세무 Q&A/양도소득세

2026년 5월 21일

1세대 1주택 12억 초과 고가주택 양도세 계산과 거주기간 요건 (장기보유특별공제 80% 받는 법)

원래 질문: 10년 보유한 서울 아파트(취득가 4억, 현재 시가 12억) 1주택을 양도하려는데, 거주는 3년만 했어요. 1세대 1주택 비과세를 받으면서 장기보유특별공제까지 적용받으려면 거주기간 요건을 어떻게 채워야 하고, 12억 초과분에 대한 양도세는 어떻게 계산되나요?

10년을 보유하면서 3년을 실제 거주하셨다면 1세대 1주택 비과세와 장기보유특별공제 우대를 함께 받기 위한 거주기간 문턱을 이미 넘으신 상태입니다. 거주 2년 이상이라는 기준이 핵심인데, 이 조건을 충족했기 때문에 두 혜택을 모두 노려볼 수 있습니다. 비과세 요건부터 보면, 양도일 현재 1세대가 1주택만 보유하고 보유기간이 2년 이상이면 기본 요건은 갖춰집니다. 다만 취득 당시 그 주택이 조정대상지역에 있었다면 2년 이상 거주 요건이 추가로 붙습니다. 서울이라도 지금은 강남·서초·송파·용산 일부만 조정대상지역으로 남고 나머지는 해제된 상태라, 취득 시점에 해당 지역이 지정돼 있었는지 확인하는 게 중요합니다. 어느 경우든 3년을 거주하셨으니 거주요건은 문제없이 충족됩니다. 장기보유특별공제는 1세대 1주택자에게 적용되는 우대 공제율을 쓰게 됩니다. 이 우대표는 보유기간에 따른 공제율과 거주기간에 따른 공제율을 각각 따로 계산해 합산하는 구조이고, 적용을 받으려면 2년 이상 거주가 전제입니다. 보유 10년이면 보유기간분이 40%, 거주 3년이면 거주기간분이 12%로 합산 52% 수준의 공제를 받게 됩니다. 만약 거주가 2년에 못 미쳤다면 이 우대표를 쓰지 못하고 보유기간만 반영하는 일반 공제로 떨어져 공제율이 크게 낮아집니다. 3년 거주가 그래서 의미가 큽니다. 12억 초과분 과세 방식은 이렇습니다. 양도가액이 12억 이하면 전액 비과세이고, 12억을 넘는 경우 그 초과분에 대응하는 양도차익만 과세합니다. 과세되는 양도차익은 전체 양도차익에 (양도가액에서 12억을 뺀 금액)을 양도가액으로 나눈 비율을 곱해 구합니다. 예를 들어 취득가 4억에 13억으로 판다면 전체 차익 약 9억 중 13분의 1에 해당하는 부분만 과세 대상이 되고, 여기에 장특공제 52%를 빼서 과세표준을 산출한 뒤 기본세율 6~45%를 적용합니다. 시가가 정확히 12억이라면 초과분 자체가 없어 양도세가 나오지 않습니다. 보유기간이 2년을 넘으므로 다주택 중과는 적용되지 않습니다. 다만 거주기간을 1년만 더 늘리면 거주기간 공제율이 올라가 절세 효과가 커지므로, 양도 시점을 조정할 여지가 있는지 따져보시는 것을 권합니다. 취득가액과 필요경비 입증 자료에 따라 실제 세액 차이가 크니 구체적 수치는 양도 직전 세무 전문가와 한 번 점검하시는 게 안전합니다.
백승택 세무사

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