공제 개편안이 논의 중이라고 들었어요. 현행 80% 공제율이 줄어들 수 있나요? 올해 안에 파는 게 유리한지 어떻게 판단해야 하나요?

현행 1세대 1주택자의 장기보유특별공제는 보유기간과 거주기간 각각 연 4%씩, 최대 80%까지 공제됩니다. 보유 15년 이상이면 보유분 40%에 거주기간에 따라 최대 40%가 더해져 양도차익의 80%를 공제받을 수 있습니다. 일반 장기보유특별공제(1세대 1주택 외)는 연 2%, 최대 30%이므로 1주택자 혜택이 상당히 큰 구조입니다. 현재 국회와 정부에서 논의 중인 개편안은 공제율 산정 방식을 변경하거나 고가주택 기준을 조정하는 방향이 거론되고 있습니다. 다만 아직 확정된 법률안은 없으며, 7월 세법개정안 발표 전까지는 구체적인 수치가 확정되기 어렵습니다. 세법 개정은 통상 시행일 이후 양도분부터 적용되므로 소급 적용 가능성은 낮습니다. 주의할 점은 공정시장가액비율 조정이나 종합부동산세 관련 시행령 변경은 국회 의결 없이도 가능하다는 것입니다. 장특공제 개편 논의와 별개로 보유세 부담이 먼저 변동될 수 있어 양도 시기를 판단할 때 이 점도 함께 고려해야 합니다. 실무에서 흔히 놓치는 부분이 있습니다. 1세대 1주택 비과세 기준금액인 12억원 이하라면 양도소득세가 아예 없으므로 장특공제율 변동의 영향을 받지 않습니다. 반대로 12억원을 크게 초과하는 고가주택이라면 장특공제율 변경의 세금 차이가 수천만원에 달할 수 있습니다. 또한 거주기간 요건을 충족하지 못하면 보유기간분 연 2%, 최대 30%만 적용되어 공제율이 크게 줄어드는 점도 자주 간과됩니다. 매도 시기 판단은 세율 변동 전망만으로 결정할 문제가 아닙니다. 본인의 거주기간 충족 여부, 대체주택 계획, 양도차익 규모, 보유세 부담 변동 등을 종합적으로 분석해야 하므로, 개편안이 구체화되는 시점에 세무 전문가와 함께 최적의 매도 전략을 세우시는 것이 안전합니다.
백승택 세무사

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