부가가치세환급경정거부처분취소

진주세무서장

창원지방법원 2006. 9. 14. 선고 2006구합314 판결

2007. 5. 18.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2005. 9. 30. 원고에 대하여 한 부가가치세 103,258,181원의 환급경정거부처분을 취소한다.

1. 처분의 경위

아래의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑1호증, 갑4호증, 갑6호증, 갑7호증, 갑14호증, 을3호증의 1의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정된다.

가. 원고는 ‘(이름 생략)’이라는 상호로 부동산매매업 등에 종사하는 자로서, 주식회사 새롬건설(이하 ‘새롬건설’이라 한다)에게 진주시 금산면 장사리(이하 생략) 지상의 근린생활시설 신축공사를 공사대금 2,226,400,000원(부가가치세 포함)에 도급하여, 2004. 9. 21. 그 준공검사를 마치고 2004. 9. 21. 위 근린생활시설에 대한 소유권보존등기를 마쳤다.

나. 한편, 원고는 2005. 7. 29. 피고에 대하여, 2004. 2기분 부가가치세 신고시 위 공사대금 중 잔금에 대한 매입세액 공제가 누락되었다고 주장하면서 새롬건설이 2004. 9. 16. 발행하였다는 세금계산서(공급가액 1,032,581,818원, 부가가치세액 103,258,182원, 이하 ‘쟁점 세금계산서’라고 한다)를 첨부하여 과세표준 및 세액의 경정청구를 하였고, 이에 피고는 2005. 9. 28. 쟁점 세금계산서는 위 근린생활시설의 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부되지 아니한 세금계산서로서 그 계산서상의 매입세액은 공제대상이 아니라는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 통지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)를 하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 새롬건설로부터 위 근린생활시설의 공급시기가 속하는 과세기간 내인 2004. 9. 16. 쟁점 세금계산서를 교부받았으나 이를 분실하였고, 원고는 그 분실사실조차 알지 못하여 2004. 2기분 부가가치세 신고시 이를 누락하였다가, 그 후 새롬건설로부터 그가 보관하고 있던 공급자 보관용 세금계산서에 원본과 같다는 확인을 받은 다음 이를 첨부하여 위와 같은 경정청구를 하였던 것인바, 이처럼 원고가 새롬건설로부터 위 근린생활시설의 공급시기가 속하는 과세기간 내에 쟁점 세금계산서를 교부받은 것은 틀림없는 사실이므로, 이와 다른 전제에서 나온 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

부가가치세법(2006. 3. 24. 법률 제7876호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제9조 제2항은 “용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.”고 규정하고,제16조 제1항은 “납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는제9조에 규정하는 시기에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.”고 규정하며,제17조 제2항은 “다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.”고 하면서그 1의2호에서 “제16조 제1항 및제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에제16조 제1항 제1호 내지제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.”고 규정하고,법 시행령 제60조 제2항은 “법 제17조 제2항 제1호의2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.”고 하면서그 제3호에서 “재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우”로 규정하고 있다.

이와 같은 관계 법령에 비추어 보면, 원고가 쟁점 세금계산서에 기하여 매입세액의 공제를 받기 위하여는 새롬건설로부터 위 근린생활시설 신축공사가 완공된 때가 속하는 과세기간인 2004. 7. 1.부터 2004. 12. 31.까지 사이에 쟁점 세금계산서를 교부받은 경우라야만 할 것인바, 원고의 주장과 같이 원고가 새롬건설로부터 쟁점 세금계산서를 위 과세기간내인 2004. 9. 16.에 교부받은 사실이 있는지에 관하여는, 이에 부합하는 갑5호증, 갑8호증, 갑13호증, 갑15호증의 각 기재와 당심 증인소외 1,소외 2의 각 증언 및 제1심 법원의 주식회사 새롬건설에 대한 사실조회결과는 믿지 아니하고, 갑9호증의 1, 2, 3의 각 기재만으로는 이를 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없고, 오히려, 을1호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 새롬건설에게 공사대금을 제때 지급하지 못하여 원고와 새롬건설의 사이가 나빠졌고, 그로 인하여 새롬건설이 위 과세기간 내에 원고에게 쟁점 세금계산서를 교부하지 아니하였을 뿐만 아니라 원고도 새롬건설에 대하여 쟁점 세금계산서를 교부해 줄 것을 요구하지 아니하였던 사실이 인정된다.

따라서, 원고가 새롬건설로부터 쟁점 세금계산서를 위 과세기간 내에 교부받았음을 전제로 하는 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하고, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

판사 박흥대(재판장) 김동진 문상배