건물완공 후 지방자치단체로 소유권 등기시 매입세액공제 여부

1. 질의내용 요약

지방자치단체의 조례에 의거 설립된 비영리법인이 수익사업(임대)과 관련하여 건물 완공 시까지 공제받은 부가가치세 매입세액을 건물완공 후 행정절차상 비영리법인의 소유권 보존등기가 불가하여 지방자치단체의 명의로 소유권 등기시 관련 매입세액에 대한 불공제 여부

2. 질의내용에 대한 자료

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙)

○ 부가가치세법 제1조

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

1. 재화 또는 용역의 공급

○ 부가가치세법 제6조

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제12조

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

17. 국가․지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역

18. 국가ㆍ지방자치단체ㆍ지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 공익단체에 무상으로 공급하는 재화 또는 용역

○ 부가가치세법제17조

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

나. 관련․유사 사례 (기본통칙, 판례, 심사․심판례, 예규)

○ 부가가치세법 기본통칙 17-0-9

자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 국가ㆍ지방자치단체 등에 무상으로 공급하는 경우 당해 재화의 매입세액은 매출세액에서 공제하나, 자기의 사업과 관련 없이 취득한 재화를 국가ㆍ지방자치단체 등에 무상으로 공급하는 경우 당해 재화의 매입세액은 공제하지 아니한다.

○ 질의회신

사업자가 지방자체단체 소유의 공원 내에 건물을 신축하여 일정기간 동안 사용·수익하는 조건으로 지방자치단체에 기부채납 하는 경우로서 동 건물을 부가가치세 과세사업에 사용하는 때에는 동 건물의 신축에 관련된 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항 제1호 의 규정에 의하여 매출세액에서 공제되는 것임.

부가가치세법 제6조 · 부가가치세법 제1조 · 부가가치세법 제12조 · 부가가치세법 제17조