청년추가고용장려금으로 지급한 연구원 인건비의 연구·인력개발비 세액공제 대상 여부

1. 사실관계

○ ○○㈜(이하 “질의법인”이라 함)는 방사선 관련 필름, 보호장비, 기계 운용 프로그램 등의 제작 및 판매를 주업으로 하여 1980년 12월 설립된 내국법인으로, 미래창조과학부 장관의 인정을 받은 기업부설연구소를 2008년부터 유지하고 있음

○ 질의법인은 ｢고용보험법｣ 에 따른 시차출퇴근제 장려금 * 을 지급 받아 기업부설연구소의 연구원 인건비로 지출함

* 유연근무제를 도입한 중소·중견기업에 지원하는 장려금에 해당

2. 질의내용

○ 고용창출을 목적으로 하는 장려금을 지급받아 연구원의 급여를 지급하는 경우, ｢조세특례제한법｣ 제10조의2 에서 규정한 출연금 등에 해당하여 지급 받은 지원금을 연구·인력개발비 세액공제 대상에서 제외하여야 하는지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제2조

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

11. "연구개발"이란 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하며, 대통령령으로 정하는 활동을 제외한다.

○ 조세특례제한법 제10조

① 내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호는 2021년 12월 31일까지 발생한 해당 연구ㆍ인력개발비에 대해서만 적용한다.

○ 조세특례제한법 제10조의2

① 내국인이 2021년 12월 31일까지 연구개발 등을 목적으로 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 법률에 따라 출연금 등의 자산(이하 이 조에서 "연구개발출연금등"이라 한다)을 받은 경우로서 대통령령으로 정하는 방법에 따라 해당 연구개발출연금등을 구분경리하는 경우에는 연구개발출연금등에 상당하는 금액을 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다.

○ 조세특례제한법 시행령 제9조

① 법 제10조제1항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.

1. 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액

○ 고용보험법 제20조

고용노동부장관은 고용환경 개선, 근무형태 변경 등으로 고용의 기회를 확대한 사업주에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 필요한 지원을 할 수 있다.

○ 고용창출장려금·고용안정장려금의 신청 및 지급에 관한 규정 제15조

② 고용노동부 장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 고용안정장려금을 지급한다.

1.~3. (생략)

4. 일·가정 양립 환경개선 지원: 제7조에 따라 일·가정 양립 환경개선 지원 사업 참여를 승인받은 사업주가 제2조제2호제라목의 유연근무제를 소속 근로자가 주1회 이상 활용하도록 한 경우로 다음 각 목의 요건을 모두 충족한 경우

가. 시차출퇴근제, 재택근무제, 원격근무제는 1주 소정근로시간이 35시간 이상 40시간 이하이고, 선택근무제는 정산기간을 평균하여 1주 소정근로시간이 35시간 이상 40시간 이하일 것

나. 삭제

4. 관련사례

○ 서면인터넷방문상담2팀-753, 2008.04.23.

조세특례제한법 제10조의2 제1항 의 과세특례가 적용되는 법률은 「기술개발촉진법」과 조세특례제한법 시행령 제9조의2 제1항 각호의 어느 하나에 해당되는 법률을 말하는 것임

○ 조심2011구0484, 2011.08.09.

조세특례제한법상 연구개발관련 출연금 등으로 과세특례대상이 되는 출연금의 근거법으로 ‘산업기술혁신 촉진법’만을 규정하고 ‘신에너지 및 재생에너지 개발.이용.보급 촉진법’을 규정하지 아니하므로, 쟁점출연금은 과세특례대상에 해당하지 아니함

○ 조심2011구0484, 2011.08.09.

한국에너지기술평가원으로부터 신에너지 및 재생에너지 개발・이용・보급 촉진법 규정에 따라 수령한 국고보조금은 조세특례제한법 제10조의2 와 동법 시행령 제9조의2 및 동법 시행규칙 제7조의3에서 열거하고 있는 법률에 따라 수령한 것이 아니므로 조세특례제한법 제10조의2 가 적용되지 않는 것임.

○ 서면-2020-법령해석법인-3626, 2021.01.07.

내국법인이 국가로부터 연구개발 또는 인력개발이 아닌 고용창출 등을 목적으로 지급받은 각종 지원금을 사용하여 연구개발비 또는 인력개발비로 지출하는 경우, 해당 연구·인력개발비 지출액은 「조세특례제한법 시행령」 제9조제1항제2호 가 적용되지 않는 것임

조세특례제한법 제10조 · 조세특례제한법 제10조의2 · 조세특례제한법 제2조 · 조세특례제한법 시행령 제9조의2 · 조세특례제한법 시행령 제9조