2026년 8월 6일

특수관계인 고가매입 부당행위계산부인 시가 5% 3억원 기준

원래 질문: 제조업 법인인데 특수관계인인 대표이사 형님에게 원재료를 시가 2억원짜리를 3억원에 매입했습니다. 이런 고가매입도 법인세 부당행위계산부인 대상이 되는지, 시가 대비 차액 1억원 전액이 손금부인되는지 아니면 시가의 5% 또는 3억원 기준이 있는지 궁금합니다.

형님이 대표이사이고 원재료를 시가 2억원짜리를 3억원에 매입하셨다면 법인세법상 부당행위계산부인 대상에 해당합니다. 시가와의 차액 1억원은 손금불산입되며, 여기에 소득처분까지 이어지는 구조라 실무에서 특히 신경 써야 하는 부분입니다. 먼저 특수관계인 판정부터 보겠습니다. 대표이사의 형제는 임원의 친족에 해당해 법인세법상 특수관계인에 명확히 포함됩니다. 4촌 이내 혈족 범위이므로 논쟁의 여지가 없습니다. 특수관계인 거래로 인정되면 그 다음 단계인 부당행위 요건을 봅니다. 질문하신 5% 또는 3억원 기준이 정확한 쟁점입니다. 법인세법상 자산의 고가매입, 저가양도 등에서는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5퍼센트 이상인 경우에 한해 부당행위계산부인 규정을 적용합니다. 이 요건은 둘 중 하나만 충족하면 됩니다. 사례를 대입해보면 시가 2억원의 5퍼센트는 1천만원인데 실제 차액은 1억원으로 5퍼센트 기준을 훨씬 초과합니다. 차액 3억원 기준에는 못 미치지만 5퍼센트 기준으로 이미 요건을 충족하므로 부당행위계산부인 적용은 확정입니다. 부인되는 금액은 시가 초과분 전액인 1억원입니다. 5퍼센트나 3억원은 적용 여부를 가르는 문턱일 뿐, 일단 적용되면 초과분 전액을 부인하는 구조입니다. 5퍼센트만 초과해서 인정된다는 오해가 실무에서 자주 나오는데 그렇지 않습니다. 원재료라는 점도 실무상 중요한 포인트입니다. 매입 시점에는 재고자산으로 계상되고 판매되면서 매출원가로 반영되기 때문에, 세무조정은 재고 잔량과 매출원가 배분을 고려해 이루어져야 합니다. 익금산입 시기와 소득처분 처리에서 놓치기 쉬운 부분입니다. 소득처분 측면에서는 시가 초과분 1억원이 형님에게 실질적으로 귀속된 이익이므로 그 형님에 대한 소득처분이 뒤따르며, 형님은 이에 대한 소득세 문제까지 안게 됩니다. 즉 법인 단계의 손금부인과 개인 단계의 과세가 동시에 발생하는 이중 부담 구조입니다. 2026년 기준 시가 산정 방법과 소득처분 유형은 거래 형태와 상대방 지위에 따라 세부적으로 달라집니다. 특수관계인 거래는 세무조사에서 우선 표적이 되는 항목이라 시가 입증 자료를 꼼꼼히 갖춰두는 것이 중요하며, 구체적 처리 방식은 실제 계약 조건과 자금 흐름을 함께 살펴야 하니 담당 세무사와 상세히 검토받으시길 권해드립니다.
백승택 세무사

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