연구인력개발비가 창업연도에 발생치 않는 경우 초과발생금액 세액공제적용여부

1. 질의내용 요약

<연구ㆍ인력개발비 세액공제 관련 재질의>

○ 당사는 2000년도에 창업하여 현재 제2기 법인세과세표준 및 세액신고를 앞두고 있습니다. 당사는 조세특례제한법상의 중소기업이 아니며, 세액공제 대상 연구ㆍ인력개발비 발생현황은 다음과 같습니다.

제1기 : 없음

제2기 : 5억원

조세특례제한법 제10조 제1항 의 규정에 의거 당사는 초과발생금액의 50%기준만 적용가능하며, 쟁점은 당사의 제2기 과세연도 개시일(2001.01.01)로부터 소급하여 연구 및 인력개발비 발생액이 전혀 없는 경우에도 세액공제를 적용받을 수 있는지 여부입니다.

관련 국세청예규 서이46012-10583(01.11.20)에서는 “중소기업이 아닌 법인이 조세특례제한법 제10조 를 적용함에 있어서 당해 과세연도 개시일로부터 소급하여 4년간 연구 및 인력개발비의 발생액이 전혀 없는 경우에는 같은조 제1항 제1호를 적용할 수 없는 것”이라고 하였으나,

관련 재경부예규 재조예46070-293(00.08.18)의 해설에서는 “시행령에 규정된 산식은 「당해 과세연도 개시일부터 소급한 4년 지출액의 합계액을 다시 4년(해당기간)으로 나누는 것」으로 되어 있어 비교대상기간(당해 과세연도 개시일부터 소급한 4년)에 대하여만 규정되어 있을 뿐 대상기간내의 특정연도 지출액의 유ㆍ무, 다ㆍ과에 의한 구분은 없음.”이라고 하고, “소급한 4년의 기간 중 아주 적은 금액(예 : 10만원정도)이 있는 경우에는 증가법의 적용이 가능한 반면, 전혀 없는 경우는 증가법을 적용할 수 없어 증가법 적용을 위한 특정연도의 장부조작(예 : 10만원정도 지출)을 오히려 유도할 우려가 있음.”이라고 하여,

당사의 경우와 정확히 일치하는 경우는 아니지만, 당해 과세연도 개시일로부터 소급하여 4년간 연구 및 인력개발비 발생액이 전혀 없는 경우에도 초과발생액의 50% 기준을 적용할 수 있는 것으로 해석하고 있습니다.

당사는 위 두 예규가 서로 상반되는 해석을 하고 있다고 판단하여 재질의 하는 것입니다.

[질의사항]

당사의 경우와 같이 중소기업이 아닌 법인이 제1기 사업연도에 연구 및 인력개발비 발생액이 전혀 없고 제2기 사업연도에 동 비용이 발생한 경우, 제2기 사업연도 의 연구 및 인력개발비 세액공제 금액을 계산함에 있어서 당해 사업연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 어떻게 계산하여야 하는지요

<갑설> : 제1기에 발생액이 전혀 없어서 연평균발생액을 계산할 수 없으므로 세액공제를 적용받을 수 없다.

<을설> : 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액이 “0”이므로 연평균발생액을 “0”로 보아, 제2기 발생액의 50%를 세액공제 한다.

2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)

○ 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호

조세특례제한법 제10조