고충청구로 환급받는 경우 국세환급가산금 적용여부

1. 질의내용 요약

가. 사실관계

○ 피상속인 甲의 사망(2004.10.4.)으로 상속인인 乙외 3인은 ‘A’토지를 상속받아 2006.7.4. 동 토지가 수용되어 2006.9.29. 상속재산가액(시가평가액)을 취득 가액으로 하여 양도소득세 실가신고함

- 과세관청은 쟁점토지를 시가로 평가한 상속가액을 부인하고 기준시가로 평가하여 상속세 결정 및 양도소득세의 취득가액을 기준시가로 하여 고지 결정함(2007.12.1.)

○ 상속인 乙외 1인은 소송을 제기하여 서울고등법원의 조정안에 따라 과세관청은 직권으로 상속재산의 양도가액을 기준시가로 정정하여 감액 경정함

- 이에 따라 소송에 참여하지 아니한 나머지 상속인들도 고충신청을 통하여 환급을 신청할 예정임

나. 질의내용

○ 공유토지를 소유한 양도인들 중 소송을 제기하여 법원의 조정안에 따라 양도 소득세가 감액된 자 외에 소송에 참여하지 아니한 양도인들이 고충청구를 통하여 양도소득세가 감액되는 경우 환급가산금을 지급받을 수 있는지 여부

2. 관련법령

○ 국세기본법 제45조 의2

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다. <개정 2010.12.27>

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

○ 국세기본법 제51조

① 세무서장은 납세의무자가 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액이 있거나 세법에 따라 환급하여야 할 환급세액(세법에 따라 환급세액에서 공제 하여야 할 세액이 있을 때에는 공제한 후에 남은 금액을 말한다)이 있을 때에는 즉시 그 잘못 납부한 금액, 초과하여 납부한 금액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부ㆍ이중납부로 인한 환급청구는 대통령령으로 정하는 바에 따른다.

○ 국세기본법 제52조

세무서장은 국세환급금을 제51조에 따라 충당하거나 지급할 때에는 다음 각 호의 구분에 따른 날의 다음날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융회사 등의 예금이자율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 계산한 금액(이하 "국세환급가산금"이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다. 이 경우 제1호를 적용할 때에는 세법에 따른 중간예납액 또는 원천징수에 의한 납부액은 해당 세목의 법정신고기한 만료일에 납부된 것으로 본다. <개정 2007.12.31, 2010.1.1>

1. 착오납부, 이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정 하거나 취소함에 따라 발생한 국세환급금: 그 국세 납부일. 다만, 그 국세가 2회 이상 분할납부된 것인 경우에는 그 마지막 납부일로 하되, 국세환급금이 마지막에 납부된 금액을 초과 하는 경우에는 그 금액이 될 때까지 납부일의 순서로 소급하 여 계산한 국세의 각 납부일로 한다.

2. 삭제 <2000.12.29>

3. 적법하게 납부된 국세의 감면으로 발생한 국세환급금: 그 감면 결정일

4. 삭제 <1979.12.28>

5. 적법하게 납부된 후 법률이 개정되어 발생한 국세환급금: 그 개정된 법률의 시행일

6. 「소득세법」, 「법인세법」, 「부가가치세법」, 「개별소비세법」 또는 「주세법」에 따른 환급세액을 신고 또는 잘못 신고함에 따른 경정으로 인하여 환급하는 경우: 그 신고를 한 날(법정 신고기일 전에 신고한 경우에는 그 법정신고기일)부터 30일이 지난 때. 다만, 환급세액을 신고하지 아니함에 따른 결정으로 인하여 발생한 환급세액을 환급하는 경우에는 해당 결정일부터 30일이 지난 때

7. 제45조의2제4항에 따른 경정청구에 의하여 원천징수의무자가 연말 정산 또는 원천징수하여 납부한 세액을 원천징수의무자 또는 원천징수대상자에게 환급하는 경우: 연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한부터 30일이 지난 때

3. 유사사례

○ 기획재정부 조세정책과-263, 2010.03.08

납세자가 자진 신고납부한 양도소득세액을 경정청구기간 또는 불복청구기간이 경과되어 과세표준과 세액이 확정된 후에 납세자의 고충민원으로 당해 세액을 환급하는 경우에는 「국세기본법」제52조의 국세환급가산금을 지급하지 아니함

○ 조심2009중4228, 2010.09.08

청구법인은 처분청의 감액경정으로 환급 및 충당 통지를 하여 「국세 기본법」 제51조에 의한 국세환급금 결정이 있었던 것이므로 국세환급가산금이 지급되어야 한다고 주장하나 , 청구법인은 쟁점법인세의 경정 청구 기한이 경과함에 따라 국세환급금 청구를 할 수 없었던 점, 처분청이 청구법인의 고충 청구를 받아들인 점 등으로 볼 때, 쟁점법인세에 대한 경정청구 기한의 경과로 청구법인의 환급청구권이 없어 처분청이 쟁점 법인세를 환급할 의무가 없음에도 쟁점법인세를 국세환급금으로 결정한 처분은 부당이득에 대한 환급 이라기 보다는 청구법인이 고충을 해결해 준데 불과한 것으로서 이 때 국세환급가산금을 가산하여 지급할 것인지 여부는 처분청의 자유재량에 해당한다고 할 것이다.

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