이월된 일반기업의 석박사 인건비에 해당하는 연구인력개발비 세액공제액의 최저한세 적용 여부

1. 사실관계 및 질의요지

가. 사실관계

○ 당사는 영상기기를 제조하는 회사로 조특법 제10조에 의한 연구･인력개발비 세액공제를 적용받음

○ 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것)에서는

- 조세특례제한법 상 중소기업외 기업(이하 “일반기업”)의 석･박사 인건비에 해당하는 연구･인력개발비에 대한 세액공제액(이하 “쟁점세액공제액”)은 최저한세 대상이 아니었으나

- 2011. 12. 31. 조세특례제한법이 개정(법률 제11133호)되어 최저 한세 적용대상이 되었음

나. 질의요지

○ 2011. 12. 31. 이전에 발생하였으나 2012. 1. 1.이후 최초로 개시된 사업연도로 이월된 일반기업의 쟁점세액공제액이 최저한세 적용대상에 해당하는지 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)

○ 조세특례제한법 제132조

(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것)

① 내국법인(제72조제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 「법인세법」 제91조제1항 을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(「법인 세법」 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령령 으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용 받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 14[과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 11, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업 및 제85조의6에 따른 사회적기업의 경우에는 100분의 7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 8, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 9로 한다)]를 곱하여 계산한 세액 (이하 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달 하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

1. 제9조에 따라 각 사업연도의 소득금액계산을 할 때 손금으로 산입하는 연구·인력개발준비금 및 특별감가상각비

2. 제8조, 제8조의2, 제10조의2, 제13조, 제14조, 제55조의2제4항, 제60조제2항, 제61조제3항, 제63조의2제5항에 따른 소득공제금액, 손금산입금액, 익금불산입금액 및 비과세금액

3. 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조(중소기업이 아닌 자의 해당 과세연도세액공제대상금액에서 대통령령으로 정하는 석사 및 박사의 인건비로 발생한 금액이 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 뺀 금액만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제30조의4, 제31조제6항, 제32조제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18 및 제104조의22에 따른 세액공제금액

4. 제6조, 제7조, 제12조의2, 제21조, 제31조제4항·제5항, 제32조제4항, 제33조의2, 제63조(수도권 밖으로 이전하는 경우는 제외한다), 제64조, 제68조(농업소득 외의 소득만 해당한다), 제85조의6, 제102조에 따른 법인세의 면제 및 감면

○ 조세특례제한법 제132조

(2011. 12. 31. 법률 제11133호)

① 내국법인(제72조제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 「법인세법」 제91조제1항 을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세(「법인 세법」 제55조의2에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령 령 으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용 받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득 공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조 에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 14[과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 11, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업 및 제85조의6에 따른 사회적 기업의 경우에는 100분의 7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시 일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 8, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 9로 한다)]를 곱하여 계산한 세액(이하 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다.

1. 제9조에 따라 각 사업연도의 소득금액계산을 할 때 손금으로 산입하는 연구·인력개발준비금 및 특별감가상각비

2. 제8조, 제8조의2, 제10조의2, 제13조, 제14조, 제55조의2제4항, 제60조제2항, 제61조제3항, 제62조제1항, 제63조의2제5항에 따른 소득공제금액, 손금산입금액, 익금불산입금액 및 비과세 금액

3. 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조(중소기업이 아닌 자만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제30조의2, 제30조의4, 제31조제6항, 제32조제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22 및 제104조의25에 따른 세액공제금액

4. 제6조, 제7조, 제12조의2, 제21조, 제31조제4항·제5항, 제32조제4항, 제33조의2, 제62조제4항, 제63조(수도권 밖으로 이전 하는 경우는 제외한다), 제64조, 제68조(농업소득 외의 소득만 해당한다), 제85조의6, 제102조 및 제121조의22에 따른 법인세의 면제 및 감면

○ 조세특례제한법 부칙 <제11133호,2011.12.31>

제1조(시행일) 이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제87조제2항 및 제6항, 제100조의3(제1항제2호 각 목 외의 부분 단서 및 같은 호 나목은 제외한다)부터 제100조의6까지, 제100조의9, 제100조의13, 제104조의23 및 법률 제9921호 조세특례제한법 일부개정법률 부칙 제45조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제116조제1항제5호 및 제121조의23의 개정규정은 2012년 3월 2일부터 시행하며, 제100조의 15제1항 및 제147조의 개정규정은 2012년 4월 15일부터 시행 하고, 제105조제1항제2호의 개정규정은 2013년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다.

나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)

○ 기획재정부 조세특례제도과 - 665, 2009. 7. 9

2003.12.30. 법률 제7003호로 개정되어 2004.1.1.부터 시행된 조세특례제한법(이하 ‘개정법’ 이라 한다)제132조를 적용함에 있어, 개정법의 시행일 이전에 최저한세가 적용되어 공제받지 못한 제10조(연구 및 인력개발비에 대한 세액공제)에 의한 세액 공제액의 이월공제액은 개정법 제132조에 의한 최저한세 적용 에서 제외됨

○ 기획재정부 조세특례제도과 - 36, 2012. 1. 20

직전 과세연도에 중소기업이던 내국법인이 해당 과세연도에는 중소기업에 해당하지 않게 된 경우에 있어 직전 과세연도에 납부할 세액이 없어 「조세특례제한법」 제10조 에 따른 연구 ㆍ인력개발비에 대한 세액공제 중 공제받지 못한 부분에 대하여 같은 법 제144조에 의해 이월공제하는 경우 같은 법 제132조에 따라 최저한세액에 미달하는 세액에 대해서는 세액공제를 적용하지 아니하는 것입니다

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